Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,409 – 17,528 |
Length | 119 |
Max. P | 0.969211 |
Location | 17,409 – 17,528 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 4 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.68 |
Mean single sequence MFE | -44.38 |
Consensus MFE | -41.15 |
Energy contribution | -41.27 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.26 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.64 |
SVM RNA-class probability | 0.969211 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 17409 119 + 22224390 UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAAGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAAGUGCGCAUUAAUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU ((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((.(((.(((...)))))).....)))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -43.10) >DroSec_CAF1 4625 119 + 1 UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGGCACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUGAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU ((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((((((.(((...))))))....))))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -45.00) >DroSim_CAF1 4696 119 + 1 UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGGCACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUGAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU ((((((((((((.((..((((.(((((....))...)))))))(((((.((((((((.(((...))))))....))))))).))).))))))))((((.(....)))))..)))))).. ( -45.00) >DroYak_CAF1 45 119 + 1 UCCACAAAGCUCUCUUUCCGAUGCCUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAGGUGCGAAUCAUUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACACUUUAUGUGGAGU ((((((((((((.(((.((((..((((....))))....))))(((((.(((((.((.(((...))))).....))))))).)))))))))))).....(....)......)))))).. ( -44.40) >consensus UCCGCAAAGCUCUCUAUCCGAUGCAUGGGAACAGGAUGUUCGGGCUAGUCUCGAGCGACACAAGGUGCGCAUUAUUGAGCUAAGCAAGGAGCUUGAGCAGGAGACGCUCUAUGUGGAGU (((((((((((((....((((..(.((....)).)....))))(((((.((((((((.(((...))))))....)))))))).))..)))))))((((.(....)))))..)))))).. (-41.15 = -41.27 + 0.12)
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