Locus 1950

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,337,436 – 5,337,556
Length 120
Max. P 0.590058
window3170 window3171

overview

Window 0

Location 5,337,436 – 5,337,556
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.67
Mean single sequence MFE -41.92
Consensus MFE -31.47
Energy contribution -32.52
Covariance contribution 1.05
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.538108
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5337436 120 + 22224390
CAAAAUACUCGAUCGUUAAUGGCGCCCGCACCUGCACCAACACCAACGAGACGGUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGGGGCAGCAGCGACCAUCGUCGCAGCUCCACUA
.....................((.(((((..(.(((((((((((((..(((......))).....)))))...)))))))).)..)))))))(((.(((((....))))).)))...... ( -43.50)
>DroVir_CAF1 78429 120 + 1
CCAAGUACUCUAUUGUGAAUGGCCCCCGCACCUGCACCAACACCAACGAGACUAUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGCGGCAGCAGCGACCAGCGUCGUGGCACCGCCG
.....(((......)))...(((....((....))..((.((((((....((((.....))))..)))))).))..((((((((((((((((......).)).)))))))))))))))). ( -45.60)
>DroGri_CAF1 70619 105 + 1
CCAAGUACUCGAUCGUGAAUGGCCCACGCACCUGCACCAACACCAAUGAGACUGUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGUGGCAGUA---------------GCACUGCCG
(((..(((......)))..)))...((((..(.((((((((((((((...((((.....)))).))))))...)))))))).)..))))(((((..---------------...))))). ( -41.30)
>DroWil_CAF1 11156 120 + 1
CGAAAUACUCAAUUGUCAAUGGACCACGCACAUGCACCAACACCAAUGAGACGGUCCUCUAGUAAUUGGUAAUGCUGGUGCCACGGCGCGGAAGCAGUGAUCAUCAUCGGAGCACCACCA
.....(((.((((((..(..(((((..((....)).....((....))....)))))..)..))))))))).((.((((((..((..((....)).(((.....)))))..)))))).)) ( -35.40)
>DroMoj_CAF1 101141 120 + 1
CGAAGUACUCGAUCGUGAAUGGCCCACGCACCUGCACCAACACCAACGAGACUGUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGUGGCAGCACCGAUCAGCAUCGCAGCGCAGCGG
..........(((((((....(((.((((..(.(((((((((.((.(((.((((.....))))..))).)).))))))))).)..)))))))..)).))))).....(((......))). ( -44.20)
>DroAna_CAF1 68180 117 + 1
CCAAGUACUCGAUCGUCAACGGCGCCCGCACCUGCACCAACACCAACGAGACGGUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGGGGCAGCAGCGACCACCGUCGCA---CCACCU
....((.......((....))((.(((((..(.(((((((((((((..(((......))).....)))))...)))))))).)..))))))).)).(((((....))))).---...... ( -41.50)
>consensus
CCAAGUACUCGAUCGUGAAUGGCCCACGCACCUGCACCAACACCAACGAGACGGUCCUCUAGUAAUUGGUGAUGUUGGUGCCGCGGCGCGGCAGCAGCGACCAGCGUCGCAGCACCACCG
.....................((.(((((..(.(((((((((((((.(((......)))......)))))...)))))))).)..))))))).((.(((((....))))).))....... (-31.47 = -32.52 +   1.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 5,337,436 – 5,337,556
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.67
Mean single sequence MFE -48.15
Consensus MFE -33.47
Energy contribution -33.28
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590058
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5337436 120 - 22224390
UAGUGGAGCUGCGACGAUGGUCGCUGCUGCCCCGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGACCGUCUCGUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGGGCGCCAUUAACGAUCGAGUAUUUUG
(((((((((.(((((....))))).)))((((((((...((((((((((((..........((((....))))..)))))))))))).)))).)))).))))))................ ( -54.40)
>DroVir_CAF1 78429 120 - 1
CGGCGGUGCCACGACGCUGGUCGCUGCUGCCGCGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGAUAGUCUCGUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGGGGGCCAUUCACAAUAGAGUACUUGG
(((((((((((......))).))))))))(((((((...((((((((((((.(....((((.....))))...).)))))))))))).)))))))(((..((((......)))).))).. ( -52.90)
>DroGri_CAF1 70619 105 - 1
CGGCAGUGC---------------UACUGCCACGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGACAGUCUCAUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGUGGGCCAUUCACGAUCGAGUACUUGG
.(((((...---------------..))))).((((...((((((((...((((((.....((((....)))))))))))))))))).))))(((((.....)))))............. ( -39.00)
>DroWil_CAF1 11156 120 - 1
UGGUGGUGCUCCGAUGAUGAUCACUGCUUCCGCGCCGUGGCACCAGCAUUACCAAUUACUAGAGGACCGUCUCAUUGGUGUUGGUGCAUGUGCGUGGUCCAUUGACAAUUGAGUAUUUCG
..(..((((((....(((..(((.((...((((((((((.(((((((...((((((.....((((....))))))))))))))))))))).))))))..)).)))..)))))))))..). ( -43.00)
>DroMoj_CAF1 101141 120 - 1
CCGCUGCGCUGCGAUGCUGAUCGGUGCUGCCACGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGACAGUCUCGUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGUGGGCCAUUCACGAUCGAGUACUUCG
.(((......))).(((((((((.....(((.((((((.((((((((((((..........((((....))))..))))))))))))..))).))))))......))))).))))..... ( -45.70)
>DroAna_CAF1 68180 117 - 1
AGGUGG---UGCGACGGUGGUCGCUGCUGCCCCGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGACCGUCUCGUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGGGCGCCGUUGACGAUCGAGUACUUGG
....((---(((..((((.(((((.((.((((((((...((((((((((((..........((((....))))..)))))))))))).)))).)))))).).)))).)))).)))))... ( -53.90)
>consensus
CGGCGGUGCUGCGACGAUGGUCGCUGCUGCCACGCCGCGGCACCAACAUCACCAAUUACUAGAGGACAGUCUCGUUGGUGUUGGUGCAGGUGCGGGGGCCAUUCACGAUCGAGUACUUGG
..((((((...((((....)))).))))))(((((....((((((((...((((((.....((((....))))))))))))))))))....)))))........................ (-33.47 = -33.28 +  -0.19)

alignment

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