Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,336,761 – 5,336,878 |
Length | 117 |
Max. P | 0.579852 |
Location | 5,336,761 – 5,336,878 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.42 |
Mean single sequence MFE | -43.04 |
Consensus MFE | -29.21 |
Energy contribution | -29.18 |
Covariance contribution | -0.03 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.46 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579852 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5336761 117 + 22224390 UCCACAGAUACAUCUACGUUUGCCACGCCCCCAUGGCCCGAACGUGGUGCACGAUGCCGCGUGUGAGGCGGUGCACGGCGUAUAUUGCAUUGCUGGCGUUUCUGCACCAACUGCCCA ....(((........(((((((....(((.....))).)))))))((((((.(((((((((((..(.(((.(....).)))...)..)).))).))))))..))))))..))).... ( -40.30) >DroVir_CAF1 77754 117 + 1 AUUACAGGUACAUUUACGUCUGUCAUGCUCCGAUGGCACGCACCUGGUGCACCAUGCCGCGAGUAAGGCGUUGCACCUUCUACAUAGCCCUGCUGGCGUUUUUGCACCAGCUGCCGC ......((((.......((.((((((......)))))).))..((((((((......(((.((((.(((.................))).)))).)))....)))))))).)))).. ( -38.53) >DroPse_CAF1 85061 117 + 1 CUCGCAGAUAUAUCUACGUGUGCCACGCCCCCAUGGCCCGCACCUGGUGCACUAUGCCGCGGGUGAAGCGCUGCACGGUGUACAUCGCACUGCUGGCGUUCCUGCACCAGCUGCCAC ...((((..........(((.((((........)))).)))..((((((((..(((((((((((((.(((((....)))))...)))).)))).)))))...))))))))))))... ( -49.90) >DroGri_CAF1 69944 117 + 1 AUUGCAGGUACAUUUACGUGUGUCAUGCCCCAAUGGCACGGACCUGGUGCACAAUGCCGCGCGUGAGGCGUUGCACCUUCUAUAUUGCGCUGCUGGCGUUUCUGCAUCAGUUGCCAC ......((((........((((((((......))))))))...((((((((.((((((((((((((((.......)))).......)))).)).))))))..)))))))).)))).. ( -41.51) >DroMoj_CAF1 100466 117 + 1 AUUUCAGGUACAUCUACGUGUGCCAUGCACCGAUGGCACGCACCUGGUGCACGAUGCCGCGCGUGAAGCGGUGCACCUUCUACAUUGCGUUGCUGGCAUUUCUGCACCAGCUGCCGC ......((((.......(((((((((......)))))))))..((((((((.(((((((.(((....((((((.........))))))..))))))))))..)))))))).)))).. ( -51.50) >DroAna_CAF1 67505 117 + 1 CCCACAGGUAUAUCUACGUCUGCCACGCCCCCAUGGCCAGGACCUGGUGCACCAUGCCAAGGGUGAAGCGCUGCACCGUCUACAUCGCGCUGCUGGCGUUCCUCCACCAGCUGCCCC ......((((.......((((((((........))))..))))((((((((((........)))).(((((((((.(((.......))).))).))))))....)))))).)))).. ( -36.50) >consensus AUCACAGGUACAUCUACGUGUGCCACGCCCCCAUGGCACGCACCUGGUGCACCAUGCCGCGCGUGAAGCGCUGCACCGUCUACAUUGCGCUGCUGGCGUUUCUGCACCAGCUGCCAC ......((((.......((((((((........))))..))))((((((((..(((((........((((.(((............))).)))))))))...)))))))).)))).. (-29.21 = -29.18 + -0.03)
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