Locus 1900

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,274,830 – 5,274,963
Length	133
Max. P	0.992095

overview

Window 9

Location	5,274,830 – 5,274,928
Length	98
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.96
Mean single sequence MFE	-24.38
Consensus MFE	-11.84
Energy contribution	-12.16
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.78
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741334
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5274830 98 + 22224390
GCAUUGGAAUUUAAGUUCCAA-----------------UAUGAAA--AAUGUCAUUUACAGA---UGGAUUAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUAAUCAUGGAGCAUUAUGAGCAUA
((((((((((....)))))))-----------------)......--(((((......((((---(((.(((((.(((((.....)))))))))))).))).))..)))))....))... ( -20.90)
>DroSec_CAF1 11720 103 + 1
GCAUUGGAAUUUAAGUUCCAA-----------------UAUGAUGUGAUGAUCAGUUACAGAUGAUGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGGGGAUG
..((((((((....)))))))-----------------)(((((((.(((((((((((.((((........))))(((((.....)))))..)))))))))))...)))))))....... ( -31.20)
>DroSim_CAF1 5699 120 + 1
GCAUUGGAAUCUAAGUUCUAUCUAAGAUGUGAUGAAAUGAUGAUAUGAUGAUCAUUUACAGAUGAUGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGGGGAUG
.(((((..((((.((......)).)))).)))))..((((((.((((((((((((((((....).)))))))))((((((.....)))))).......))))))...))))))....... ( -26.10)
>DroEre_CAF1 11567 99 + 1
AAAAUUGAAUUUAAAUGCAGG-C----------CAG--UAU--AA--AAUGUCAUUUACAGAUG----AUGAUCUUCCUAGUGCACGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGAGGAUC
..............((((...-.----------..)--)))--..--...((((((....))))----))(((((((.((((((.(..(((((.....))))).).)))))).))))))) ( -23.60)
>DroYak_CAF1 7207 108 + 1
AAAUUGGAAUUUAAAUGCAGG-UACGAUAUGGUCAG---AA--AA--AAUGUCAUUUACAGAUG----AUGAUUUACUUAGUUCACUAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUACGAGGAUC
.............(((((...-.....(((((((((---..--..--...((((((....))))----))...(((((.((....)))))))...)))))))))..)))))......... ( -20.10)
>consensus
GCAUUGGAAUUUAAGUUCAAA_____________A___UAUGAAA__AAUGUCAUUUACAGAUG_UGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGAGGAUC
....((((((....))))))..................................................(((((.(.((((((....(((((.....)))))...)))))).).))))) (-11.84 = -12.16 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,274,853 – 5,274,963
Length	110
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.48
Mean single sequence MFE	-29.96
Consensus MFE	-15.76
Energy contribution	-16.52
Covariance contribution	0.76
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	2.31
SVM RNA-class probability	0.992095
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5274853 110 + 22224390
UGAAA--AAUGUCAUUUACAGA---UGGAUUAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUAAUCAUGGAGCAUUAUGAGCAUAUCCAUCUGAGAAUGUAACGAAUGAUCCCUGAUCCC-----
.....--..((((((((.((((---(((((...((...((((((....(((((.....)))))...))))))..))...))))))))).)))))..)))...((((...))))..----- ( -29.40)
>DroSec_CAF1 11743 108 + 1
UGAUGUGAUGAUCAGUUACAGAUGAUGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGGGGAUGUCCAUCUGACAAUGUAACGAAUGAUCCC------------
......(((.((..((((((...(((((((.((((...((((((....(((((.....)))))...))))))...)))))))))))......))))))..)).)))..------------ ( -33.50)
>DroSim_CAF1 5739 108 + 1
UGAUAUGAUGAUCAUUUACAGAUGAUGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGGGGAUGUCCAUUUGACAAUGUAUCGAAUUAUCCC------------
......((((((....((((...(((((((.((((...((((((....(((((.....)))))...))))))...)))))))))))......))))....))))))..------------ ( -28.10)
>DroEre_CAF1 11594 99 + 1
U--AA--AAUGUCAUUUACAGAUG----AUGAUCUUCCUAGUGCACGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGAGGAUCUCCAUCUGAGUCUGAUCCGAAUGAUCC-------------
.--..--...(((((((.((((((----..(((((((.((((((.(..(((((.....))))).).)))))).)))))))..)))))).(......).)))))))..------------- ( -31.80)
>DroYak_CAF1 7243 112 + 1
A--AA--AAUGUCAUUUACAGAUG----AUGAUUUACUUAGUUCACUAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUACGAGGAUCUUCAUCUGAGUCUGUAGCGAAUGCUCCCAGAUCUCUGAUC
.--..--...........((((..----.....(((((.((....))))))).....((((..((((((((.((.((((..((....))))))....))))))))))..))))))))... ( -27.00)
>consensus
UGAAA__AAUGUCAUUUACAGAUG_UGGAUGAUCUACUUAGUGCAUGAGUGAUAACUGAUCAUGGAGCAUUAUGAGGAUCUCCAUCUGAGAAUGUAACGAAUGAUCCC____________
..................((((((......(((((.(.((((((....(((((.....)))))...)))))).).)))))..))))))................................ (-15.76 = -16.52 +   0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:21:25 2006