Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,268,554 – 5,268,654 |
Length | 100 |
Max. P | 0.889026 |
Location | 5,268,554 – 5,268,654 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 100 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.33 |
Mean single sequence MFE | -35.32 |
Consensus MFE | -21.75 |
Energy contribution | -22.50 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.95 |
SVM RNA-class probability | 0.889026 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5268554 100 - 22224390 CCACCGGCCGCCGCCAGAGACCCUCUACUGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUUGGUGUGAGAUGCUCCAGCGCGGCUUUAAGCU .....((((((....((((...))))...(((((((.((((.((((((......)))))).((((.....))))..)))))))))))))))))....... ( -38.40) >DroSec_CAF1 5344 94 - 1 C------CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCACUGGAAUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUCU .------((((.((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... ( -32.90) >DroSim_CAF1 691 94 - 1 C------CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUUU .------((((.((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... ( -32.90) >DroEre_CAF1 5223 94 - 1 C------CCACCGCCAGAGCCCCUCCUCCGCCGGUGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACGAUCGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGCCUUAAUCC .------((((.((..((((....(((((((((((((.(((((.((((......))))))))))).))))))).)))).))))..))))))......... ( -38.10) >DroYak_CAF1 729 94 - 1 C------CCAUCGCCAGAGCCCCUCCUCCGCCGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACGAUCGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGAUUUAAUCU .------(((.(((..((((....(((((((((..((((((.((((((......)))))).).)))))))))).)))).))))..))))))......... ( -37.40) >DroPer_CAF1 3746 91 - 1 -------CCGCUGCUCGUGGC--GGUACUGUUGAUAUCCUCAAAGGAGCCACCCGUCAUGGGCACAAUGGGUCCAAGCGUCUGCAGGGCCGAUUUAAAUU -------..(.((((((((((--((....((.(...(((.....))).).)))))))))))))))(((.(((((..((....)).))))).)))...... ( -32.20) >consensus C______CCGCCGCCAGAGACCCUCUACCGCUGGAGUCGUCAAAUGAUCCGCCAGUCAUUGGCACUAUAGGUGUGAGGUGCUCCAGCGUGGACUUAAUCU .......(((.(((..(((..((((((((...(((.((((...)))))))(((((...)))))......)))).))))..)))..))))))......... (-21.75 = -22.50 + 0.75)
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