Locus 1891

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,244,827 – 5,244,998
Length	171
Max. P	0.999964

overview

Window 2

Location	5,244,827 – 5,244,944
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.31
Mean single sequence MFE	-23.10
Consensus MFE	-22.97
Energy contribution	-23.14
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996413
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5244827 117 + 22224390
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---.. ( -23.84)
>DroVir_CAF1 1288 117 + 1
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCCGA---AA
......((((.....))))........((((((((((((((.(......)..))))..((((..((((((.....)))..)))...))))........)))).))))))......---.. ( -19.40)
>DroPse_CAF1 1046 120 + 1
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGUUGAAUAUCAGAGAGAA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))))...... ( -23.84)
>DroYak_CAF1 1007 117 + 1
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---.. ( -23.84)
>DroMoj_CAF1 1554 117 + 1
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---CA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---.. ( -23.84)
>DroAna_CAF1 1032 117 + 1
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).)))))).---.. ( -23.84)
>consensus
UGCCACCUAUAUCUAGUAGAACACCACAUUUAGUGCCUGAUACUCACAUGCCAUCAAAUGGAUCUGCAGUUAAUAGCUACGCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA___AA
......((((.....)))).....(((.....))).((((((.(((..((((......((((..((((((.....)))..)))...))))........))))..))).))))))...... (-22.97 = -23.14 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,244,827 – 5,244,944
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.31
Mean single sequence MFE	-37.13
Consensus MFE	-36.47
Energy contribution	-36.63
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	4.94
SVM RNA-class probability	0.999964
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5244827 117 - 22224390
UU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
..---.((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))((.(((.((.(((((...))))).)).)))...)). ( -37.30)
>DroVir_CAF1 1288 117 - 1
UU---UCGGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
..---...........((..(((((((((.((((.(((((...((((((((.((......)).))))))))......)))))..((((((....)))))))))).))))))).))..)). ( -34.20)
>DroPse_CAF1 1046 120 - 1
UUCUCUCUGAUAUUCAACUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
......((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))((.(((.((.(((((...))))).)).)))...)). ( -37.50)
>DroYak_CAF1 1007 117 - 1
UU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
..---.((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))((.(((.((.(((((...))))).)).)))...)). ( -37.30)
>DroMoj_CAF1 1554 117 - 1
UG---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
((---(((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..)))))))))))))(((.((.(((((...))))).)).)))...... ( -39.20)
>DroAna_CAF1 1032 117 - 1
UU---UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
..---.((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))((.(((.((.(((((...))))).)).)))...)). ( -37.30)
>consensus
UU___UCUGAUAUUCAGCUGCCGUAUUUGUUGGAAGAUGCGUAGCUAUUAACUGCAGAUCCAUUUGAUGGCAUGUGAGUAUCAGGCACUAAAUGUGGUGUUCUACUAGAUAUAGGUGGCA
......((((((((((..((((((......((((...(((((........)).)))..))))....))))))..))))))))))((.(((.((.(((((...))))).)).)))...)). (-36.47 = -36.63 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	5,244,907 – 5,244,998
Length	91
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.83
Mean single sequence MFE	-20.19
Consensus MFE	-16.36
Energy contribution	-16.16
Covariance contribution	-0.19
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-0.98
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.513004
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5244907 91 + 22224390
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCUAACAAUAAGGCCGGAUC--------------------------
(((((((........(((((.(((((.....))).---..(((....)))...))))))).........)))))))..................-------------------------- ( -17.73)
>DroVir_CAF1 1368 91 + 1
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCCGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCAUAUAUUAAAACCAGCUA--------------------------
(((((((........(((((.((.((....(((..---..).))......)).))))))).........)))))))..................-------------------------- ( -18.13)
>DroPse_CAF1 1126 89 + 1
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGUUGAAUAUCAGAGAGAAGAGAGCGCUCCAGUUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCUACCAUUAAAGCC-------------------------------
(((((((.((((..........))))...((((..(((..(((....)))...)))..)))).......))))))).............------------------------------- ( -16.00)
>DroGri_CAF1 1114 91 + 1
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCAACUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCAUACAAUAAGGCCAACUA--------------------------
(((((((........(((((.(((((.....))).---..(((....)))...))))))).........)))))))..................-------------------------- ( -18.23)
>DroMoj_CAF1 1634 88 + 1
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---CAGAGAGCGCUCCAACUCCGUGAUUAACAUUGAGAUGCAUCCAUUACGACCCA-----------------------------
(((((((........(((((.(((((.....))).---..(((....)))...))))))).........)))))))...............----------------------------- ( -18.23)
>DroAna_CAF1 1112 117 + 1
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA---AAGAGAGCGCUCCACUUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCUAACAAUAAGGUCGGAUCUGGAUCCCACAAUCCGGGAUUCAGGA
(((((((........(((((.(((((.....))).---..(((....)))..)).))))).........)))))))................((((((((((.......)))))))))). ( -32.83)
>consensus
GCAUCUUCCAACAAAUACGGCAGCUGAAUAUCAGA___AAGAGAGCGCUCCAACUCCGUGAUUAACAUCGAGAUGCAAACAAUAAGGCCAG_U___________________________
(((((((........(((((.(((((.....)))......(((....)))...))))))).........)))))))............................................ (-16.36 = -16.16 +  -0.19)

alignment

secondary structure

dotplot

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