Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,241,756 – 5,241,865 |
Length | 109 |
Max. P | 0.966589 |
Location | 5,241,756 – 5,241,865 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.56 |
Mean single sequence MFE | -28.02 |
Consensus MFE | -26.00 |
Energy contribution | -26.00 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.50 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.60 |
SVM RNA-class probability | 0.966589 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5241756 109 - 22224390 UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG .(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70) >DroVir_CAF1 20677 108 - 1 -U-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG -(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.50) >DroGri_CAF1 19568 109 - 1 UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG .(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70) >DroWil_CAF1 21038 118 - 1 UUGGAUUUUGGAUUUA--GAUCUCUAAAAAAAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG .....(((((((....--....))))))).......((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -29.50) >DroMoj_CAF1 22832 109 - 1 UU-----GUUGA--UA--GAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG .(-----(((..--((--(....)))..--))))..((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -27.70) >DroAna_CAF1 16675 111 - 1 UU-----GAUGA--UAGAGAUCUCUAAA--AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG ..-----.....--((((....))))..--......((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) ( -28.00) >consensus UU_____GUUGA__UA__GAUCUCUAAA__AAUACUCACGCAUAUAUAGCUAGAAGGAACUUUCUUUGGUGGGUUCUUACACGGCCGGGAUUAACCCGUUUUACUAGUCUUGUAUGUUUG ....................................((.(((((((..(((((.(((((((..(....)..))))))).......((((.....)))).....)))))..))))))).)) (-26.00 = -26.00 + 0.00)
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