| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,158,982 – 5,159,084 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.718502 |
| Location | 5,158,982 – 5,159,084 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 105 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.64 |
| Mean single sequence MFE | -47.48 |
| Consensus MFE | -25.61 |
| Energy contribution | -27.03 |
| Covariance contribution | 1.42 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.68 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 0.39 |
| SVM RNA-class probability | 0.718502 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5158982 102 - 22224390 GCGAGAUCUCCUGGCCCAGUUGGCGUGCGCGUGCCAGCGUCUCUAUGCGCUGUUUGUGCAUCCGCUGCUGGGGCGUGCUGCUAGCCAGCGUGAU---AGCACCGU ((...(((.((((((.....(((((.((((((.((((((.(...((((((.....))))))..).)))))).)))))))))))))))).).)))---.))..... ( -48.10) >DroSec_CAF1 4995 102 - 1 GCGAGAUCUCCUGGCCCAGCUGGCGUGCGCGCGCCAGCGUCUCCAGGCGCUGCAUGCGCAUACGCUGCUGGGGCGUGCCGCUCGCCAGCGUGGU---AGCACCAU ((.((.....)).))...(((((((.(((((((((((((((....))))))(((.(((....))))))...)))))).))).)))))))((((.---....)))) ( -55.30) >DroSim_CAF1 5010 102 - 1 GCGAGAUCUCCUGGCCCAGCUGGCGGGCGCGCGCCAGCGUCUCCAGGCGCUGCAAGUGCAUACGCUGCUGGGGCGUGCCGCUCGCCAGCGUGGU---AGCACCAU ((.((.....)).))...(((((((((((((((((((((((....))))))(((.(((....))))))...)))))).)))))))))))((((.---....)))) ( -56.70) >DroEre_CAF1 4862 99 - 1 GCGAUAUCUCCUGGCCCAGCAGCCGCGCUUUGGCCAGCGUCUCCAUGCGCUGCACGUGCAUCCGCUGUUGGGGCGUGGUGUUUGCCAGCCUGUU---GGCA---U ...........((((..((((.((((((((..((.((((.....((((((.....)))))).))))))..)))))))))))).))))(((....---))).---. ( -43.60) >DroYak_CAF1 4270 102 - 1 GCGAGAUCUCCUGGCCCAGCAGACGCGCCCGGGCCAGCGUUUCCACGCGCUGCACGUGCAAUCGCUGCUGCGGCGUUGUGUUCGCCAGCCUGCUGGUGGUA---U ..(((((...(((((((.((......))..))))))).)))))(((((((((((.((((....)).))))))))).)))).(((((((....)))))))..---. ( -46.50) >DroPer_CAF1 4710 93 - 1 GAGAAAUCUCCUUGCCCAGCUCUUUGGCGCGUGCCAGCGUGUCCAGGCGCUGCAGAUACUGCUGUUGCUCGACCGUUGG---CGCCAGCA--------GCUCCA- (((..........((((((....)))).))(((((((((.(((..(((((.((((...)))).).)))).)))))))))---))).....--------.)))..- ( -34.70) >consensus GCGAGAUCUCCUGGCCCAGCUGGCGCGCGCGCGCCAGCGUCUCCAGGCGCUGCACGUGCAUCCGCUGCUGGGGCGUGCUGCUCGCCAGCGUGGU___AGCACCAU (((((......((.((((((.(.((.((((..((.(((((......)))))))..))))...))).)))))).)).....)))))..((.........))..... (-25.61 = -27.03 + 1.42)
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