Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,921,399 – 4,921,510 |
Length | 111 |
Max. P | 0.692952 |
Location | 4,921,399 – 4,921,510 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 116 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.55 |
Mean single sequence MFE | -28.30 |
Consensus MFE | -17.82 |
Energy contribution | -19.18 |
Covariance contribution | 1.36 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.51 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.33 |
SVM RNA-class probability | 0.692952 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4921399 111 + 22224390 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU-GUAUAUAUAAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACA ....(((((.((((((((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).))))-))(((((((.....)))))----))...............)))))))... ( -30.00) >DroSec_CAF1 8057 112 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCUGGUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGCGGCUCGACC ....(((((((..(((((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).)))))((((((((((....)).))----))))))..........)).)))))... ( -33.00) >DroEre_CAF1 7807 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU-AUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACC ....(((((.((.(.(((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).)))(-((((((((((....)).))----))))))).......)..)))))))... ( -27.80) >DroYak_CAF1 7816 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCA-AUAUAUAUUAGCAAUAUAU----AUGUAUAAAUAGAAGGGUGGCUCGACA ....(((((.((.(.(((...(((.(((.((((((((.....))))))))...))).))).))).-((((((((((....)).))----))))))........)..)))))))... ( -27.10) >DroAna_CAF1 8783 111 + 1 AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUGUUCUAGAU-GUGGACAUAUAGUAUCCG-AUAGGUAGU-GUAUAUAUCGGU-AUAUAACGGGAUAUAUAGAGA-UGGGAUGGUGCGACU .......((((..............((((((.....-..))))))....(((((.-((......(-((((((..((..-......))..)))))))...)-).))))))))).... ( -23.60) >consensus AUCACGAGCGCAACAGAGAUAGCAAAUUGUCUAUAUGGUGGACAUAUAGGAUAAGUAUGUGUUCU_GUAUAUAUUAGCAAUAUAU____AUGUAUAAAUAUUAGGGUGGCUCGACA ....(((((((.....((((((....))))))(((((..(((((((((.......)))))))))...)))))....)).((((((....)))))).............)))))... (-17.82 = -19.18 + 1.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:18:47 2006