Locus 1763

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,880,547 – 4,880,658
Length	111
Max. P	0.994580

overview

Window 4

Location	4,880,547 – 4,880,658
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.06
Mean single sequence MFE	-25.58
Consensus MFE	-20.17
Energy contribution	-19.65
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.552495
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4880547 111 + 22224390
AUUAAUGGCUGCAUUUAUAUCGUGUUUUUAGAUCAGCCAACUAACAUUUUCGAACUGUAGCUCAUCAAUAUAAUUUAAACGUCCAGCUCGGGGCGAUCCCCGAAUUUAAAA
(((.(((((((((.((.....(((((....(......)....))))).....)).)))))).))).)))..................((((((....))))))........ ( -21.10)
>DroSec_CAF1 31836 106 + 1
---AAUGGCUGCAUUUAUAUCGUGUUUUUAGAUCAGCCAACCAACAUUUUCGGGCUGUAGCUCAUCAAUAUAAUUUAAACGGCCAGCUCGGGGCGAUCCCCGAAUUUA--A
---..((((((..((((.((..((((...((..(((((..............)))))...))....))))..)).))))))))))..((((((....)))))).....--. ( -28.64)
>DroSim_CAF1 33038 109 + 1
AUUAAUGGCUGCAUUUAUAUCGUGUUUUUAGAUCAGCCAACCAACAUUUUCGGGCUGUAGCUCAUCAAUAUAAUUUAAACGGCCAGCUCGGGGCGAUCCCCGAAUUUA--A
.....((((((..((((.((..((((...((..(((((..............)))))...))....))))..)).))))))))))..((((((....)))))).....--. ( -28.64)
>DroEre_CAF1 34750 108 + 1
AUUAAUGGCUGCAUUUAUAUCGUGAUUUUAGAUCAGCCAG-CAACAUUUUUGGGUUGUAGCUCAUCAAUAUAAUUUAAACAGCCAGCUCGGGGCGAUCCCCAAGUUUA--A
.....(((((((((.......)))......(((.(((..(-((((........))))).))).))).............))))))(((.((((....)))).)))...--. ( -26.90)
>DroYak_CAF1 32559 108 + 1
AUUAAUAGCUGCAUUUAUAUUGUGAUUUUAGAUCAGCCAG-CAACAUUUUUGGGUUGUAGCUCAUCAAUGUAAUUUAAACGACGAGCUCGGGGCGAUACCCAAGUUAA--A
.......((((.(((((...........)))))))))...-..(((((..(((((....)))))..))))).............((((.(((......))).))))..--. ( -22.60)
>consensus
AUUAAUGGCUGCAUUUAUAUCGUGUUUUUAGAUCAGCCAACCAACAUUUUCGGGCUGUAGCUCAUCAAUAUAAUUUAAACGGCCAGCUCGGGGCGAUCCCCGAAUUUA__A
.....((((((.(((((...........))))))))))).........(((((((((..........................))))))(((......))))))....... (-20.17 = -19.65 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	4,880,547 – 4,880,658
Length	111
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.06
Mean single sequence MFE	-29.08
Consensus MFE	-24.50
Energy contribution	-23.98
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.49
SVM RNA-class probability	0.994580
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4880547 111 - 22224390
UUUUAAAUUCGGGGAUCGCCCCGAGCUGGACGUUUAAAUUAUAUUGAUGAGCUACAGUUCGAAAAUGUUAGUUGGCUGAUCUAAAAACACGAUAUAAAUGCAGCCAUUAAU
.......(((((((....))))((((((...(((((...........)))))..)))))))))...((((((.(((((......................))))))))))) ( -26.95)
>DroSec_CAF1 31836 106 - 1
U--UAAAUUCGGGGAUCGCCCCGAGCUGGCCGUUUAAAUUAUAUUGAUGAGCUACAGCCCGAAAAUGUUGGUUGGCUGAUCUAAAAACACGAUAUAAAUGCAGCCAUU---
.--....(((((((....))))))).((((.((.....((((((((((.(((((((((........))))..))))).))).........)))))))..)).))))..--- ( -29.30)
>DroSim_CAF1 33038 109 - 1
U--UAAAUUCGGGGAUCGCCCCGAGCUGGCCGUUUAAAUUAUAUUGAUGAGCUACAGCCCGAAAAUGUUGGUUGGCUGAUCUAAAAACACGAUAUAAAUGCAGCCAUUAAU
.--....(((((((....))))))).((((.((.....((((((((((.(((((((((........))))..))))).))).........)))))))..)).))))..... ( -29.30)
>DroEre_CAF1 34750 108 - 1
U--UAAACUUGGGGAUCGCCCCGAGCUGGCUGUUUAAAUUAUAUUGAUGAGCUACAACCCAAAAAUGUUG-CUGGCUGAUCUAAAAUCACGAUAUAAAUGCAGCCAUUAAU
.--....(((((((....))))))).(((((((.....((((((((...(((((((((........))))-.)))))(((.....))).))))))))..)))))))..... ( -35.80)
>DroYak_CAF1 32559 108 - 1
U--UUAACUUGGGUAUCGCCCCGAGCUCGUCGUUUAAAUUACAUUGAUGAGCUACAACCCAAAAAUGUUG-CUGGCUGAUCUAAAAUCACAAUAUAAAUGCAGCUAUUAAU
.--.....((((((.(((...)))((((((((............))))))))....))))))....((((-.((((((......................)))))).)))) ( -24.05)
>consensus
U__UAAAUUCGGGGAUCGCCCCGAGCUGGCCGUUUAAAUUAUAUUGAUGAGCUACAGCCCGAAAAUGUUGGUUGGCUGAUCUAAAAACACGAUAUAAAUGCAGCCAUUAAU
.......(((((((....))))))).((((((((((.(((.....(((.(((((((((........))))..))))).))).........))).))))))..))))..... (-24.50 = -23.98 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

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