Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 617,927 – 618,032 |
Length | 105 |
Max. P | 0.749361 |
Location | 617,927 – 618,032 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.52 |
Mean single sequence MFE | -53.58 |
Consensus MFE | -39.49 |
Energy contribution | -39.77 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.51 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 0.47 |
SVM RNA-class probability | 0.749361 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 617927 105 - 22224390 UUGCUGCACCUGCUGCGAUCCUGGUUGAUCA-GCG--GCCAUGGGCGCCAGUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGAAGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGGUAGCAGGC ((((((((((.((((((.(((((((((....-.))--)))).))))).))))))).((((((((((((((.(((......))).)))))))))).))))))))))).. ( -58.90) >DroPse_CAF1 7127 100 - 1 -----GCACCUGCUGAGACCCUGGUUGGGCC-GCG--GCCAUGGGAGCCAAUGGAGCAGGUCCUUCGCCGGGUGCUGCCGCCGGUGGCGGAGGCGCCGGAUAGCAGGC -----...(((((((...((.((((.(((((-((.--.((((.(....).)))).)).)))))...))))((((((.(((((...))))).)))))))).))))))). ( -51.10) >DroEre_CAF1 2578 100 - 1 -----GCACCUGCUGCGAUCCUGGUUGAUCA-GCG--GCCAUGGGCGCCAGUGGUGCUGGACCCUCACCGGCGGAAGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGGUAGCAGGC -----...((((((((((((......)))).-.((--(((.(.((((((...)))))).).(((((((((((.......)))))))).))).).)))).)))))))). ( -52.00) >DroWil_CAF1 2874 103 - 1 -----GCACUUGCUGUAAUCCGGGCUGCACCUGUGGUACCAUCGGAGCCAAUGGGGCGGGACCCUCGCCGGCGGGUGCCGCUGGCGGUGGUGGUGCCGGAUAGCAGGC -----...((((((...((((((.((((.((((((((.((...)).))).))))))))).(((.((((((((((...)))))))))).)))....)))))))))))). ( -53.90) >DroYak_CAF1 1325 100 - 1 -----GCACCUGCUGCAUUCCUGGUUGAUCG-GCG--GCCAUGGGCGCCAGUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGGCGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGGUAGCAGGC -----...((((((((...((((((((....-.))--)))).))(((((...)))))(((((((((((((.(((......))).)))))))))).))).)))))))). ( -55.80) >DroPer_CAF1 15104 100 - 1 -----GCACCUGCUGAGACCCUGGUUGGGCC-GCU--GCCAUGGGAGCCAAUGGAGCAGGUCCUUCGCCGGGUGCUGCCGUCGGUGGCGGAGGCGCCGGAUAGCAGGC -----...(((((((...((.((((.(((((-(((--.((((.(....).))))))).)))))...))))((((((.((((.....)))).)))))))).))))))). ( -49.80) >consensus _____GCACCUGCUGCGAUCCUGGUUGAUCC_GCG__GCCAUGGGAGCCAAUGGUGCUGGACCCUCGCCGGCGGAUGCAGCUGGUGGCGGGGGUGCCGGAUAGCAGGC ........((((((((....(((((.......((....((((.(....).)))).))...((((((((((.(((......))).))))))))))))))))))))))). (-39.49 = -39.77 + 0.28)
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