Locus 163

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 601,769 – 601,889
Length 120
Max. P 0.500000
window260

overview

Window 0

Location 601,769 – 601,889
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.22
Mean single sequence MFE -54.33
Consensus MFE -30.36
Energy contribution -31.17
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.56
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 601769 120 + 22224390
GGAAAGUGUGAUCGUGAGAACUUUACCCGCUGCUCCGGCAGUGGGAGUUGGAGGUCUCAAGGUAGUUCCCAUAACCACAACUUCGGUGAGGGUGCAAUGGAGUGCUCUGGAGACUGCAUU
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>DroVir_CAF1 179941 120 + 1
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>DroWil_CAF1 107915 120 + 1
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>DroYak_CAF1 70184 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 184253 120 + 1
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(((.....((((((((.(((((((....((((((..(((.....)))..)))))).....)).))))).)))))))).....)))((((((((((....)))))).(((....))))))) ( -52.80)
>DroAna_CAF1 99850 120 + 1
CGAGAGCGUGGUGGUGCGCACCCUGCCGGCCGCGCCCGCCGUCGGUGUGGGCGGGCUGAAGGUGGUGCCGAUCACCACCACCUCGGUGCGGGUGCAGUGGGGCGCCCUGGAGACGGGCAU
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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