Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,630,036 – 4,630,156 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 4,630,036 – 4,630,156 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.33 |
Mean single sequence MFE | -43.18 |
Consensus MFE | -32.42 |
Energy contribution | -32.53 |
Covariance contribution | 0.11 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.43 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4630036 120 + 22224390 CAUAGUAUCUAUGCCAUUGAGUGGACUUCUGGCUCACUACGGUUUCGAUGGCGGCUGGCCAUCGAUCUUCUAUAUCUUCGGGCUGUUCAGCACCAUCUGGUGUAUCAUCUUUAUUUGCCU (((((...)))))....(((.(((((....(((((((....)).((((((((.....))))))))..............))))))))))(((((....))))).)))............. ( -33.10) >DroPse_CAF1 47220 120 + 1 GAUCAUCUCGAUGCCGCUGAGCGGCCUGCUGGCCGAGUACGGCUUCGACGGCGGCUGGCCCUCGAUCUUCUACGUGUUCGGAAUACUGAGCACCGUCUGGUGCGUGCUCUAUCUCUAUCU ((((...((((.((((.((..(((((....)))))..)))))).)))).(((.....)))...))))...(((((((((((....))))))(((....)))))))).............. ( -44.00) >DroSec_CAF1 16460 120 + 1 CAUAGUAUCGAUGCCAUUGAGUGGCCUACUGGCCCACUACGGUUUCGAUGGCGGCUGGCCAUCGAUCUUCUACGUCUUCGGCCUGGUCAGCACCAUCUGGUGUGUAAUCUUCAUCUGCCU ......(((((.(((....(((((((....)).)))))..))).)))))(((((((((((...(((.......)))...)))).)))).(((((....))))).............))). ( -42.70) >DroEre_CAF1 14412 120 + 1 CAUAGUGUCGAUGCCAUUGAGUGGCCUGCUGGCCCACUACGGUUUCGAUGGCGGCUGGCCGUCGAUCUUCUACGUCUUCGGGCUGAUCAGCGCCAUCUGGUGCGUCGUCUUCAUCUGGCU ..(((((.((((((.(((..((((((((..(((((((....)).((((((((.....))))))))..............)))))...))).)))))..)))))))))....)).)))... ( -46.90) >DroYak_CAF1 14917 120 + 1 GAUAGUAUCGAUGCCGCUGAGUGGCCUGUUGGCCCACUACGGUUUCGAUGGCGGCUGGCCAUCGAUCUUCUACGUUUUCGGGUUGUUCAGCACCAUCUGGUGCGUGAUCUUCAUCUGGCU (((.(((((((((..((((((..(((((..(((..((....)).((((((((.....))))))))........)))..)))))..))))))..)))).)))))...)))........... ( -48.40) >DroPer_CAF1 51047 120 + 1 GAUCAUCUCGAUGCCGCUGAGCGGCCUGCUGGCCGAGUACGGCUUCGACGGCGGCUGGCCCUCGAUCUUCUACGUGUUCGGAAUAUUGAGCACCGUCUGGUGCGUGCUCUAUCUCUGUCU .........((.((((.((..(((((....)))))..)))))).))(((((.((..(((.((((((.((((........)))).)))))(((((....)))))).)).)..)).))))). ( -44.00) >consensus CAUAGUAUCGAUGCCACUGAGUGGCCUGCUGGCCCACUACGGUUUCGAUGGCGGCUGGCCAUCGAUCUUCUACGUCUUCGGGCUGUUCAGCACCAUCUGGUGCGUGAUCUUCAUCUGCCU .........(((((((((((((((((....)))).))).)))).((((((((.....))))))))..............))........(((((....)))))........))))..... (-32.42 = -32.53 + 0.11)
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