Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,551,613 – 4,551,733 |
Length | 120 |
Max. P | 0.890566 |
Location | 4,551,613 – 4,551,733 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.50 |
Mean single sequence MFE | -55.93 |
Consensus MFE | -24.69 |
Energy contribution | -22.83 |
Covariance contribution | -1.86 |
Combinations/Pair | 1.62 |
Mean z-score | -2.18 |
Structure conservation index | 0.44 |
SVM decision value | 0.96 |
SVM RNA-class probability | 0.890566 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4551613 120 + 22224390 AAUGGUAUCGUUGGUGCCCAAGUUCCGCUCGGCGCGGGAAUUGGCCUCGCGCACAGUUAUCGCAAGGACAACGGCGUGUCGGUGGUCCUUUAUGGUGAUGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG ..((((...(((((((.((((.((((((.....)))))).))))......((((.(((((((.((((((..(((....)))...))))))..))))))).)))))))))))....)))). ( -48.50) >DroVir_CAF1 4503 120 + 1 AAUGGCAUUGUUGGCGCCCAGGUGCCGCUGGGCGCUGGCAUUGGGCUGGCUCAUCGCUUUCGUGGCGAUGGCGGCGUUUGUAUAACAUGCUAUGGCGACGGUGCGGCCAAUCAAGGUCAA ..((((..(((..((((((((......))))))))..)))((((..((((....(((..((((.((.((((((..(((.....))).)))))).)).)))).))))))).)))).)))). ( -57.60) >DroEre_CAF1 3784 120 + 1 AACGGUAUCGUAGGUGCCCAAGUGCCGCUCGGUGCGGGAAUCGCCCUCGCCCAUAGCUAUCGUAAGGACAAUGGCGUGGCGGUGGUCCUCUAUGGCGAUGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG ...(((((.....)))))....((((((..((((.(((.....))).))))....(((((.((....)).))))))))))).(((((((...(((((.......)))))...))))))). ( -49.70) >DroWil_CAF1 4239 120 + 1 AAUGGCAUAGUGGGUGCCCAAGUGCCGAUGGGCGCUGGCAUUGCUCUGGCCCAUCGCUAUAAGGACGAUGAUGGCGUGUGCAUUGUCUGCUACGGCGACGGUGCGGCCAAUCAGGGCCAG ...((((..((.((((((((........)))))))).))..))))(((((((((((((....)).))))((((((...(((((((((.((....)))))))))))))).))).))))))) ( -61.10) >DroMoj_CAF1 4328 120 + 1 AAUGGCAUAGUUGGGGCCCAAGUGCCGCUGGGCGCCGGAAUCGCGCUGGCGCAUCGCUAUAAGGGCGAUGGCGGUGUCUGUGUGGCACUCUAUGGCGAUGGUGCGAGCAACCAGGGCCAG ..............(((((.(((((((((((((((((..(((((.((((((...))))...)).)))))..))))))))).)))))))).........((((.......))))))))).. ( -57.00) >DroAna_CAF1 5351 120 + 1 AAUGGCAUUGUCGGGGCCCAGGUCCCACUGGGUGCCGGUGUCGCCCUCGCCCAUCAGUACCGACGGGAUGGGGGCGUCUGUGUGGCCCUCUAUGGUGACGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG ...(((((...(((.((((((......)))))).))))))))((((((((((.((......)).))).))))))).......(((((((...(((((.......)))))...))))))). ( -61.70) >consensus AAUGGCAUAGUUGGUGCCCAAGUGCCGCUGGGCGCCGGAAUCGCCCUCGCCCAUCGCUAUCGGGACGAUGACGGCGUGUGUGUGGCCCUCUAUGGCGACGGUGCCGCCAAUCAGGGCCAG ..((((......(((((....)))))....((((((((.......)))))...............((.((.((.(((..(((.....))).))).)).))...))))).......)))). (-24.69 = -22.83 + -1.86)
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