Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,533,275 – 4,533,372 |
Length | 97 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 4,533,275 – 4,533,372 |
---|---|
Length | 97 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.38 |
Mean single sequence MFE | -41.25 |
Consensus MFE | -25.00 |
Energy contribution | -23.58 |
Covariance contribution | -1.41 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.19 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | -0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4533275 97 - 22224390 GUCGUAGG---------CGGCUCUG--AUUGGCCAGAACACGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGCUUGGCGGGCGACGUCUGGCACCAGUGAU-GCUUAUUAUCGAUUC---GA ((((((((---------((.(.(((--....((((((...((....((((((.(((((...))))).)))))).))))))))..))).).)-)))))....))))..---.. ( -37.40) >DroPse_CAF1 8166 103 - 1 GUUGUCGG---G----CCGGC-CUGCUAUUGGUCAGAACUGGGCGGCGUCUGGCAGACGACAUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU-GCCCGUGUUUGAGUAGUCGA ((((((((---(----(((((-((((((...(((....(..(((...)))..).....)))...)))))))))).))))))))))..((((-((.((....)).))).))). ( -45.30) >DroSec_CAF1 6561 97 - 1 GUCGUAGG---------CGACUCUG--AUUGGCCAGAGCAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUUUGGCAGGCGGCGUCUGGCAGCAGUGAU-GACUGUUAUCGAUUC---GA ((((....---------))))((.(--((((((((((.....(((((..(((.(((((...))))).)))))))).))))))((((((...-.))))))..))))).---)) ( -39.00) >DroSim_CAF1 6202 97 - 1 GUCGUAGG---------CGACUCUG--AUUGGCCAGAGCAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUUUGGCAGGCGGCGUCUGGCAGCAGUGAU-GACUGUUAUCGAUUC---GA ((((....---------))))((.(--((((((((((.....(((((..(((.(((((...))))).)))))))).))))))((((((...-.))))))..))))).---)) ( -39.00) >DroMoj_CAF1 28006 99 - 1 ---GUAGGCGAUAUGCUCGUAGCUG--AUUGGCUACGAGACGGCGGCGUCUGCCAGGCGGCUUCUGGCAGGCCGCUUCUGGCAACAGUACUUACAGUUUUAUGU-------- ---(((((.......(((((((((.--...)))))))))..((((((..((((((((.....)))))))))))))).(((....)))..)))))..........-------- ( -45.30) >DroPer_CAF1 8117 104 - 1 GUUGUCGG---G----CCGGCCCUGCUAUUGGUCAGAACUGGGCGGCGUCUGGCAGACGACAUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU-GCCCGUGUUUGAGUAGUCGA ...((.((---(----....))).)).((((.(((((..(((((((((((((.((((.....)))).)))).)))..(((....)))...)-)))))..))))).))))... ( -41.50) >consensus GUCGUAGG_________CGGCUCUG__AUUGGCCAGAACAGGGCCGCGUCUGGCAGGCCACGUCUGGCAGGCCGCGUCUGGCAACAGUGAU_GCCUGUUAUCGAUUC___GA ......................(((......((((((.....(((((..(((.((((.....)))).)))))))).))))))..)))......................... (-25.00 = -23.58 + -1.41)
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