Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,451,752 – 4,451,851 |
Length | 99 |
Max. P | 0.955556 |
Location | 4,451,752 – 4,451,851 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.12 |
Mean single sequence MFE | -38.76 |
Consensus MFE | -23.88 |
Energy contribution | -23.68 |
Covariance contribution | -0.20 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -3.06 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 1.46 |
SVM RNA-class probability | 0.955556 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4451752 99 + 22224390 GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUAU-GUA------UG------------UGUGU--GUACUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((...((......))..((((.(((((((....((.(((.(((((...........)-)))------).------------)))))--....)))))))))))....))))))) ( -37.30) >DroSec_CAF1 53221 107 + 1 GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGUAUAU-AUAUAUAUAUG------------UGUGUGUGUACUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((...((......))..((((.(((((((....(.((((.(((((.(((..((((..-..)))).))).------------))))).))))))))))))))))....))))))) ( -39.20) >DroSim_CAF1 54559 105 + 1 GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACUAGUACAGAUAGAGAAUAU-AUAUAUAUAUG------------UCUGU--GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((...((......))..((((.((((((..((.....))((((((..((((..((((-(....))))).------------)))))--)))))))))))))))....))))))) ( -35.50) >DroEre_CAF1 55167 115 + 1 GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGUUACAGAUACAGAUAGAGAACAU-ACACAUAUGUGUGUGUACACAUG--UGU--GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((...((......))..((((.(((((((....(((....((....))....))).(-((((((((((((....)))))))--)))--))).)))))))))))....))))))) ( -44.90) >DroYak_CAF1 53890 112 + 1 GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGAGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUACUAUA------UGUGUGUACACAUGUGUGU--GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((((((.(((((.......(((.((........)))))(.(((((.((((......)))).------))))).).....))))).)--))))((((....))))....)))))) ( -36.90) >consensus GCCAGACGCACAGAUACACCUUAGGGUACGCCCCACAGAGCUACAGAUACAGAUAGAGAAUAU_AUA_AUAU_UG____________UGUGU__GUGCUGGGGCGACCCACAUCGUUUGG .(((((((...((......))..((((.(((((((.....((((.......).)))..................................((....)))))))))))))....))))))) (-23.88 = -23.68 + -0.20)
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