Locus 1513

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,432,530 – 4,432,685
Length	155
Max. P	0.997831

overview

Window 7

Location	4,432,530 – 4,432,645
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.08
Mean single sequence MFE	-37.30
Consensus MFE	-26.76
Energy contribution	-28.04
Covariance contribution	1.28
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.73
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.748837
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4432530 115 + 22224390
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGACUCGGUUGGAAAACCAUGUCACGUGCCCGAUUAAAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUU
.........(((..(((..((.((((((....)))).((((..(((.(((((((.....(((((((....-----.)))))))..))))))).)))..))))...))))..)))..))). ( -38.90)
>DroSec_CAF1 34879 115 + 1
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGUCUCCGUUGGAAAACCAUGUCACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUU
...............((((((..(((((....)))..((((..(((.(((((((((...(((((((....-----.)))))))))))))))).)))..))))........)).)))))). ( -37.30)
>DroSim_CAF1 36237 115 + 1
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGUCUCCGUUGGAAAACCAUGUCACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGUGGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUU
...............((((((..(((((....)))..((((..(((.((((((((..((((((.((....-----)).)))))))))))))).)))..))))........)).)))))). ( -32.30)
>DroEre_CAF1 35824 120 + 1
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGCCUCGGCUGGUAAACCAUGUCACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAUAUUAUAUUGGCGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUU
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>DroYak_CAF1 35027 115 + 1
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGGCUCGGUUGGAAAACCAUGCCACGUGUCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AGAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGUUACCGAUU
....(((((.(((......(((..((((....))))..)))..(((((((((((((...(((((((....-----.)))))))))))))))))))).))).))))).............. ( -44.50)
>consensus
UGCGUGUUUAUCUUUAUUGGUCUCGGUUGGAAAACCAUGUCACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU_____AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUU
...............(((((.......(((....)))((((..(((.(((((((((...(((((((..........)))))))))))))))).)))..))))............))))). (-26.76 = -28.04 +   1.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	4,432,530 – 4,432,645
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.08
Mean single sequence MFE	-34.77
Consensus MFE	-28.56
Energy contribution	-30.00
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.94
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	2.94
SVM RNA-class probability	0.997831
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4432530 115 - 22224390
AAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUUUAAUCGGGCACGUGACAUGGUUUUCCAACCGAGUCCAAUAAAGAUAAACACGCA
...............(((((((..(.((((((.((..(((((((.-----....))))))).....)).)))))).)(.(((.(((((....))))).))))......)))))))..... ( -33.90)
>DroSec_CAF1 34879 115 - 1
AAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUGACAUGGUUUUCCAACGGAGACCAAUAAAGAUAAACACGCA
...............(((((((..(.((((((.(((((((((((.-----....)))))))...)))).)))))).)......((((((((....)))))))).....)))))))..... ( -37.20)
>DroSim_CAF1 36237 115 - 1
AAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCCACUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUGACAUGGUUUUCCAACGGAGACCAAUAAAGAUAAACACGCA
...............(((((((..(.((((((.((((.(((((((-----....)))))))...)))).)))))).)......((((((((....)))))))).....)))))))..... ( -34.50)
>DroEre_CAF1 35824 120 - 1
AAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCGCCAAUAUAAUAUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUGACAUGGUUUACCAGCCGAGGCCAAUAAAGAUAAACACGCA
..(((((...........((((..(.((((((.(((((((((..............)))))...)))).)))))).)..))))(((....))))))))...................... ( -31.04)
>DroYak_CAF1 35027 115 - 1
AAUCGGUAACAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUCU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGACACGUGGCAUGGUUUUCCAACCGAGCCCAAUAAAGAUAAACACGCA
...............(((((((..(.((((((.((((((((((..-----.....))))))...)))).)))))).)(.(((.(((((....))))).))))......)))))))..... ( -37.20)
>consensus
AAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU_____AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUGACAUGGUUUUCCAACCGAGACCAAUAAAGAUAAACACGCA
...............(((((((..(.((((((.(((((((((((..........)))))))...)))).)))))).)......(((((((......))))))).....)))))))..... (-28.56 = -30.00 +   1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,432,570 – 4,432,685
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.70
Mean single sequence MFE	-34.16
Consensus MFE	-29.74
Energy contribution	-30.66
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.05
SVM RNA-class probability	0.907318
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4432570 115 + 22224390
CACGUGCCCGAUUAAAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUCGGCGAUUAUCUCUGG
...(((((((((((.....(((((((....-----.)))))))..)))))))..((..(((....).))..)).......))))..........((((......))))............ ( -33.90)
>DroSec_CAF1 34919 115 + 1
CACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUCGGCGAUUAUCUCUGG
...(((((((((((((...(((((((....-----.))))))))))))))))..((..(((....).))..)).......))))..........((((......))))............ ( -36.30)
>DroSim_CAF1 36277 115 + 1
CACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AAAGUGGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUCGGCGAUUAUCUCUGG
...((((((((((((..((((((.((....-----)).))))))))))))))..((..(((....).))..)).......))))..........((((......))))............ ( -31.30)
>DroEre_CAF1 35864 120 + 1
CACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAUAUUAUAUUGGCGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUCGGCGAUUAUCUCUGG
...(((((((((((((...((.((.((((...))))..)).)))))))))))..((..(((....).))..)).......))))..........((((......))))............ ( -30.00)
>DroYak_CAF1 35067 115 + 1
CACGUGUCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU-----AGAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGUUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUUGGCGAUUAUCUCUGU
((.(((((((((((((...(((((((....-----.))))))))))))))))))))))......(((((.......)))))..((......)).((((......))))............ ( -39.30)
>consensus
CACGUGCCCGAUUAUAAAUCCACCUUAUAU_____AAAGGUGGUAUAGUCGGACGCUGGACAAACGAUCUGGUACCGAUUGCACCUUUUAUGGAGCCGUAUACUCGGCGAUUAUCUCUGG
((.(((.(((((((((...(((((((..........)))))))))))))))).)))))......(((((.(....))))))..((......)).((((......))))............ (-29.74 = -30.66 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,432,570 – 4,432,685
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.70
Mean single sequence MFE	-35.31
Consensus MFE	-31.22
Energy contribution	-32.54
Covariance contribution	1.32
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.08
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	2.64
SVM RNA-class probability	0.996030
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4432570 115 - 22224390
CCAGAGAUAAUCGCCGAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUUUAAUCGGGCACGUG
...(.(((((.(((((......)))).........(((((.....))))).....).)))))).(.((((((.((..(((((((.-----....))))))).....)).)))))).)... ( -35.90)
>DroSec_CAF1 34919 115 - 1
CCAGAGAUAAUCGCCGAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUG
...(.(((((.(((((......)))).........(((((.....))))).....).)))))).(.((((((.(((((((((((.-----....)))))))...)))).)))))).)... ( -38.30)
>DroSim_CAF1 36277 115 - 1
CCAGAGAUAAUCGCCGAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCCACUUU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUG
...(.(((((.(((((......)))).........(((((.....))))).....).)))))).(.((((((.((((.(((((((-----....)))))))...)))).)))))).)... ( -35.60)
>DroEre_CAF1 35864 120 - 1
CCAGAGAUAAUCGCCGAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCGCCAAUAUAAUAUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUG
...(.(((((.(((((......)))).........(((((.....))))).....).)))))).(.((((((.(((((((((..............)))))...)))).)))))).)... ( -34.34)
>DroYak_CAF1 35067 115 - 1
ACAGAGAUAAUCGCCAAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUAACAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUCU-----AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGACACGUG
............(((........))).........((.((((.((((.....)))).)))))).(.((((((.((((((((((..-----.....))))))...)))).)))))).)... ( -32.40)
>consensus
CCAGAGAUAAUCGCCGAGUAUACGGCUCCAUAAAAGGUGCAAUCGGUACCAGAUCGUUUGUCCAGCGUCCGACUAUACCACCUUU_____AUAUAAGGUGGAUUUAUAAUCGGGCACGUG
...(.(((((.(((((......)))).........(((((.....))))).....).)))))).(.((((((.(((((((((((..........)))))))...)))).)))))).)... (-31.22 = -32.54 +   1.32)

alignment

secondary structure

dotplot

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