Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,430,617 – 4,430,737 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999634 |
Location | 4,430,617 – 4,430,737 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 100.00 |
Mean single sequence MFE | -26.40 |
Consensus MFE | -26.40 |
Energy contribution | -26.40 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.31 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 0.19 |
SVM RNA-class probability | 0.628051 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4430617 120 + 22224390 GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40) >DroSec_CAF1 32963 120 + 1 GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40) >DroSim_CAF1 34290 120 + 1 GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40) >DroEre_CAF1 34058 120 + 1 GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40) >DroYak_CAF1 33310 120 + 1 GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) ( -26.40) >consensus GCUGUGUCAACAAAUUAAUCAGUUCAAAUACGAGAUACAGAUACAGCGUUAACGGUUACAUUUGAAUAUGCAGCCGUCAUCGGAGACAACAUUCCCCGUAUCUGAGAAAUAUCUGUUAAC ((((((((.............((......))(.....).))))))))((((((((((.(((......))).)))).((.(((((.((..........)).))))))).......)))))) (-26.40 = -26.40 + 0.00)
Location | 4,430,617 – 4,430,737 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 100.00 |
Mean single sequence MFE | -38.00 |
Consensus MFE | -38.00 |
Energy contribution | -38.00 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -3.61 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 3.81 |
SVM RNA-class probability | 0.999634 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4430617 120 - 22224390 GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00) >DroSec_CAF1 32963 120 - 1 GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00) >DroSim_CAF1 34290 120 - 1 GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00) >DroEre_CAF1 34058 120 - 1 GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00) >DroYak_CAF1 33310 120 - 1 GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... ( -38.00) >consensus GUUAACAGAUAUUUCUCAGAUACGGGGAAUGUUGUCUCCGAUGACGGCUGCAUAUUCAAAUGUAACCGUUAACGCUGUAUCUGUAUCUCGUAUUUGAACUGAUUAAUUUGUUGACACAGC ((((((((((...((((((((((((((.((.....(..((.((((((.(((((......))))).)))))).))..).....)).))))))))))))...))...))))))))))..... (-38.00 = -38.00 + 0.00)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:11:39 2006