Locus 1502

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,428,010 – 4,428,203
Length	193
Max. P	0.999810

overview

Window 5

Location	4,428,010 – 4,428,130
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.83
Mean single sequence MFE	-36.56
Consensus MFE	-35.74
Energy contribution	-35.62
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	1.48
SVM RNA-class probability	0.957769
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428010 120 - 22224390
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGUUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCCACUUUCAGACUUCAAAUGCCGCGCCAAAUACGAA
....((.(((.((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))............))))))..))).))..................... ( -37.20)
>DroSec_CAF1 30399 120 - 1
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCUACUUUCAGACUUCAAAUGCCGCGCCAAAUACGAA
....((.(((.((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))............))))))..))).))..................... ( -35.40)
>DroSim_CAF1 31705 120 - 1
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCCACUUUCAGACUUCAAAUGCCGCGCCAAAUACGAA
....((.(((.((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))............))))))..))).))..................... ( -37.20)
>DroEre_CAF1 31380 120 - 1
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGACUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCCACUUUCAGGCUUCAAAUACCGCGCCAAAAACAAA
.............(((((..((.(.((((((((((((....)...))))))).((((((((....)))))))).................)))).).))..))))).............. ( -35.80)
>DroYak_CAF1 30733 120 - 1
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCUGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCCACUUUCAGACUUCAAAUGCCGCGCCAAAAACGAC
....((.(((.((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))............))))))..))).))..................... ( -37.20)
>consensus
UUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCUUCUCCCACUUUCAGACUUCAAAUGCCGCGCCAAAUACGAA
....((.(((.((((((....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))............))))))..))).))..................... (-35.74 = -35.62 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,428,050 – 4,428,163
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.37
Mean single sequence MFE	-36.26
Consensus MFE	-33.76
Energy contribution	-33.28
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.90
SVM RNA-class probability	0.981769
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428050 113 + 22224390
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGCCAACAUAGCCAUCAGCCAUCGGACACCUUGGACAUCGGAAUUGUAUGGCGUGUCCAAUGCCC-------AAUGCUCAAUG
.((((((((((((((....)))))).....(((((.........))))).....))).))((((((((...(((.......)))..)).)))))).......-------....))).... ( -36.80)
>DroSec_CAF1 30439 108 + 1
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGCCACCAUAGCCAUCAGCCAUCGGACACCUUGGACAUCGGAAUUGGAUGGCGUGUCCAAUGCCC-------AAUGCU-----
...(((.((((((((....)))))).............(((((((...((.....(((..(....)..))).....))...))).)))))).))).......-------......----- ( -35.40)
>DroSim_CAF1 31745 108 + 1
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGCCACCAUAGCCAUCAGCCAUCGGACACCUUGGACAUCGGAAUUGGAUGGCGUGUCCAAUGCCC-------AAUGCU-----
...(((.((((((((....)))))).............(((((((...((.....(((..(....)..))).....))...))).)))))).))).......-------......----- ( -35.40)
>DroEre_CAF1 31420 120 + 1
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGUCACCAUAGCCAUCAGCCAUCGGACACCUUGGACAUCGGAAUUGGAUGGCGUGUCCAAUGCCCAAUACCCAAUGCCCAAUG
....(((((((((((....)))))).....(((((.........))))).....))).))((.((..((((..((.((.(((((((.....)))))))..)).))..)))))).)).... ( -36.00)
>DroYak_CAF1 30773 113 + 1
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGCCACCAUAGCCAUCAGCCAUCAGACACCUUGGACAUCGGAAUUGGUUGGCGUGUCCAAUGCCC-------AAUGUCCAAUG
....(((((((((((....)))))).....(((((.........))))).....))).)).......((((((((.((.(((((.........)))))..))-------.)))))))).. ( -37.70)
>consensus
AGAGGAGGCAGCAGCCAUGGCUGCUACAUAGCUAUAUAGCCACCAUAGCCAUCAGCCAUCGGACACCUUGGACAUCGGAAUUGGAUGGCGUGUCCAAUGCCC_______AAUGCUCAAUG
...(((.((((((((....)))))).............(((((((...((.....(((..........))).....))...))).)))))).)))......................... (-33.76 = -33.28 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	4,428,050 – 4,428,163
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.37
Mean single sequence MFE	-49.75
Consensus MFE	-42.72
Energy contribution	-42.92
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.34
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	4.14
SVM RNA-class probability	0.999810
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428050 113 - 22224390
CAUUGAGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUACAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGUUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
(((((..((((-------((((((((((.............)))))))))))..)))..)))))....((((((((((.....))))))))))((((((((....))))))))....... ( -48.32)
>DroSec_CAF1 30439 108 - 1
-----AGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
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>DroSim_CAF1 31745 108 - 1
-----AGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
-----(((((.-------.(.(((((((((((.((((.......)))).)....)))))))))).)..))(((((((((.(((((((....))))))).))))))))))))......... ( -46.80)
>DroEre_CAF1 31420 120 - 1
CAUUGGGCAUUGGGUAUUGGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGACUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
(((((((((((((..((((((.((((((.......))))))))))))..)))..))))))))))....(((((((((....)...))))))))((((((((....))))))))....... ( -55.40)
>DroYak_CAF1 30773 113 - 1
CAUUGGACAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAACCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCUGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
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>consensus
CAUUGAGCAUU_______GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUGGCUAUAUAGCUAUGUAGCAGCCAUGGCUGCUGCCUCCUCU
..................((((((((((.............)))))))))).(((.(....(((((((((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))).))).. (-42.72 = -42.92 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	4,428,090 – 4,428,203
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.76
Mean single sequence MFE	-43.60
Consensus MFE	-32.89
Energy contribution	-33.09
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.825842
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428090 113 - 22224390
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUGAGCUGCGAACAUUGAGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUACAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGUUG
((((..(((.(((((...)))))((((....)))))))..)))).(((((.-------.(.((((((((((.....(((.......))).....)))))))))).)..)).)))...... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 30479 99 - 1
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUG--------------AGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUG
.......((.(.((.((.(((((((((((((--------------..((((-------(((.((((((.......)))))))))))))..))))).)))))))).)).)))))....... ( -42.50)
>DroSim_CAF1 31785 99 - 1
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUG--------------AGCAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUG
.......((.(.((.((.(((((((((((((--------------..((((-------(((.((((((.......)))))))))))))..))))).)))))))).)).)))))....... ( -42.50)
>DroEre_CAF1 31460 120 - 1
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUGGGCUGCGAACAUUGGGCAUUGGGUAUUGGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUG
........(((.(((.(.(((((((((....)))......(((((((((((((..((((((.((((((.......))))))))))))..)))..)))))))))).)))))).)))).))) ( -49.20)
>DroYak_CAF1 30813 113 - 1
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUGAGCUGCGAACAUUGGACAUU-------GGGCAUUGGACACGCCAACCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCUGAUGGCUGAUGGCUAUGGUG
........(((.(((.(.(((((((((....)))......(((..((((((-------((((((((((.............)))))))))))..)))))..))).)))))).)))).))) ( -43.52)
>consensus
GAUGGGUGCACGAUGGGGCAUCGGGCUCUUG_GCUGCGAACAUUGAGCAUU_______GGGCAUUGGACACGCCAUCCAAUUCCGAUGUCCAAGGUGUCCGAUGGCUGAUGGCUAUGGUG
..((((..(.(....(((((((((((((................))))...........(((.........)))........)))))))))..))..))))(((((.....))))).... (-32.89 = -33.09 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:11:26 2006