Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,418,996 – 4,419,114 |
Length | 118 |
Max. P | 0.996414 |
Location | 4,418,996 – 4,419,114 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.57 |
Mean single sequence MFE | -32.86 |
Consensus MFE | -28.55 |
Energy contribution | -28.55 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.25 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 2.69 |
SVM RNA-class probability | 0.996414 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4418996 118 + 22224390 CUCCUACGCUCGAUGAAGAUCGAUUAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUUGGUCGAUUUCCUGCUUU--UACACAUUAACAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAA .......(((((((((((((.(....(((((((..((((((((..((.((.......)).))...--))))))))..)))))))..(((.......)))).)))))))))))..)).... ( -37.00) >DroSec_CAF1 21558 118 + 1 CUCCCACACUCGAUGAAGAUCGAUAAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUCCGUCGAUUUCCUGUUUU--UACACAUUAACAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAA ......((.(((((((((((.(....(((((((..(((((((((((.....))))..........--.)))))))..)))))))..(((.......)))).))))))))))).))..... ( -33.80) >DroSim_CAF1 22871 118 + 1 CUCCCACACUCGAUGAAGAUCGAUAAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUCCGUCGAUUUCCUGCUUU--UACACAUUAACAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAA ......((.(((((((((((.(....(((((((..(((((((((((.....))))..........--.)))))))..)))))))..(((.......)))).))))))))))).))..... ( -33.80) >DroEre_CAF1 22531 108 + 1 ----------CCAUGGAGAUCGAUAAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUCCGUCGAUUUCCUGCUUU--UACACAUUAACAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAG ----------...(((..(((((((((((((((..(((((((((((.....))))..........--.)))))))..)))))))..(((.......)))......))))))))..))).. ( -31.20) >DroYak_CAF1 22203 120 + 1 CUCUUGCGCCCUAUGGAGAUCGAUAAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUCCGUCGAUUUCCUGCUUCACAACACAUUAAUAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAG .............(((..(((((((((((((((..(((((((((((.....)))).............)))))))..)))))))..(((.......)))......))))))))..))).. ( -28.51) >consensus CUCCCACACUCGAUGAAGAUCGAUAAACGAUUGGCAAUGUGUGUCGUCCGUCGAUUUCCUGCUUU__UACACAUUAACAGUCGUCCGGUGUCCGUAACCCCAUCUUUAUCGAUUGCUAAA ..........((((((((((.(....(((((((..(((((((((((.....)))).............)))))))..)))))))..(((.......)))).))))))))))......... (-28.55 = -28.55 + 0.00)
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