Locus 1452

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,378,332 – 4,378,439
Length 107
Max. P 0.512545
window2318

overview

Window 8

Location 4,378,332 – 4,378,439
Length 107
Sequences 6
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.87
Mean single sequence MFE -34.08
Consensus MFE -23.09
Energy contribution -23.53
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.08
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.512545
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4378332 107 + 22224390
--ACUACAAUCAUUAUU---AU-CU---UUCAGAUUUAUUUUCGAGGCUCGUGAAUGGCCCAAUGGUCACUAUGUGCACACCCUGUAUGGCAAAAAGGAGGAGCCUCGAGGGUGAG
--...............---..-..---.......((((((((((((((((((..(((((....))))).......)))..(((...........)))..))))))))))))))). ( -31.40)
>DroPse_CAF1 209892 104 + 1
--AU------UGCUGUU---CG-AUUGACACAGAUUCAUCUUCGAGGCGCGCGAAUGGCCCAAUGGCCACUACGUGCACACCCUGUAUGGCAAGAAGGAGGAGCCGCGAGGGUGAG
--..------..(((((---(.-...)).))))..(((((((((.((((((((..(((((....)))))...))))).(..(((...........)))..).))).))))))))). ( -41.00)
>DroEre_CAF1 174408 103 + 1
------CUAUGACUAAU---AU-CU---UCCAGAUUCAUUUUCGAGGCGCGUGAAUGGCCCAAUGGUCACUAUGUGCACACCCUGUAUGGCAAAAAGGAGGAGCCUCGAGGGUGAG
------...........---..-..---.......((((((((((((((((((..(((((....))))).)))))...(..(((...........)))..).))))))))))))). ( -31.70)
>DroMoj_CAF1 269023 113 + 1
UCUCUAAACUCUCUAUUGUUCCCUC---UGCAGAUUCAUUUUUGAGGCGCGCGAGUGGCCUAAUGGGCAUUAUGUGCACACGCUCUAUGGCAAGAACGAGGAGCCGCGAGGGUAAG
....................(((((---.((....(((....)))((((((((((((.((....)).)))).)))))...((.(((......))).))....)))))))))).... ( -34.20)
>DroAna_CAF1 196291 106 + 1
--AU-AUCCUUUCUAUU---CC-AU---UUCAGAUUCAUUUUCGAGGCUCGUGAAUGGCCGAAUGGACACUACGUGCACACCCUAUACGGCAAGAAGGAGGAGCCGCGAGGGUUUG
--..-((((((.(..((---((-.(---(((.....(((((.((.....)).)))))((((.((((................)))).))))..))))..))))..).))))))... ( -25.19)
>DroPer_CAF1 232644 104 + 1
--AU------UGCUGUU---CG-AUUGACACAGAUUCAUCUUCGAGGCGCGCGAAUGGCCCAAUGGCCACUACGUGCACACCCUGUAUGGCAAGAAGGAGGAGCCGCGAGGGUGAG
--..------..(((((---(.-...)).))))..(((((((((.((((((((..(((((....)))))...))))).(..(((...........)))..).))).))))))))). ( -41.00)
>consensus
__AU_____UUACUAUU___CC_AU___UACAGAUUCAUUUUCGAGGCGCGCGAAUGGCCCAAUGGCCACUACGUGCACACCCUGUAUGGCAAGAAGGAGGAGCCGCGAGGGUGAG
...................................(((((((((.((((((((..(((((....)))))...))))).(..(((...........)))..).))).))))))))). (-23.09 = -23.53 +   0.45)

alignment

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secondary structure

Postscript

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