Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,340,331 – 4,340,444 |
Length | 113 |
Max. P | 0.928945 |
Location | 4,340,331 – 4,340,444 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 5 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.11 |
Mean single sequence MFE | -35.66 |
Consensus MFE | -25.08 |
Energy contribution | -24.76 |
Covariance contribution | -0.32 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.40 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 1.19 |
SVM RNA-class probability | 0.928945 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4340331 113 - 22224390 CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCAACUCAGAACACAUAUGGUUGGGAUCGCCAAGUGGAGCUGAAGAUCUAGCUAAAAAUUCAUUUAGCUG .........(((((((((.((...(((((((.((...))))..(((((.((.........))))))))))))...))))))))))).....((((((((......)))))))) ( -36.10) >DroSec_CAF1 126195 105 - 1 CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCAGCUAAGUACACAUAUGGUUGCGAUCGCCUGGUGGAGCUGAGGAUCUAGCUAGCAAUUCA-------- .(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...))(((((((..............))))))))))))..))))))))))))..)..)))...........-------- ( -31.14) >DroSim_CAF1 119580 105 - 1 CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCACACGUAACGGCAACCACCUAAGUACACAUAUGGUUGCGAUCGCCUGGUGGAGCUGAGGAUCUAGCUAGCAAUUCA-------- .(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...))(((((((..............))))))))))))..))))))))))))..)..)))...........-------- ( -30.14) >DroEre_CAF1 134252 111 - 1 CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAUGUA--CAUAUGCUUGGGAUCGCUUAGUGGGGCCGACGAUCUAGCUAAAAAUGGCUAUAAGGG (((.((((.(((((((((.((((.(((((.((.(((...(((........))).--....))).)).))))).))))))))))))))))).((((((....))))))..))). ( -39.40) >DroYak_CAF1 128192 111 - 1 CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAUGUG--CAUAUGGUUGGGAUCGCUUAGUGGAGCUGAAGAUCUGGCUAAAAAUGGCUAGAAAUU .........(((((((((.((((.(((((((.((...))))..(((.(((((..--..))))).)))))))).)))))))))))))...((((((((....)))))))).... ( -41.50) >consensus CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAAGUACACAUAUGGUUGGGAUCGCCUAGUGGAGCUGAAGAUCUAGCUAAAAAUUCAU__A____ .(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...)).((((((..............)))))).)))))..))))))))))))..)..)))................... (-25.08 = -24.76 + -0.32)
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