Locus 1423

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,296,101 – 4,296,289
Length	188
Max. P	0.999008

overview

Window 8

Location	4,296,101 – 4,296,209
Length	108
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.92
Mean single sequence MFE	-38.32
Consensus MFE	-32.24
Energy contribution	-31.88
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-2.45
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.09
SVM RNA-class probability	0.913772
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4296101 108 + 22224390
-A-----------UAUAAUUACAGUCGCUGGAUGGUGGCUGGCAAAGCGGAUCCCGAGAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAA
-.-----------........((((((((....)))))))).....((((((....(.((((......)))).)..))))(((((..(((((((.....)))))))...))))))).... ( -37.70)
>DroVir_CAF1 113169 111 + 1
--------UCCU-UUCCGUUGCAGUCGCUGGAUGGUCGCUGGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAA
--------....-.((((((((.....(((((((((((((.....)))))........((((......))))......))))))))..((((((.....))))))))))))))....... ( -43.90)
>DroGri_CAF1 94393 109 + 1
--------UCUU-U--AUUUGCAGUCGCUGGAUGGUCGCUGGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAA
--------....-.--.((((((..(((((((((((((((.....)))))........((((......))))......)))))))).(((((((.....)))))))...))..)))))). ( -39.00)
>DroWil_CAF1 100195 117 + 1
AUA--AAUUUCU-CUUAUUUACAGUCGUUGGAUGGUCGCUGGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUAUAUUCAUCCAGAUUCACCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAA
...--.......-......((((..((((((((..(((((.....)))))))))((......)).))))..))))....((((((..(((((((.....)))))))...))))))..... ( -32.30)
>DroMoj_CAF1 137710 119 + 1
AUGAAUC-UCCUUUUCUCCAACAGUCGCUGGAUGGUCGCUGGCAAAGCGGAUCCCGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAA
.......-........((((.......(((((((((((((.....)))))........((((......))))......)))))))).(((((((.....)))))))...))))....... ( -35.80)
>DroPer_CAF1 100656 117 + 1
GUC--UCUCCCC-CUCUGUUGCAGUCGCUGGAUGGUGGCCGGCAAGGCGGAUCCGGAGAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAA
((.--(((((..-.((((((((.((((((....))))))..)))..)))))...))))).)).................((((((..(((((((.....)))))))...))))))..... ( -41.20)
>consensus
_U______UCCU_UUCAGUUACAGUCGCUGGAUGGUCGCUGGCAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAA
...........................(((((((((((((.....)))))........((((......))))......))))))))..((((((.....))))))(((.....))).... (-32.24 = -31.88 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,296,129 – 4,296,249
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.00
Mean single sequence MFE	-30.77
Consensus MFE	-28.39
Energy contribution	-27.87
Covariance contribution	-0.53
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.37
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	3.32
SVM RNA-class probability	0.999008
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4296129 120 + 22224390
GGCAAAGCGGAUCCCGAGAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((((.((((((....(.((((......)))).)..))))(((((..(((((((.....)))))))...))))))).((((.........))))...........))).))......... ( -31.00)
>DroVir_CAF1 113200 120 + 1
GGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((...((((((......((((......))))....))))(((((..(((((((.....)))))))...)))))))......((((........))))..........)))......... ( -29.10)
>DroPse_CAF1 99344 120 + 1
GGCAAGGCGGAUCCGGAGAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCCUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((((.((((((....(.((((......)))).)..))))(((((..(((((((.....)))))))...))))))).(((((.......)))))...........))).))......... ( -33.30)
>DroGri_CAF1 94422 120 + 1
GGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUACAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((...((((((......((((......))))....))))(((((..(((((((.....)))))))...)))))))......((((........))))..........)))......... ( -29.10)
>DroWil_CAF1 100232 120 + 1
GGUAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUAUAUUCAUCCAGAUUCACCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((......(((..(((((((...(((((.((.......((((((..(((((((.....)))))))...))))))......))))))))))))))...))).......)))......... ( -28.84)
>DroPer_CAF1 100693 120 + 1
GGCAAGGCGGAUCCGGAGAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCCUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((((.((((((....(.((((......)))).)..))))(((((..(((((((.....)))))))...))))))).(((((.......)))))...........))).))......... ( -33.30)
>consensus
GGCAAAGCGGAUCCUGAAAUGCCAAAACGCAUGUAUAUCCAUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUU
(((((.((((((....(.((((......)))).)..))))(((((..(((((((.....)))))))...)))))))......((((........)))).......))).))......... (-28.39 = -27.87 +  -0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,296,169 – 4,296,289
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.56
Mean single sequence MFE	-25.33
Consensus MFE	-25.80
Energy contribution	-25.30
Covariance contribution	-0.50
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.12
Structure conservation index	1.02
SVM decision value	1.96
SVM RNA-class probability	0.983944
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4296169 120 + 22224390
AUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
.((((..(((((((.....)))))))...))))((((((....(((((....((((....(((.((((.....)))).))))))).)))))....))))))................... ( -24.90)
>DroPse_CAF1 99384 120 + 1
AUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCCUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
(((((..(((((((.....)))))))...)))))((((((((.......)))))(((((((...((((.....))))....((.....))...)))))))......)))........... ( -25.00)
>DroWil_CAF1 100272 120 + 1
AUCCAGAUUCACCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
.((((..(((((((.....)))))))...))))((((((....(((((....((((....(((.((((.....)))).))))))).)))))....))))))................... ( -25.20)
>DroMoj_CAF1 137789 120 + 1
AUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAAAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
.((((..(((((((.....)))))))...))))((((((....(((((....((((....(((.((((.....)))).))))))).)))))....))))))................... ( -24.80)
>DroAna_CAF1 100938 120 + 1
AUCCAGACUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
.((((..(((((((.....)))))))...))))((((((....(((((....((((....(((.((((.....)))).))))))).)))))....))))))................... ( -27.10)
>DroPer_CAF1 100733 120 + 1
AUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCCUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
(((((..(((((((.....)))))))...)))))((((((((.......)))))(((((((...((((.....))))....((.....))...)))))))......)))........... ( -25.00)
>consensus
AUCCAGAUUCGCCCACAACGGGUGAGCAAUGGAUGCAGAAAGUUGUUUCAUUUCACAAAUUAAAAUUGACCAACAAUAUUAGUGAUAAACAUGGAUUUGUAAGUACUGUACGUCUUCUUU
.((((..(((((((.....)))))))...))))((((((....(((((....((((....(((.((((.....)))).))))))).)))))....))))))................... (-25.80 = -25.30 +  -0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:09:05 2006