Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,012,487 – 4,012,597 |
Length | 110 |
Max. P | 0.823893 |
Location | 4,012,487 – 4,012,597 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.30 |
Mean single sequence MFE | -36.25 |
Consensus MFE | -23.85 |
Energy contribution | -25.30 |
Covariance contribution | 1.45 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.51 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.63 |
SVM RNA-class probability | 0.806209 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4012487 110 + 22224390 --GUGCAAAGUGCC--AGUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU --((((((((((((--(((((.((..((((((((........))))).)))((((((.....)))))-)..((((.....)))).))..)))).))))))))...)))))..... ( -41.80) >DroSec_CAF1 26868 91 + 1 -----------------GUGCAACAUCCAU------UGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU -----------------(((((...(((((------((((((.......))((((((.....)))))-)...)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... ( -33.20) >DroSim_CAF1 25702 97 + 1 -----------------GUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU -----------------(((((...((((......(((((((.......))((((((.....)))))-)...)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... ( -33.20) >DroEre_CAF1 25339 111 + 1 GACUGC-AACUGCA--ACUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCAAUUGGAUGCACACGCU ...(((-(...(((--(.(((((......))))).))))...)))).....((((((.....)))))-).((((((..(((((((((....))))))))...)..))).)))... ( -36.30) >DroYak_CAF1 25138 111 + 1 CACUGC-AAGUGCA--AGUGUAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU-GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCAAUUGAAUGCACACGUU ...(((-(.(.(((--(.(((((......))))).)))).).)))).....((((((.....)))))-).((((((((.((((((((....)))))))).))...))).)))... ( -34.20) >DroAna_CAF1 29711 102 + 1 --GUGCA--GUGGCAGAUUGCAACUGGCAUUGCAAUUGCCGC---A------AACUGUUGAACAACUCGAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU --(((((--(((((((.((((((......)))))))))))))---.------...(((..(...(((((..((((.....))))..)))))..)..)))......)))))..... ( -38.80) >consensus ___UGC___GUGC___AGUGCAACAUCCAUUGCAAUUGCCCCUGCAACUGGCAGUUGUUGAGCAACU_GAGUGGCAAACUGCUAAGUGAGUACUUGGCACUUGGAUGCACACGCU .................(((((...((((......(((((.((((.....))(((((.....)))))..)).)))))..((((((((....))))))))..)))))))))..... (-23.85 = -25.30 + 1.45)
Location | 4,012,487 – 4,012,597 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 6 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.30 |
Mean single sequence MFE | -35.20 |
Consensus MFE | -24.44 |
Energy contribution | -25.30 |
Covariance contribution | 0.86 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.41 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.69 |
SVM RNA-class probability | 0.823893 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 4012487 110 - 22224390 AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCACU--GGCACUUUGCAC-- .....(((((...(((((((((((....)))).((((....(((..(-((((((((..((((.....))))...)))))))))...)))...))))...--))))))))))))-- ( -39.40) >DroSec_CAF1 26868 91 - 1 AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCA------AUGGAUGUUGCAC----------------- ...(((((((((((..((((((((....)))).....(((((.((((-(((((.....))))))..))).)))))))))------.)))))).)))))----------------- ( -31.60) >DroSim_CAF1 25702 97 - 1 AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCAC----------------- ...((((((((((((((((...)))))......((((((.(((...(-(((((.....))))))((.......)))))))))))..)))))).)))))----------------- ( -32.70) >DroEre_CAF1 25339 111 - 1 AGCGUGUGCAUCCAAUUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCAGU--UGCAGUU-GCAGUC ...(((.(((...((((((.((((....)))).)))))))))))).(-(((((.....))))))....((((((..(((((((((((....))))))))--)))..))-)))).. ( -41.40) >DroYak_CAF1 25138 111 - 1 AACGUGUGCAUUCAAUUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC-AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUACACU--UGCACUU-GCAGUG ...((((((((((((((((.((((....)))).)))))........(-((((((((..((((.....))))...)))))))))...)))))).)))))(--(((....-)))).. ( -35.20) >DroAna_CAF1 29711 102 - 1 AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUCGAGUUGUUCAACAGUU------U---GCGGCAAUUGCAAUGCCAGUUGCAAUCUGCCAC--UGCAC-- .(((((.(((...((.(((.((((....)))).))).)))))))).(((..((.....))..)------)---).((((((((((((....)))))))).))))..--.))..-- ( -30.90) >consensus AGCGUGUGCAUCCAAGUGCCAAGUACUCACUUAGCAGUUUGCCACUC_AGUUGCUCAACAACUGCCAGUUGCAGGGGCAAUUGCAAUGGAUGUUGCACU___GCAC___GCA___ ...(((((((((((..(((.((((....)))).)))..(((((......(((....)))..((((.....)))).)))))......)))))).)))))................. (-24.44 = -25.30 + 0.86)
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