Locus 1332

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,986,615 – 3,986,744
Length	129
Max. P	0.999414

overview

Window 3

Location	3,986,615 – 3,986,711
Length	96
Sequences	5
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.03
Mean single sequence MFE	-23.04
Consensus MFE	-14.71
Energy contribution	-14.15
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.21
SVM RNA-class probability	0.634244
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3986615 96 - 22224390
UACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAAUCCAAAAUGUGAGCAUAGAGCUAUCUUACGAUACCACUGAUUCUUUGGCUAAGCGAUCGUUCGAUAUU-GAU
....(((...((..(((((((......)))))))..))....((((((((....)))).....(((((((.....))).))))))))....))-).. ( -18.20)
>DroSec_CAF1 8754 94 - 1
UACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAACUAUCAUACGA--CCACUGAUUCUUCGGCUAAGCGGUCGUUCGAUAUU-GAU
....(((...((..(((((((......)))))))..))........((((..((((--((.((....(....)...)).))))))..))))))-).. ( -26.20)
>DroSim_CAF1 6588 94 - 1
UACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAACUAUCAUACGA--CCACUGAUUCUUCGGCUAAGCGGUCGUUCGAUAUU-GAU
....(((...((..(((((((......)))))))..))........((((..((((--((.((....(....)...)).))))))..))))))-).. ( -26.20)
>DroEre_CAF1 6533 95 - 1
UCGACGAGAUCUUGCAUUUUGCAUUUCCAAAAUGUAAGCAUAGAGCUGUCAUACGA--CCGCUGUUUCUUCGGCUAACCGAUCGUUCGAUAUUCGAA
(((((((...(((((((((((......))))))))))).....(((.(((....))--).)))......((((....))))))).))))........ ( -26.50)
>DroYak_CAF1 6548 91 - 1
UGGACAAUAUCUUGCAUUUUC--UUUUUUAAAUGCGAGCAGAGAGCUAUCAUACGA--CCAUUGUUUCUUUGGCUAACCGAUCGUUCGAUACU--GA
..........(((((((((..--......)))))))))(((..(((((....((((--...)))).....)))))...(((....)))...))--). ( -18.10)
>consensus
UACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAGCUAUCAUACGA__CCACUGAUUCUUCGGCUAAGCGAUCGUUCGAUAUU_GAU
..........(((((((((((......)))))))))))........((((..((((.............(((......)))))))..))))...... (-14.71 = -14.15 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	3,986,634 – 3,986,744
Length	110
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.39
Mean single sequence MFE	-30.84
Consensus MFE	-22.30
Energy contribution	-22.66
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.52
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	1.36
SVM RNA-class probability	0.945981
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3986634 110 + 22224390
UUAGCCAAAGAAUCAGUGGUAUCGUAAGAUAGCUCUAUGCUCACAUUUUGGAUUAGCAAAAUGCAAGUUCUUGUGUACGAAGAAAUCUAUAUUCCACUGCGUUUGGCUGA
(((((((((....((((((((((....))))..(((.((..((((....(((((.((.....)).))))).))))..)).)))..........))))))..))))))))) ( -34.10)
>DroSec_CAF1 8773 108 + 1
UUAGCCGAAGAAUCAGUGG--UCGUAUGAUAGUUCUAUGCUCACAUUUUGGAAUAGCAAAAUGCAAGUUCUUGUGUACGAAGAUACCUAUAUUCCACUGCGCUUGGCUGA
((((((.(((...((((((--..(((((.....(((.((..((((....(((((.((.....))..)))))))))..)).)))....))))).))))))..))))))))) ( -30.20)
>DroSim_CAF1 6607 108 + 1
UUAGCCGAAGAAUCAGUGG--UCGUAUGAUAGUUCUAUGCUCACAUUUUGGAAUAGCAAAAUGCAAGUUCUUGUGUACGAAGAUACCUAUAUUCCACUGCGUUUGGCUGA
(((((((((....((((((--..(((((.....(((.((..((((....(((((.((.....))..)))))))))..)).)))....))))).))))))..))))))))) ( -30.00)
>DroEre_CAF1 6553 108 + 1
UUAGCCGAAGAAACAGCGG--UCGUAUGACAGCUCUAUGCUUACAUUUUGGAAAUGCAAAAUGCAAGAUCUCGUCGACGAGAAAAUCUAUAUCCCACUGCGUUCGGCUGA
(((((((((....(((.((--..(((((...........(((.(((((((......))))))).))).(((((....))))).....))))).)).)))..))))))))) ( -31.80)
>DroYak_CAF1 6566 106 + 1
UUAGCCAAAGAAACAAUGG--UCGUAUGAUAGCUCUCUGCUCGCAUUUAAAAAA--GAAAAUGCAAGAUAUUGUCCACGAGCAAAUCUAUAUUCCACUGUGUUUGGCUGA
(((((((((...(((.(((--..(((((((.((((.......((((((......--..))))))..(((...)))...))))..))).)))).))).))).))))))))) ( -28.10)
>consensus
UUAGCCGAAGAAUCAGUGG__UCGUAUGAUAGCUCUAUGCUCACAUUUUGGAAUAGCAAAAUGCAAGUUCUUGUGUACGAAGAAAUCUAUAUUCCACUGCGUUUGGCUGA
(((((((((....((((((..((((.....(((.....)))..(((((((......))))))).............)))).............))))))..))))))))) (-22.30 = -22.66 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	3,986,634 – 3,986,744
Length	110
Sequences	5
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.39
Mean single sequence MFE	-31.94
Consensus MFE	-27.02
Energy contribution	-26.94
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-3.45
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.58
SVM RNA-class probability	0.999414
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3986634 110 - 22224390
UCAGCCAAACGCAGUGGAAUAUAGAUUUCUUCGUACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAAUCCAAAAUGUGAGCAUAGAGCUAUCUUACGAUACCACUGAUUCUUUGGCUAA
..(((((((..((((((.....((....))(((((........((..(((((((......)))))))..))...(((....))))))))..))))))....))))))).. ( -32.00)
>DroSec_CAF1 8773 108 - 1
UCAGCCAAGCGCAGUGGAAUAUAGGUAUCUUCGUACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAACUAUCAUACGA--CCACUGAUUCUUCGGCUAA
..(((((((..((((((..(((.((((((((.(....))))).((..(((((((......)))))))..))........)))))))...--))))))...))).)))).. ( -29.50)
>DroSim_CAF1 6607 108 - 1
UCAGCCAAACGCAGUGGAAUAUAGGUAUCUUCGUACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAACUAUCAUACGA--CCACUGAUUCUUCGGCUAA
..((((.....((((((..(((.((((((((.(....))))).((..(((((((......)))))))..))........)))))))...--)))))).......)))).. ( -26.80)
>DroEre_CAF1 6553 108 - 1
UCAGCCGAACGCAGUGGGAUAUAGAUUUUCUCGUCGACGAGAUCUUGCAUUUUGCAUUUCCAAAAUGUAAGCAUAGAGCUGUCAUACGA--CCGCUGUUUCUUCGGCUAA
..(((((((.(((((((.((((((....(((((....))))).(((((((((((......))))))))))).......)))).))....--)))))))...))))))).. ( -39.00)
>DroYak_CAF1 6566 106 - 1
UCAGCCAAACACAGUGGAAUAUAGAUUUGCUCGUGGACAAUAUCUUGCAUUUUC--UUUUUUAAAUGCGAGCAGAGAGCUAUCAUACGA--CCAUUGUUUCUUUGGCUAA
..(((((((.(((((((..(((.(((..(((((....).....(((((((((..--......)))))))))....)))).))))))...--)))))))...))))))).. ( -32.40)
>consensus
UCAGCCAAACGCAGUGGAAUAUAGAUUUCUUCGUACACAAGAACUUGCAUUUUGCUAUUCCAAAAUGUGAGCAUAGAGCUAUCAUACGA__CCACUGAUUCUUCGGCUAA
..(((((((..((((((.............(((((........(((((((((((......)))))))))))....((....)).)))))..))))))....))))))).. (-27.02 = -26.94 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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