Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,935,499 – 3,935,592 |
Length | 93 |
Max. P | 0.891031 |
Location | 3,935,499 – 3,935,592 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.05 |
Mean single sequence MFE | -43.02 |
Consensus MFE | -27.53 |
Energy contribution | -27.78 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.00 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.96 |
SVM RNA-class probability | 0.891031 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3935499 93 + 22224390 CCGGUGGUCAGUUGGUGGCCGGUGGAUCGCUGAUGGGUGGGGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---GUCGU .(((((((.....((((((.((((((((...)))(((((.((((.((((....)))).)))).)))))...)))))))))))))))))---).... ( -48.20) >DroPse_CAF1 69711 87 + 1 CCGGGGGUCAACUGGUAGCCGGCAG---------CGGCGGAGAUCACGCCACGGCCUACUCCACAUUGCUGCCGCCACCGCCACCACCCCCAUCGG ..((((((....((((.((.(((((---------(((((.......))))..((......)).....)))))))).)))).....))))))..... ( -40.30) >DroSec_CAF1 51930 93 + 1 CCGGUGGUCAGUUGGUGGCUGGUGGAUCGCUAGUGGGUGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---GUCGU .(((((((.....((((((.(((((.....(((.(((((..(((.((((....)))).)))..)))))))))))))))))))))))))---).... ( -48.20) >DroEre_CAF1 58166 93 + 1 CCGGUGGCCAAUUGGUGACCGGUGGAUCGCUGGUGGGCGGGGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC---AUCGU ..(((.(((....))).)))(((((...((.((..((.(.((((.((((....)))).))))...).))..))))..)))))......---..... ( -43.60) >DroYak_CAF1 56870 93 + 1 CCGGUGGGCAGUUGGUGGCCGGGGGAUCGCUGGUGGGUGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUUCUGCCGCCGCCACCGCCACC---GUCGU .((((((.(.((.((((((.((.((((((....)))((((((...((((....)))).))))))...))).)))))))))).))))))---).... ( -43.50) >DroPer_CAF1 58240 87 + 1 CCGGGGGUCAACUGGUAGCCGGAAG---------CGGCGGAGAUCACGCCACGGCCUACUCCACAUUGCUGCCGCCACCGCCACCACCCCCAUCGG ..((((((.....(((.((.((..(---------((((((((.....((....))...))))........)))))..)))).)))))))))..... ( -34.30) >consensus CCGGUGGUCAAUUGGUGGCCGGUGGAUCGCUGGUGGGCGGAGAGCAUGCGACAGCGUACUCCACACUCCUGCCGCCGCCACCACCACC___AUCGU ..(((((.....(((((((.(((((.........(((.(..(((.((((....)))).)))..).))))))))))))))))))))........... (-27.53 = -27.78 + 0.25)
Location | 3,935,499 – 3,935,592 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 96 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.05 |
Mean single sequence MFE | -43.60 |
Consensus MFE | -29.17 |
Energy contribution | -29.12 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.812726 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3935499 93 - 22224390 ACGAC---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCCCCACCCAUCAGCGAUCCACCGGCCACCAACUGACCACCGG ....(---((((((((((((((.((..((.(((.((((((.((....)).)))))).)))))(((...))))).)).)))))).....))))))). ( -44.20) >DroPse_CAF1 69711 87 - 1 CCGAUGGGGGUGGUGGCGGUGGCGGCAGCAAUGUGGAGUAGGCCGUGGCGUGAUCUCCGCCG---------CUGCCGGCUACCAGUUGACCCCCGG ....(((((((.(..((((((((((((((...((((((((.((....)).))..)))))).)---------))))).)))))).))).))))))). ( -48.40) >DroSec_CAF1 51930 93 - 1 ACGAC---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACUAGCGAUCCACCAGCCACCAACUGACCACCGG ....(---((((((((((((((.((..((.(((..(((((.((....)).)))))..))))).(....)..)).)).)))))).....))))))). ( -42.70) >DroEre_CAF1 58166 93 - 1 ACGAU---GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCCCCGCCCACCAGCGAUCCACCGGUCACCAAUUGGCCACCGG .((.(---((((((((.(((((((((((..(((.....))).))))))).))))..))).)))))).)).....(((((..((....))..))))) ( -42.00) >DroYak_CAF1 56870 93 - 1 ACGAC---GGUGGCGGUGGCGGCGGCAGAAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACCAGCGAUCCCCCGGCCACCAACUGCCCACCGG ....(---(((((((((((.(((((.....(((..(((((.((....)).)))))..)))...))..((......))))).)).)))).)))))). ( -40.20) >DroPer_CAF1 58240 87 - 1 CCGAUGGGGGUGGUGGCGGUGGCGGCAGCAAUGUGGAGUAGGCCGUGGCGUGAUCUCCGCCG---------CUUCCGGCUACCAGUUGACCCCCGG ....(((((((((((((((.(((((((....)..((((((.((....)).))..))))))))---------)).)).)))))).....))))))). ( -44.10) >consensus ACGAC___GGUGGUGGUGGCGGCGGCAGGAGUGUGGAGUACGCUGUCGCAUGCUCUCCACCCACCAGCGAUCCACCGGCCACCAACUGACCACCGG ........((((((((((((((.((...(.(((.((((((.((....)).)))))).))).).........)).)).)))))).....)))))).. (-29.17 = -29.12 + -0.05)
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