Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,888,529 – 3,888,627 |
Length | 98 |
Max. P | 0.848256 |
Location | 3,888,529 – 3,888,627 |
---|---|
Length | 98 |
Sequences | 5 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.06 |
Mean single sequence MFE | -38.34 |
Consensus MFE | -31.50 |
Energy contribution | -31.54 |
Covariance contribution | 0.04 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.64 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.848256 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3888529 98 + 22224390 AUACCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGUCUGC ...(((.........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).((((.....))))...)))...-------.(((((....))))). ( -36.80) >DroSec_CAF1 6053 98 + 1 AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGACUGC (((((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).))))).((..((((((((....-------.))))...))))..)) ( -37.70) >DroSim_CAF1 3113 98 + 1 AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA-------ACGGACACUGGACUGC (((((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).))))).((..((((((((....-------.))))...))))..)) ( -37.70) >DroEre_CAF1 6651 105 + 1 AUGCCCAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUUCAUCCGGACAGCGGACAACGGACAACGGAUAAC ..............(((((((((((((((..((((((...((((((.....))).)))(((((....)))))...))))))..))))).)))).))))))..... ( -40.40) >DroYak_CAF1 8507 105 + 1 AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUGCGGACAGCGGACAACGGACACUGGGCUGU ..((((........((((((((((((((((.(((.....))).)))))).)))))((((.((((.....)))).)))))))))((.....)).....)))).... ( -39.10) >consensus AUCCCGAAAAAGAACUGUUGCCGUGUCCGGCGUUUGGUCAGCACCGGAUAACGGCUGCAAGGGGUUGCUCUCCAUCCGGACA_______ACGGACACUGGACUGC ...((..........(((.(((((((((((.(((.....))).)))))).))))).))).((((.....)))).((((............))))....))..... (-31.50 = -31.54 + 0.04)
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