Locus 1278

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,808,609 – 3,808,746
Length	137
Max. P	0.966260

overview

Window 7

Location	3,808,609 – 3,808,720
Length	111
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.58
Mean single sequence MFE	-41.73
Consensus MFE	-25.75
Energy contribution	-26.98
Covariance contribution	1.23
Combinations/Pair	1.40
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.632863
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3808609 111 + 22224390
GCAACUUGCUGACGCAACUCCUCAU-UAGUUGCCUGUAGAUCAGCCAGCUGGUUGGUAAGCUCCUGGAGCUGUUUGGCUAGCUCCGCGCUCACCUGUGCAUCGGUAUGCGCU
.(((((.((((..((((((......-.))))))(((.....))).)))).)))))..........(((((((......)))))))((((..(((........)))..)))). ( -40.50)
>DroGri_CAF1 9670 107 + 1
----UCACCGGCUGCUGUUCGGCG-CUGCUGUUACGCAGCUCUUGCAGCUGAUUCUCCAGCUCCUGAAGCUGCUUGGCCAGCUCCACAUUGACCUGGGCAUCCGUGGAGGCC
----....(((((((.....((.(-((((......))))).)).)))))))..(((((((((.....))))(..((.((((.((......)).)))).))..)..))))).. ( -39.60)
>DroSec_CAF1 7467 111 + 1
GCAACUUGCUGACGCAACUCCUCAU-UAGUUGCCUGUAGAUCAGCUAGCUGGUUGGUGAGCUCCUGGAGCUGUUUGGCGAGCUCCGCGCUCACCUGUGCGUCGGUAGACGCU
((..((.(((((((((.......((-((((((.(((.....))).)))))))).(((((((...(((((((........))))))).)))))))..)))))))))))..)). ( -48.80)
>DroSim_CAF1 7746 111 + 1
GCAACUUGCUGACGCAACUCCUCAU-UAGUCGCCUGUAGAUCAGCUAGCUGGUUGGUGAGCUCCUGGAGCUGUUUGGCGAGCUCCGCGCUCACCUGUGCAUCGGUAGACGCU
((...((((....))))........-..((((((((((((((((....))))))(((((((...(((((((........))))))).)))))))..))))..))).))))). ( -41.20)
>DroEre_CAF1 7453 111 + 1
GCAACUUGGUGACGCAACUCCUCAU-UAGUUGCUUGUAGCUCCGUUAGCUGGUUGGUGAGUUCCUGGAGCUGUUUGGCUAGCUCCGCGCUCACCUGUGCAUCGGUGGACGCU
((.((..(....)((((((......-.))))))..)).))..((((.((((((.(((((((...((((((((......)))))))).))))))).....)))))).)))).. ( -41.00)
>DroYak_CAF1 7532 111 + 1
GCAACUUCCUGACGCAACUCCUCAU-UAGUUGAUUGUAGGUUCGCUAGCUGGUUGGUGAGUUCUUGAAGCUGUUUGGCCAGCUCCGCGCUCACCUGCGCAUCGGUGGACGCU
((......(((...(((((......-.)))))....)))((((((((((((((..(..((((.....))))..)..)))))))..((((......))))...))))))))). ( -39.30)
>consensus
GCAACUUGCUGACGCAACUCCUCAU_UAGUUGCCUGUAGAUCAGCUAGCUGGUUGGUGAGCUCCUGGAGCUGUUUGGCCAGCUCCGCGCUCACCUGUGCAUCGGUAGACGCU
.....(((((((.((((((........))))))..............((.....(((((((...((((((((......)))))))).)))))))...)).)))))))..... (-25.75 = -26.98 +   1.23)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,808,609 – 3,808,720
Length	111
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.58
Mean single sequence MFE	-43.28
Consensus MFE	-29.10
Energy contribution	-30.00
Covariance contribution	0.90
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.59
SVM RNA-class probability	0.966260
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3808609 111 - 22224390
AGCGCAUACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAGCUUACCAACCAGCUGGCUGAUCUACAGGCAACUA-AUGAGGAGUUGCGUCAGCAAGUUGC
.(.((((....)))).).(((((((..((((((........))))))....)))))))...(((((.((((((......((((((.-......)))))))))))).))))). ( -44.00)
>DroGri_CAF1 9670 107 - 1
GGCCUCCACGGAUGCCCAGGUCAAUGUGGAGCUGGCCAAGCAGCUUCAGGAGCUGGAGAAUCAGCUGCAAGAGCUGCGUAACAGCAG-CGCCGAACAGCAGCCGGUGA----
((((((((((...((....))...))))))...))))..(((((((..(.(((((......))))).)..)))))))..........-(((((.........))))).---- ( -44.10)
>DroSec_CAF1 7467 111 - 1
AGCGUCUACCGACGCACAGGUGAGCGCGGAGCUCGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCUGAUCUACAGGCAACUA-AUGAGGAGUUGCGUCAGCAAGUUGC
.(((((....)))))...(((((((..((((((........))))))....)))))))...(((((.((((((......((((((.-......)))))))))))).))))). ( -50.20)
>DroSim_CAF1 7746 111 - 1
AGCGUCUACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUCGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCUGAUCUACAGGCGACUA-AUGAGGAGUUGCGUCAGCAAGUUGC
.(((((....)))))...(((((((..((((((........))))))....)))))))...(((((.((((((......((((((.-......)))))))))))).))))). ( -48.10)
>DroEre_CAF1 7453 111 - 1
AGCGUCCACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAACUCACCAACCAGCUAACGGAGCUACAAGCAACUA-AUGAGGAGUUGCGUCACCAAGUUGC
.(((((....)))))...(((((.(((((((((........))))))...(((((..((.((.......)).((.....)).....-.))..)))))))))))))....... ( -38.20)
>DroYak_CAF1 7532 111 - 1
AGCGUCCACCGAUGCGCAGGUGAGCGCGGAGCUGGCCAAACAGCUUCAAGAACUCACCAACCAGCUAGCGAACCUACAAUCAACUA-AUGAGGAGUUGCGUCAGGAAGUUGC
.(((((....)))))(((((((((..((((((((......)))))))..)..))))))..((.....((((.(((.((........-.)))))..))))....))....))) ( -35.10)
>consensus
AGCGUCCACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCUGAUCUACAGGCAACUA_AUGAGGAGUUGCGUCAGCAAGUUGC
.(((((....)))))...(((((((..((((((........))))))....))))))).....................((((((...(((.(.....).)))...)))))) (-29.10 = -30.00 +   0.90)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,808,646 – 3,808,746
Length	100
Sequences	6
Columns	100
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.47
Mean single sequence MFE	-38.09
Consensus MFE	-23.72
Energy contribution	-24.37
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.558032
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3808646 100 - 22224390
GCUUCCCGCAGUCCGCAAUCGGAAGCAGCGCAUACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAGCUUACCAACCAGCUGGCUGAUC
........(((((.((....((((((.((((.((((........)))).))))((((((........))))))....)))).)).....)).)))))... ( -38.30)
>DroSec_CAF1 7504 100 - 1
GCUUCCCGCAGUCCGCAAUCGGAGGCAGCGUCUACCGACGCACAGGUGAGCGCGGAGCUCGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCUGAUC
((((((.((.....))....)))))).(((((....)))))...(((((((..((((((........))))))....)))))))...(((....)))... ( -43.30)
>DroSim_CAF1 7783 100 - 1
GCUUCCCGCAGUCCCCAAUCGGAGGCAGCGUCUACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUCGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCUGAUC
((((((..............)))))).(((((....)))))...(((((((..((((((........))))))....)))))))...(((....)))... ( -39.54)
>DroEre_CAF1 7490 100 - 1
UUUUCCAGCAGUCCGCAAUCGGAGGCAGCGUCCACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAACUCACCAACCAGCUAACGGAGC
..(((((((.....(((.((((.((......)).)))))))...((((((..(((((((........))))))..)..)))))).....)))...)))). ( -35.80)
>DroYak_CAF1 7569 100 - 1
UCUUCCAGCAGUCUGCAAUCGGAGGCAGCGUCCACCGAUGCGCAGGUGAGCGCGGAGCUGGCCAAACAGCUUCAAGAACUCACCAACCAGCUAGCGAACC
..(((((((....(((.(((((.((......)).)))))..)))((((((..((((((((......)))))))..)..)))))).....))).).))).. ( -36.50)
>DroAna_CAF1 7869 97 - 1
CUAACCCAGAGUG---AGGCGACGGCGGCCACCACCGACGCCCAGGUUAGCCAGGAGCUGGCCAAGCAGCUGCACGACCUGACCAACCAACUGGCGGAGC
....(((((..((---.((((.(((.((...)).))).))))))((((((...(.(((((......))))).).....))))))......)))).).... ( -35.10)
>consensus
GCUUCCCGCAGUCCGCAAUCGGAGGCAGCGUCCACCGAUGCACAGGUGAGCGCGGAGCUAGCCAAACAGCUCCAGGAGCUCACCAACCAGCUAGCGGAUC
...........(((......)))(((.(((((....)))))...((((((...((((((........)))))).....)))))).....)))........ (-23.72 = -24.37 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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