Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,513,945 – 3,514,046 |
Length | 101 |
Max. P | 0.969451 |
Location | 3,513,945 – 3,514,046 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 75.48 |
Mean single sequence MFE | -35.67 |
Consensus MFE | -23.42 |
Energy contribution | -24.07 |
Covariance contribution | 0.64 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -1.34 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.53 |
SVM RNA-class probability | 0.770310 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3513945 101 + 22224390 --------UAUGU--CU--CCA------UCUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGUGACAAGCUGGUCCGCCAGCUAUAUUGGG --------..(((--(.--(..------(((((((((((......)))))))))))......((((.(.((((.....)))).).))))).))))((((((....))))))........ ( -37.50) >DroPse_CAF1 29543 107 + 1 ------UAUAUAU------CGUGUGUAUAUUUUCAGCUCACAGUCGGACUGGGAGAAUGUGUGGCAUCAGGAGACCCAUUCCCGGUGCCGGGACAAGCUCAUCCGCCAGUUAUACUGGG ------(((((((------...)))))))...........((((..(((((((((..(((.(((((((.((((.....)))).))))))).).))..))).....))))))..)))).. ( -32.40) >DroGri_CAF1 44846 113 + 1 UAUAGAAGUGUAUCUAAUAAUU------UUGCACAGUUCACAGUCAGACUGGGAGAACGUUUGGCACCGGGAGGCGCAUUCCCGAUGCCGAGACAAGCUGGUCCGCCAGCUCUAUUGGG .(((((.(((((..........------.))))).((((.(((.....)))...))))((((((((.((((((.....)))))).)))).))))..(((((....)))))))))).... ( -40.50) >DroEre_CAF1 24942 107 + 1 ---GAAAUAAUAU------CCUUUG---UUUUUUAGUUCGCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGGGAUAAGCUGGUCCGCCAGCUUUAUUGGG ---..((((((((------(((...---((((((((((((....))))))))))))......((((.(.((((.....)))).).))))))))))((((((....)))))))))))... ( -38.40) >DroYak_CAF1 19614 104 + 1 ---GAAAUAAUAU------ACA------UCUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGCGACAAGCUGGUCCGCCAGCUUUAUUGGG ---....(((((.------...------(((((((((((......)))))))))))..((((((((.(.((((.....)))).).)))))).))(((((((....)))))))))))).. ( -38.60) >DroAna_CAF1 41324 105 + 1 --UAAAAAAAAAC------UCA------AUUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAAUGUGUGGCACCAGGAGACCCAUUCCCGUUGUCGGGACAAGCUCGUCCGGCAAUUGUACUGGG --..........(------((.------.((((((((((......))))))))))......((....)).))).((((...(.((((((((.((......)))))))))).)...)))) ( -26.60) >consensus ____AAAAAAUAU______CCA______UUUUUUAGUUCCCAAUCGGACUGGGAGAACGUGUGGCACCAGGAGACGCACUCCCGCUGCCGGGACAAGCUGGUCCGCCAGCUAUAUUGGG ............................(((((((((((......))))))))))).....(((((.(.((((.....)))).).))))).....((((((....))))))........ (-23.42 = -24.07 + 0.64)
Location | 3,513,945 – 3,514,046 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.48 |
Mean single sequence MFE | -35.55 |
Consensus MFE | -23.82 |
Energy contribution | -23.85 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -1.94 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 1.64 |
SVM RNA-class probability | 0.969451 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3513945 101 - 22224390 CCCAAUAUAGCUGGCGGACCAGCUUGUCACGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAGA------UGG--AG--ACAUA-------- ((((((...(((((.(((...((.(((...((((.((((((.....)))))).))))))).))))).)))))...)))))).........(------((.--..--.))).-------- ( -41.30) >DroPse_CAF1 29543 107 - 1 CCCAGUAUAACUGGCGGAUGAGCUUGUCCCGGCACCGGGAAUGGGUCUCCUGAUGCCACACAUUCUCCCAGUCCGACUGUGAGCUGAAAAUAUACACACG------AUAUAUA------ ....(((((..(((((...(((((..(((((....)))).)..)).)))....)))))..((..(((.(((.....))).))).))....))))).....------.......------ ( -30.60) >DroGri_CAF1 44846 113 - 1 CCCAAUAGAGCUGGCGGACCAGCUUGUCUCGGCAUCGGGAAUGCGCCUCCCGGUGCCAAACGUUCUCCCAGUCUGACUGUGAACUGUGCAA------AAUUAUUAGAUACACUUCUAUA ....((((((((((....))))).(((.((((((((((((.......))))))))))....((((...(((.....))).)))).......------........)).)))..))))). ( -38.80) >DroEre_CAF1 24942 107 - 1 CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUAUCCCGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGCGAACUAAAAAA---CAAAGG------AUAUUAUUUC--- .......(((((((....)))))))((((.((((.((((((.....)))))).))))...(((..((.......))..)))..........---....))------))........--- ( -34.80) >DroYak_CAF1 19614 104 - 1 CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUGUCGCGGCAGCGGGAGUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAGA------UGU------AUAUUAUUUC--- ((((((...(((((.(((.(.((.....))((((.((((((.....)))))).))))....).))).)))))...))))))..........------...------..........--- ( -39.30) >DroAna_CAF1 41324 105 - 1 CCCAGUACAAUUGCCGGACGAGCUUGUCCCGACAACGGGAAUGGGUCUCCUGGUGCCACACAUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAAU------UGA------GUUUUUUUUUA-- .......((((((((((..(((((..(((((....)))).)..)).))))))))...........(((((((...)))))))......)))------)).------...........-- ( -28.50) >consensus CCCAAUAAAGCUGGCGGACCAGCUUGUCCCGGCAGCGGGAAUGCGUCUCCUGGUGCCACACGUUCUCCCAGUCCGAUUGGGAACUAAAAAA______AGG______AUAUAAUUU____ ..((((...(((((.((((......)))).((((.(((((.......))))).))))..........)))))...))))........................................ (-23.82 = -23.85 + 0.03)
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