Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 468,741 – 468,847 |
Length | 106 |
Max. P | 0.541067 |
Location | 468,741 – 468,847 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.33 |
Mean single sequence MFE | -38.07 |
Consensus MFE | -23.99 |
Energy contribution | -25.87 |
Covariance contribution | 1.88 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.541067 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 468741 106 - 22224390 UGCCUGUGCUGCAGAGCACCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAACGAAGUUGGUGCCGGACAGGGAACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC ..(((.((((((.(.((((((((((..(((....)))((....)))))))))))))...(((((((.......))).)))))))))).)))............... ( -40.30) >DroSec_CAF1 670 106 - 1 UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGCACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC ((((..((((((...))))))....(.(((....))))))))....((((((((((......))))))....((((.((((....))))))))....))))..... ( -37.70) >DroSim_CAF1 670 106 - 1 UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGCACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC ((((..((((((...))))))....(.(((....))))))))....((((((((((......))))))....((((.((((....))))))))....))))..... ( -37.70) >DroEre_CAF1 758 106 - 1 UGCCUGUGCUGCAGAGCAGUAACUUGCACGUAAACGUUGGCAAUCCAGCCGGUGCCGGACAGGGAAGCAAUAUUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC (((..(((((((...))))).))..))).......(((((((((((..(((.(((((((...((((......)))).))))))).)))..).))))..)))))).. ( -40.20) >DroYak_CAF1 682 106 - 1 UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUGGGCAAUCAAGCCGGUGCCGGACAGGGAAGCAAUCUUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC ((((..((((((...)))))).....((((....)))))))).((...(((.(((((((...(((((....))))).))))))).)))..)).............. ( -40.80) >DroAna_CAF1 705 82 - 1 UGCCAGUGCUGCAGAGCAGCAAUCUGCACGUGAACGUGGGCAGUCCGGC------------------------GUUAGCCAGCAGCUCGGGAGGAUCAGCUAGCAC ((((..((((((...)))))).....((((....))))))))....(((------------------------....))).((((((.((.....)))))).)).. ( -31.70) >consensus UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGAACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC (((..(((((((...))))).))..))).......((.(((((((...(((.(((((((..(((........)))..))))))).)))....))))..))).)).. (-23.99 = -25.87 + 1.88)
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