Locus 1138

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 3,386,986 – 3,387,126
Length 140
Max. P 0.696320
window1828 window1829 window1830

overview

Window 8

Location 3,386,986 – 3,387,098
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.36
Mean single sequence MFE -41.28
Consensus MFE -22.89
Energy contribution -23.42
Covariance contribution 0.53
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.580373
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3386986 112 + 22224390
UGACGAACCCUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUGUUCGAAUCGAACGCCGUCCACCAUGUGCCGAAUGCGAUCCACAUGGCGGGCACGUGGUGGAACGCAUAGCUCUUAGA
.(((((....)))))((....((.((....((.((((((...)))))))).(((((((((((((...(((.((....)).)))))))))))))))).))))..))....... ( -41.00)
>DroVir_CAF1 51358 112 + 1
CGCCGAAUUGUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUUUUCGAAACGAAUGGAAUCCACCAUGUGCCGCAUGGCAUCCACAUGGCUGGCACGUGGUGGAACGCAUUGCUCGUGGA
(((.((..((.(((..(((.(((((((((.....))))))..))).)))..((((((((((((((((((.......))).)).))))))))))))))))))....))))).. ( -42.50)
>DroPse_CAF1 62722 112 + 1
CGGCGAACGCUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUUUUCGAAACGAAUGAGGUCCACCAUGUGCCGCAUGGAUUCCACACUCCGGCCACGUGGUGGAUCGCAUCGCUUGAGGG
((((((....))))))((.....((((((.....))))))..(((.((.((((((((((((((((..((.......))...))).))))))))))))).))))).....)). ( -42.80)
>DroGri_CAF1 49265 112 + 1
CUGCCAAACGUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUUUUCGAAAUGAACAGAAUCCACCAUGUGCCGCAUGCCAUCCACAUGCCUGACACGUGGUGGAACGCAACACUUCUAGA
............(((((......((((((.....))))))...........((((((((((((.(((((.......)))))..).)))))))))))..)))))......... ( -36.20)
>DroMoj_CAF1 61275 112 + 1
CUGCGAAACGUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUUUUCGAAACGAAUGGCAUCCACCAUGUGCCACUCGCCGUCCACACGGCCAGCACGUGGUGGACUCCAUUGCUUGGUGA
..((((....))))(((((.(((((((((.....))))))..))).)))))((((((((((((.....(((((....)))))..))))))))))))(.(((.....))).). ( -46.00)
>DroAna_CAF1 65704 112 + 1
UAACGAAUGCUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUGUUCGAAUCGAACGGCAUCCACCAUGUGCCGAAUGCCGUCCACACGCUGGCCACGUGGUGGAACGCAUUGUUCGGUGG
((((((....))))))((.....(((((.......)))))(((((((.((.((((((((((((((...((.((....))))))).)))))))))))..))...))))))))) ( -39.20)
>consensus
CGGCGAAACCUCGUUGCCAAUUGUCGAAGUGGAUUUUCGAAACGAACGGCAUCCACCAUGUGCCGCAUGCCAUCCACACGCCGGGCACGUGGUGGAACGCAUUGCUCGUAGA
((((((....)))))).......((((((.....))))))...........(((((((((((.......................)))))))))))................ (-22.89 = -23.42 +   0.53)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 3,386,986 – 3,387,098
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.36
Mean single sequence MFE -38.77
Consensus MFE -23.83
Energy contribution -23.92
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.61
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3386986 112 - 22224390
UCUAAGAGCUAUGCGUUCCACCACGUGCCCGCCAUGUGGAUCGCAUUCGGCACAUGGUGGACGGCGUUCGAUUCGAACAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGAGGGUUCGUCA
.....(((((..((..(((((((.(((((....(((((...)))))..))))).)))))))..))(((((...)))))..............(((....))).))))).... ( -37.90)
>DroVir_CAF1 51358 112 - 1
UCCACGAGCAAUGCGUUCCACCACGUGCCAGCCAUGUGGAUGCCAUGCGGCACAUGGUGGAUUCCAUUCGUUUCGAAAAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGACAAUUCGGCG
....(((((((((...(((((((.(((((.((...((((...))))))))))).)))))))...)))).).))))..........((((...(((....)))....)))).. ( -35.20)
>DroPse_CAF1 62722 112 - 1
CCCUCAAGCGAUGCGAUCCACCACGUGGCCGGAGUGUGGAAUCCAUGCGGCACAUGGUGGACCUCAUUCGUUUCGAAAAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGAGCGUUCGCCG
......(((((((.(.(((((((.(((.((...((((((...))))))))))).))))))).).)).)))))(((((.......))))).....((((((....))).))). ( -36.80)
>DroGri_CAF1 49265 112 - 1
UCUAGAAGUGUUGCGUUCCACCACGUGUCAGGCAUGUGGAUGGCAUGCGGCACAUGGUGGAUUCUGUUCAUUUCGAAAAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGACGUUUGGCAG
.(((((.(((((((((.((((((((((.....))))))).))).)))))))))..((((((((...(((.....))))))))))).......(((....)))..)))))... ( -40.80)
>DroMoj_CAF1 61275 112 - 1
UCACCAAGCAAUGGAGUCCACCACGUGCUGGCCGUGUGGACGGCGAGUGGCACAUGGUGGAUGCCAUUCGUUUCGAAAAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGACGUUUCGCAG
.......(((((((.((((((((.(((((((((((....)))))...)))))).)))))))).)))))(((((((((.......))))).....(....)))))....)).. ( -42.60)
>DroAna_CAF1 65704 112 - 1
CCACCGAACAAUGCGUUCCACCACGUGGCCAGCGUGUGGACGGCAUUCGGCACAUGGUGGAUGCCGUUCGAUUCGAACAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGAGCAUUCGUUA
......((((((((((((...(((((.....)))))(((((((((((((.(....).)))))))))))))....))))..............(((....)))))))).))). ( -39.30)
>consensus
UCAACAAGCAAUGCGUUCCACCACGUGCCCGCCAUGUGGAUGGCAUGCGGCACAUGGUGGAUGCCAUUCGUUUCGAAAAUCCACUUCGACAAUUGGCAACGACGAUUCGCCG
.........((((...(((((((.(((((....((((.....))))..))))).)))))))...))))....(((((.......)))))...(((....))).......... (-23.83 = -23.92 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 3,387,019 – 3,387,126
Length 107
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.24
Mean single sequence MFE -49.73
Consensus MFE -24.52
Energy contribution -24.75
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.696320
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3387019 107 + 22224390
UGUUCGAAUCGAACGCCGUCCACCAUGUGCCGAAUGCGAUCCACAUGGCGGGCACGUGGUGGAACGCAUAGCUCUUAGAUGCCGGCGGGGGGAUGUCCUG------------GCGGCGC
.(((((...)))))((..(((((((((((((...(((.((....)).))))))))))))))))..)).............((((.(((((.....)))))------------.)))).. ( -50.10)
>DroVir_CAF1 51391 119 + 1
UUUUCGAAACGAAUGGAAUCCACCAUGUGCCGCAUGGCAUCCACAUGGCUGGCACGUGGUGGAACGCAUUGCUCGUGGAUGGCAGCGGUGCGACGGCGGGUCGCUGCGGCCCGUGGCAC
..((((...)))).....((((((((((((((((((.......))).)).))))))))))))).(((((((((.((.....))))))))))).(.((((((((...)))))))).)... ( -58.00)
>DroPse_CAF1 62755 119 + 1
UUUUCGAAACGAAUGAGGUCCACCAUGUGCCGCAUGGAUUCCACACUCCGGCCACGUGGUGGAUCGCAUCGCUUGAGGGCGCCAGCGGCGGGGCGUCGUGUGGCCACCAAAUGUGGCAC
..(((((..(((.((.((((((((((((((((..((.......))...))).))))))))))))).))))).)))))((((((........)))))).....(((((.....))))).. ( -52.20)
>DroGri_CAF1 49298 119 + 1
UUUUCGAAAUGAACAGAAUCCACCAUGUGCCGCAUGCCAUCCACAUGCCUGACACGUGGUGGAACGCAACACUUCUAGAUGGCAGCGGCGAGGCGGCACGUGGACACAGUUCUCGGCAC
...((((...((((.(....).(((((((((((.((((((((((.((.....)).)))(((........))).....)))))))........))))))))))).....))))))))... ( -41.60)
>DroAna_CAF1 65737 107 + 1
UGUUCGAAUCGAACGGCAUCCACCAUGUGCCGAAUGCCGUCCACACGCUGGCCACGUGGUGGAACGCAUUGUUCGGUGGUCCUGGCGGGGCGCUCUCCGU------------CCGGCGC
.......(((((((.((.((((((((((((((...((.((....))))))).)))))))))))..))...))))))).(.((.(((((((....))))))------------).))).. ( -44.30)
>DroPer_CAF1 56736 119 + 1
UUUUCGAAACGAAUGAGGUCCACCAUGUGCCGCAUGGAUUCCACACUCCGGCCACGUGGUGGAUCGCAUCGCUUGAGGGCGCCAGCGGCGGGGCGUCGUGUGGCCACCAAAUGUGGCAC
..(((((..(((.((.((((((((((((((((..((.......))...))).))))))))))))).))))).)))))((((((........)))))).....(((((.....))))).. ( -52.20)
>consensus
UUUUCGAAACGAACGGAAUCCACCAUGUGCCGCAUGCCAUCCACACGCCGGCCACGUGGUGGAACGCAUCGCUCGUGGAUGCCAGCGGCGGGGCGUCGUGUGGCCAC_____GCGGCAC
..((((...)))).....((((((((((((((..((.......))...))).)))))))))))..((..((((.(......).))))((((....))))................)).. (-24.52 = -24.75 +   0.23)

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