Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,117,973 – 3,118,107 |
Length | 134 |
Max. P | 0.950588 |
Location | 3,117,973 – 3,118,073 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.57 |
Mean single sequence MFE | -21.13 |
Consensus MFE | -17.05 |
Energy contribution | -17.05 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.28 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.663068 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3117973 100 + 22224390 -------------CACAGUUAUCCA-------CGAUACAAGUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAU -------------.((((((.....-------((((....)))).))))))........(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...)))......... ( -20.10) >DroPse_CAF1 96927 89 + 1 ACC----------CGCAG---------------------ACUCGCAGCUGCUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUCUUGCCACAAAAUAU ...----------.((((---------------------(((.((...(((....)))..)).))))..(((((((((....)))).)))))...............))).......... ( -21.20) >DroSim_CAF1 77260 109 + 1 ACA----CACACACACAGAUAUCCA-------CGAUACAAGUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAU ...----.......(((((((....-------.(((...((((...((.......))..)))).)))..(((((((((....)))).)))))...))))))).................. ( -18.60) >DroEre_CAF1 77781 100 + 1 -------------CACAGAUAUCCA-------CGAUACAAGUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGAAAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAU -------------.(((((((....-------.(((...((((...((.......))..)))).)))..(((((((((....))).))))))...))))))).................. ( -18.60) >DroAna_CAF1 95350 120 + 1 AGAUACAUAUACUCAGAUAUAUCUAGAUACUUGAAUACAAGUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCGCAAAAUAU (((((.((........)).)))))....(((((....))))).((.((.......))..(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...)))))....... ( -22.60) >DroPer_CAF1 99487 89 + 1 ACC----------CGCAG---------------------ACUAGCAGCUGCUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUCUUGCCACAAAAUAU ...----------.((((---------------------((((((...(((....)))..)))))))..(((((((((....)))).)))))...............))).......... ( -25.70) >consensus AC___________CACAGAUAUCCA_______CGAUACAAGUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAU ...........................................(((........)))..(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...)))......... (-17.05 = -17.05 + 0.00)
Location | 3,117,993 – 3,118,107 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.47 |
Mean single sequence MFE | -30.16 |
Consensus MFE | -27.18 |
Energy contribution | -27.85 |
Covariance contribution | 0.67 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.79 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.40 |
SVM RNA-class probability | 0.950588 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3117993 114 + 22224390 GUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAUUUACACAAUUGACAGCUGCUUCUGUUCAGUGCCC------ ...(((((((((((((((((..(((....(((((((((....)))).)))))..))))))))..(((((...)))))..........))))))))))))...............------ ( -30.20) >DroPse_CAF1 96936 120 + 1 CUCGCAGCUGCUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUCUUGCCACAAAAUAUUUACACAACUGACAGCUGCUUCUGUUCGGUGCUGGGUGCU ..(.(((((((....))).(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...)))................((((((((......))).))))))))).).... ( -28.40) >DroEre_CAF1 77801 114 + 1 GUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGAAAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAUUUACACAAUUGACAGCUGCUUCUGCUCAGUGCCC------ ...(((((((((((((((((..(((....(((((((((....))).))))))..))))))))..(((((...)))))..........))))))))))))....((.....))..------ ( -30.80) >DroYak_CAF1 81586 114 + 1 GUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAUUUACACAAUUGACAGCUGCUUCUGUUCAGUGCCC------ ...(((((((((((((((((..(((....(((((((((....)))).)))))..))))))))..(((((...)))))..........))))))))))))...............------ ( -30.20) >DroAna_CAF1 95390 120 + 1 GUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCGCAAAAUAUUUACACAAUUGACAGCUGCUUCUUUUCAGUACAGUGGAGU ...((((((((((((((..(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...))))))..............)))))))))))....(((((......))))). ( -31.53) >DroPer_CAF1 99496 120 + 1 CUAGCAGCUGCUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUCUUGCCACAAAAUAUUUACACAACUGACAGCUGCUUCUGUUCGGUGCUGGGUGCU (((((...(((....)))..)))))....(((((((((....)))).)))))........((((((..((.................((((((((......))).))))))).)))))). ( -29.82) >consensus GUCGCAGCUGUUAAUGCAAGGCUAGUCAUGUGCUUCGAUUUAUCGACAGCAUUUCUAUUUGUACUUUUGCCACAAAAUAUUUACACAAUUGACAGCUGCUUCUGUUCAGUGCCC______ ...((((((((((((....(((.(((((.(((((((((....)))).))))).......)).)))...)))................))))))))))))..................... (-27.18 = -27.85 + 0.67)
Location | 3,117,993 – 3,118,107 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.47 |
Mean single sequence MFE | -29.20 |
Consensus MFE | -27.39 |
Energy contribution | -26.95 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.37 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 1.10 |
SVM RNA-class probability | 0.915701 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3117993 114 - 22224390 ------GGGCACUGAACAGAAGCAGCUGUCAAUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAAAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAACAGCUGCGAC ------...............((((((((.....((((((....((((((.(....)))))))......((((.((((....))))))))...........))))))..))))))))... ( -27.50) >DroPse_CAF1 96936 120 - 1 AGCACCCAGCACCGAACAGAAGCAGCUGUCAGUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAGAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAGCAGCUGCGAG .((.....))...........((((((((.(((..(((......((((((.(....))))))).......(((.((((....))))))))))..))).((...))....))))))))... ( -31.40) >DroEre_CAF1 77801 114 - 1 ------GGGCACUGAGCAGAAGCAGCUGUCAAUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAAAGUACAAAUAGAAAUGCUUUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAACAGCUGCGAC ------..((.....))....((((((((.....((((((....((((((.(....)))))))......(((((.(((....))))))))...........))))))..))))))))... ( -28.50) >DroYak_CAF1 81586 114 - 1 ------GGGCACUGAACAGAAGCAGCUGUCAAUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAAAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAACAGCUGCGAC ------...............((((((((.....((((((....((((((.(....)))))))......((((.((((....))))))))...........))))))..))))))))... ( -27.50) >DroAna_CAF1 95390 120 - 1 ACUCCACUGUACUGAAAAGAAGCAGCUGUCAAUUGUGUAAAUAUUUUGCGGCAAAAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAACAGCUGCGAC ...........((....))..((((((((.....((((((.((((((((.......))).)))))....((((.((((....))))))))...........))))))..))))))))... ( -28.20) >DroPer_CAF1 99496 120 - 1 AGCACCCAGCACCGAACAGAAGCAGCUGUCAGUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAGAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAGCAGCUGCUAG .((.....))..........(((((((((.(((..(((......((((((.(....))))))).......(((.((((....))))))))))..))).((...))....))))))))).. ( -32.10) >consensus ______CGGCACUGAACAGAAGCAGCUGUCAAUUGUGUAAAUAUUUUGUGGCAAAAGUACAAAUAGAAAUGCUGUCGAUAAAUCGAAGCACAUGACUAGCCUUGCAUUAACAGCUGCGAC .....................((((((((.....((((((.((((((......))))))..........((((.((((....))))))))...........))))))..))))))))... (-27.39 = -26.95 + -0.44)
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