Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,102,222 – 3,102,321 |
Length | 99 |
Max. P | 0.516481 |
Location | 3,102,222 – 3,102,321 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.20 |
Mean single sequence MFE | -42.05 |
Consensus MFE | -31.02 |
Energy contribution | -30.88 |
Covariance contribution | -0.13 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.30 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.516481 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3102222 99 - 22224390 CCGGAGGUACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ..............(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -43.10) >DroSec_CAF1 61826 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ((((....))))..(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -45.70) >DroSim_CAF1 62099 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCUGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ((((....))))..(((((((....((((((.((((..(((((.....)))))...)))).)))((.((((((..---.)))))).))..))).))))))). ( -45.30) >DroEre_CAF1 61605 99 - 1 CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGACGAGUGAUGGACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UUGCUAUAGUGAUCGGCGGCGGCA ....((((.....))))((((..(.(((((..(((((.(((((.....))))))))..))..))((.(((((...---..))))).))..))).)..)))). ( -42.10) >DroYak_CAF1 66584 99 - 1 CAGUGGGCACUGCACCCGCCGAUGACGAAGUGGCCGAUGAGUGAUGGACGCUUUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UGGGUAUGGUGAUUGGCGGCGGCA .(((....)))((..((((((((.((...((((((((.(((((.....)))))))).....)))))....(((..---..)))...)).))))))))..)). ( -37.40) >DroMoj_CAF1 89641 96 - 1 CACCGG---CUGUG---GCCGACGAUGAAGUGCCCGAGCUGUGGUGCACACUCUCGCAGCUGCCACAAUAGCCGCCGCCGGCAAUGGUAAUCGGUGGCAGAG ....((---(((((---((.(.(((.((.(((((((.....))).))))..)))))...).)))))...))))((((((((.........)))))))).... ( -38.70) >consensus CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC___UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA ...............((((((....((((((.((.((.(((((.....))))))))).)))..(((.(((((((....))))))).))).))).)))))).. (-31.02 = -30.88 + -0.13)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:00:38 2006