Locus 1061

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 3,102,222 – 3,102,321
Length 99
Max. P 0.516481
window1723

overview

Window 3

Location 3,102,222 – 3,102,321
Length 99
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.20
Mean single sequence MFE -42.05
Consensus MFE -31.02
Energy contribution -30.88
Covariance contribution -0.13
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.74
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.516481
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3102222 99 - 22224390
CCGGAGGUACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA
..............(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -43.10)
>DroSec_CAF1 61826 99 - 1
CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCGGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA
((((....))))..(((((((....(((((((((((..(((((.....)))))))))))))..(((.((((((..---.)))))).))).))).))))))). ( -45.70)
>DroSim_CAF1 62099 99 - 1
CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUUGCUGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCGCAGUAGCCAG---UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA
((((....))))..(((((((....((((((.((((..(((((.....)))))...)))).)))((.((((((..---.)))))).))..))).))))))). ( -45.30)
>DroEre_CAF1 61605 99 - 1
CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGACGAGUGAUGGACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UUGCUAUAGUGAUCGGCGGCGGCA
....((((.....))))((((..(.(((((..(((((.(((((.....))))))))..))..))((.(((((...---..))))).))..))).)..)))). ( -42.10)
>DroYak_CAF1 66584 99 - 1
CAGUGGGCACUGCACCCGCCGAUGACGAAGUGGCCGAUGAGUGAUGGACGCUUUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC---UGGGUAUGGUGAUUGGCGGCGGCA
.(((....)))((..((((((((.((...((((((((.(((((.....)))))))).....)))))....(((..---..)))...)).))))))))..)). ( -37.40)
>DroMoj_CAF1 89641 96 - 1
CACCGG---CUGUG---GCCGACGAUGAAGUGCCCGAGCUGUGGUGCACACUCUCGCAGCUGCCACAAUAGCCGCCGCCGGCAAUGGUAAUCGGUGGCAGAG
....((---(((((---((.(.(((.((.(((((((.....))).))))..)))))...).)))))...))))((((((((.........)))))))).... ( -38.70)
>consensus
CAGUGGGCACUGUGCCCGCCGAAGACGAGGUGGCCGAUGAGUGAUGAACGCUCUCGCAGCUGCCACAGUAGCCAC___UGGCUAUGGUGAUCGGUGGCGGGA
...............((((((....((((((.((.((.(((((.....))))))))).)))..(((.(((((((....))))))).))).))).)))))).. (-31.02 = -30.88 +  -0.13) 

alignment

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secondary structure

Postscript

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