Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,022,709 – 3,022,869 |
Length | 160 |
Max. P | 0.939728 |
Location | 3,022,709 – 3,022,829 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.78 |
Mean single sequence MFE | -47.33 |
Consensus MFE | -41.66 |
Energy contribution | -41.98 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.98 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.10 |
SVM RNA-class probability | 0.914723 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3022709 120 + 22224390 CCGGCACACUGGACUGCGUCCAGUUGGUCAAUAACUAUCACUGCAACUGUCGACCUGGACAUAUGGGUCGGCACUGUGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGUCCGUGCCAGAAUG ..((((((((((((...))))))).((.(..................((((((((((......))))))))))(((.(.((((((((.....)))))))))))).).)))))))...... ( -47.00) >DroSec_CAF1 3128 120 + 1 CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUCUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG ..(((((.((((((...))))))((((..............((((..((((((((((......)))))))))).)))).((((((((....))).))))))))).....)))))...... ( -48.60) >DroEre_CAF1 3146 120 + 1 CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUAUCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGCCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG ..(((((.((((((...))))))((((..............((((..(((((.((((......)))).))))).)))).((((((((.....)))))))))))).....)))))...... ( -44.20) >DroYak_CAF1 3074 120 + 1 CCGGCACCCUGGACUGCGUGCAGCUGGUAAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCCGGACACAUGGGUCGACAUUGCGAGCACAAGGUAGACUUUUGUGCGCAGAGCCCGUGCCUGAAUG ..(((((...((.((((.(((((.(((((......))))))))))..((.(((((((......))))))).))......((((((((.....))))))))))))..)).)))))...... ( -49.50) >consensus CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG ..(((((.((((((...))))))((((...............(((..((((((((((......)))))))))).)))..((((((((....))).))))))))).....)))))...... (-41.66 = -41.98 + 0.31)
Location | 3,022,709 – 3,022,829 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.78 |
Mean single sequence MFE | -51.35 |
Consensus MFE | -44.01 |
Energy contribution | -44.58 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -2.23 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.28 |
SVM RNA-class probability | 0.939728 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3022709 120 - 22224390 CAUUCUGGCACGGACUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCACAGUGCCGACCCAUAUGUCCAGGUCGACAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAACUGGACGCAGUCCAGUGUGCCGG ....((((((((((((.(((((((((.........))))))))).))).))(((......)))..((((((.(..((......))..).)))))).(((((((...)))))))))))))) ( -44.70) >DroSec_CAF1 3128 120 - 1 CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAGAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGGUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG ....(((((..((((((((....))).)))))((((((..((.((..((((((((..........))))))))(((.(((((((........)))).))))))))))..))))))))))) ( -54.70) >DroEre_CAF1 3146 120 - 1 CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGGCCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG ....(((((.((((((.(((((((((.........))))))))).))).)))((((.(((((((((.(.((((((.((.......)).)))).))).))))))))).....))))))))) ( -52.20) >DroYak_CAF1 3074 120 - 1 CAUUCAGGCACGGGCUCUGCGCACAAAAGUCUACCUUGUGCUCGCAAUGUCGACCCAUGUGUCCGGGUCGGCAGUUGCAGUGGUAGUUAUUUACCAGCUGCACGCAGUCCAGGGUGCCGG ......(((((.((..((((((((((.........))))))......(((((((((........)))))))))((.((((((((((....)))))).)))))))))).))...))))).. ( -53.80) >consensus CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG ....(((((((((.....((((((((.........))))))))((((((((((((..........)))))))).))))...............))..((((((...)))))).))))))) (-44.01 = -44.58 + 0.56)
Location | 3,022,749 – 3,022,869 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.64 |
Mean single sequence MFE | -45.12 |
Consensus MFE | -39.09 |
Energy contribution | -38.27 |
Covariance contribution | -0.81 |
Combinations/Pair | 1.18 |
Mean z-score | -1.46 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.590170 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3022749 120 + 22224390 CUGCAACUGUCGACCUGGACAUAUGGGUCGGCACUGUGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGUCCGUGCCAGAAUGGUGGCAAUUGUAAUAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU .(((..((((((((((((.((((..((((.((..(((....)))..)).))))..)))).)))).)))..(((((......)))))............)))))(((((...)))))))). ( -46.70) >DroSec_CAF1 3168 120 + 1 CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUCUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU .((((..((((((((((......)))))))))).)))).(((...(((((..((((((.......((...((((........))))...))........))))))...)))))..))).. ( -45.16) >DroEre_CAF1 3186 120 + 1 CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGCCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGUGGCAACUGCAAUAUUCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU .((((.........((((...(((((((((((((...(((..(.....)..)))..)))))..).)))))))))))..(((((((..((((.......).)))....))))))).)))). ( -44.20) >DroYak_CAF1 3114 120 + 1 CUGCAACUGCCGACCCGGACACAUGGGUCGACAUUGCGAGCACAAGGUAGACUUUUGUGCGCAGAGCCCGUGCCUGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU .(((((.((.(((((((......))))))).))))))).((((((((.....))))))))((((.(((...(((.....))))))..))))............(((((...))))).... ( -44.40) >consensus CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU .(((...((((((((((......))))))))))(((((.((((((((....))).))))).(((.(((...(((.....))))))..))).......)).)))(((((...)))))))). (-39.09 = -38.27 + -0.81)
Location | 3,022,749 – 3,022,869 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.64 |
Mean single sequence MFE | -48.92 |
Consensus MFE | -45.28 |
Energy contribution | -45.40 |
Covariance contribution | 0.12 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.22 |
SVM RNA-class probability | 0.932167 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3022749 120 - 22224390 AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUAUUACAAUUGCCACCAUUCUGGCACGGACUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCACAGUGCCGACCCAUAUGUCCAGGUCGACAGUUGCAG .((((((((...)))).(((((((.....(((..(((((......)))))((((((.(((((((((.........))))))))).))).))).......))).....))))))).)))). ( -43.20) >DroSec_CAF1 3168 120 - 1 AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUGUUGCAGUUGCCGCCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAGAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG ....(((((((((....((((........))))..)))))))))..((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. ( -51.70) >DroEre_CAF1 3186 120 - 1 AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGAAUAUUGCAGUUGCCACCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGGCCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG ....(((((((((....((((........))))..)))))))))..((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. ( -51.50) >DroYak_CAF1 3114 120 - 1 AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUGUUGCAGUUGCCGCCAUUCAGGCACGGGCUCUGCGCACAAAAGUCUACCUUGUGCUCGCAAUGUCGACCCAUGUGUCCGGGUCGGCAGUUGCAG ..(((((((((((....((((........))))..)))))))....(((....)))))))((((((.........))))))..(((((((((((((........))))))))).)))).. ( -49.30) >consensus AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUAUUGCAGUUGCCACCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG ..(.(((((((((....((((........))))..)))))))))).((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. (-45.28 = -45.40 + 0.12)
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