Locus 1038

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 3,022,709 – 3,022,869
Length 160
Max. P 0.939728
window1681 window1682 window1683 window1684

overview

Window 1

Location 3,022,709 – 3,022,829
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.78
Mean single sequence MFE -47.33
Consensus MFE -41.66
Energy contribution -41.98
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.914723
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3022709 120 + 22224390
CCGGCACACUGGACUGCGUCCAGUUGGUCAAUAACUAUCACUGCAACUGUCGACCUGGACAUAUGGGUCGGCACUGUGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGUCCGUGCCAGAAUG
..((((((((((((...))))))).((.(..................((((((((((......))))))))))(((.(.((((((((.....)))))))))))).).)))))))...... ( -47.00)
>DroSec_CAF1 3128 120 + 1
CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUCUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG
..(((((.((((((...))))))((((..............((((..((((((((((......)))))))))).)))).((((((((....))).))))))))).....)))))...... ( -48.60)
>DroEre_CAF1 3146 120 + 1
CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUAUCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGCCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG
..(((((.((((((...))))))((((..............((((..(((((.((((......)))).))))).)))).((((((((.....)))))))))))).....)))))...... ( -44.20)
>DroYak_CAF1 3074 120 + 1
CCGGCACCCUGGACUGCGUGCAGCUGGUAAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCCGGACACAUGGGUCGACAUUGCGAGCACAAGGUAGACUUUUGUGCGCAGAGCCCGUGCCUGAAUG
..(((((...((.((((.(((((.(((((......))))))))))..((.(((((((......))))))).))......((((((((.....))))))))))))..)).)))))...... ( -49.50)
>consensus
CCGGCACCCUGGACUGCGUCCAGCUGGUCAAUAACUACCACUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUG
..(((((.((((((...))))))((((...............(((..((((((((((......)))))))))).)))..((((((((....))).))))))))).....)))))...... (-41.66 = -41.98 +   0.31) 

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 3,022,709 – 3,022,829
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.78
Mean single sequence MFE -51.35
Consensus MFE -44.01
Energy contribution -44.58
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939728
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3022709 120 - 22224390
CAUUCUGGCACGGACUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCACAGUGCCGACCCAUAUGUCCAGGUCGACAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAACUGGACGCAGUCCAGUGUGCCGG
....((((((((((((.(((((((((.........))))))))).))).))(((......)))..((((((.(..((......))..).)))))).(((((((...)))))))))))))) ( -44.70)
>DroSec_CAF1 3128 120 - 1
CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAGAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGGUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG
....(((((..((((((((....))).)))))((((((..((.((..((((((((..........))))))))(((.(((((((........)))).))))))))))..))))))))))) ( -54.70)
>DroEre_CAF1 3146 120 - 1
CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGGCCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG
....(((((.((((((.(((((((((.........))))))))).))).)))((((.(((((((((.(.((((((.((.......)).)))).))).))))))))).....))))))))) ( -52.20)
>DroYak_CAF1 3074 120 - 1
CAUUCAGGCACGGGCUCUGCGCACAAAAGUCUACCUUGUGCUCGCAAUGUCGACCCAUGUGUCCGGGUCGGCAGUUGCAGUGGUAGUUAUUUACCAGCUGCACGCAGUCCAGGGUGCCGG
......(((((.((..((((((((((.........))))))......(((((((((........)))))))))((.((((((((((....)))))).)))))))))).))...))))).. ( -53.80)
>consensus
CAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAGUGAUAGUUAUUGACCAGCUGGACGCAGUCCAGGGUGCCGG
....(((((((((.....((((((((.........))))))))((((((((((((..........)))))))).))))...............))..((((((...)))))).))))))) (-44.01 = -44.58 +   0.56) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 3,022,749 – 3,022,869
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.64
Mean single sequence MFE -45.12
Consensus MFE -39.09
Energy contribution -38.27
Covariance contribution -0.81
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.590170
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3022749 120 + 22224390
CUGCAACUGUCGACCUGGACAUAUGGGUCGGCACUGUGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGUCCGUGCCAGAAUGGUGGCAAUUGUAAUAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU
.(((..((((((((((((.((((..((((.((..(((....)))..)).))))..)))).)))).)))..(((((......)))))............)))))(((((...)))))))). ( -46.70)
>DroSec_CAF1 3168 120 + 1
CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUCUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU
.((((..((((((((((......)))))))))).)))).(((...(((((..((((((.......((...((((........))))...))........))))))...)))))..))).. ( -45.16)
>DroEre_CAF1 3186 120 + 1
CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGCCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGUGGCAACUGCAAUAUUCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU
.((((.........((((...(((((((((((((...(((..(.....)..)))..)))))..).)))))))))))..(((((((..((((.......).)))....))))))).)))). ( -44.20)
>DroYak_CAF1 3114 120 + 1
CUGCAACUGCCGACCCGGACACAUGGGUCGACAUUGCGAGCACAAGGUAGACUUUUGUGCGCAGAGCCCGUGCCUGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU
.(((((.((.(((((((......))))))).))))))).((((((((.....))))))))((((.(((...(((.....))))))..))))............(((((...))))).... ( -44.40)
>consensus
CUGCAACUGCCGACCUGGACACAUGGGUCGGCACUGCGAGCACAAGGUGGACUUUUGUGCCCAGAGCCCGUGCCAGAAUGGCGGCAACUGCAACAUCCGACAGAGUGGCCACCACUGCAU
.(((...((((((((((......))))))))))(((((.((((((((....))).))))).(((.(((...(((.....))))))..))).......)).)))(((((...)))))))). (-39.09 = -38.27 +  -0.81) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 3,022,749 – 3,022,869
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.64
Mean single sequence MFE -48.92
Consensus MFE -45.28
Energy contribution -45.40
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.87
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.22
SVM RNA-class probability 0.932167
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3022749 120 - 22224390
AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUAUUACAAUUGCCACCAUUCUGGCACGGACUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCACAGUGCCGACCCAUAUGUCCAGGUCGACAGUUGCAG
.((((((((...)))).(((((((.....(((..(((((......)))))((((((.(((((((((.........))))))))).))).))).......))).....))))))).)))). ( -43.20)
>DroSec_CAF1 3168 120 - 1
AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUGUUGCAGUUGCCGCCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAGAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG
....(((((((((....((((........))))..)))))))))..((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. ( -51.70)
>DroEre_CAF1 3186 120 - 1
AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGAAUAUUGCAGUUGCCACCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGGCCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG
....(((((((((....((((........))))..)))))))))..((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. ( -51.50)
>DroYak_CAF1 3114 120 - 1
AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUGUUGCAGUUGCCGCCAUUCAGGCACGGGCUCUGCGCACAAAAGUCUACCUUGUGCUCGCAAUGUCGACCCAUGUGUCCGGGUCGGCAGUUGCAG
..(((((((((((....((((........))))..)))))))....(((....)))))))((((((.........))))))..(((((((((((((........))))))))).)))).. ( -49.30)
>consensus
AUGCAGUGGUGGCCACUCUGUCGGAUAUUGCAGUUGCCACCAUUCUGGCACGGGCUCUGGGCACAAAAGUCCACCUUGUGCUCGCAGUGCCGACCCAUGUGUCCAGGUCGGCAGUUGCAG
..(.(((((((((....((((........))))..)))))))))).((((((((...(((((......))))).)))))))).((((((((((((..........)))))))).)))).. (-45.28 = -45.40 +   0.12) 

alignment

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