Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,021,124 – 3,021,244 |
Length | 120 |
Max. P | 0.546490 |
Location | 3,021,124 – 3,021,244 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.86 |
Mean single sequence MFE | -51.00 |
Consensus MFE | -44.30 |
Energy contribution | -44.05 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.546490 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 3021124 120 - 22224390 GCCCGGCAUGCAUUGGCAACUGAAGGCGUUGAGCUUAUCAUAACAGGUGCCACCAUGCUGGCAGGGAUUGCUGCUGCACUCGUCUAUGUCCAGCUCACAACGCUUGCCCGUGUAUCCUGG ..((((.((((((.((((......(((((((((((...((((((..((((.........(((((......)))))))))..)).))))...))))))..))))))))).)))))).)))) ( -45.80) >DroSec_CAF1 1543 120 - 1 GCCCGGCAUGCACUGGCAGCUGAAGGCGUUGAGCUUGUCGUAGCAGGUGCCUCCAUGCUGGCAGGGAUUGCUGCUGCACUCGUCGAUGUCCAGCUCACACCGCUUGCCCGUGUAUCCCGG ..((((.((((((.((((((((..((((((((.(..((.(((((((((.(((((.....)).))).))..)))))))))..)))))))))))))..........)))).)))))).)))) ( -51.00) >DroEre_CAF1 1561 120 - 1 GCCGGGCAUGCACUGGCAGCUGAAGGCGUUGAGCUUGUCGUAGCAGGUGCCGCCAUGCUGGCAGGGAUUGCUGCUGCACUCGUCAAUGUCCAGCUCACACCGCUUGCCCGUGUAUCCCGG .(((((.((((((.((((((((..((((((((.(..((.(((((((((.(((((.....))).)).))..)))))))))..)))))))))))))..........)))).))))))))))) ( -55.50) >DroYak_CAF1 1489 120 - 1 GCCCGGCAUGCACUGGCAGCUAAAGGCGUUGAGCUUGUCGUAGCAGGUGCCGCCAUGCUGGCAGGGAUUGCUGCUGCACUCGUCGAUGUCCAGCUCACACCGCUUGCCCGUGUAUCCCGG ..((((.((((((.((((((....((((....((((((....))))))..))))..(((((((..((((((....)))...)))..)).))))).......)).)))).)))))).)))) ( -51.70) >consensus GCCCGGCAUGCACUGGCAGCUGAAGGCGUUGAGCUUGUCGUAGCAGGUGCCGCCAUGCUGGCAGGGAUUGCUGCUGCACUCGUCGAUGUCCAGCUCACACCGCUUGCCCGUGUAUCCCGG ..((((.((((((.((((......((((.((((((.(.(((.((..((((.........(((((......)))))))))..))..))).).))))))...)))))))).)))))).)))) (-44.30 = -44.05 + -0.25)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:59:57 2006