Locus 1023

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 2,991,812 – 2,991,926
Length 114
Max. P 0.718426
window1649

overview

Window 9

Location 2,991,812 – 2,991,926
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.51
Mean single sequence MFE -42.48
Consensus MFE -35.85
Energy contribution -36.72
Covariance contribution 0.87
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.718426
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 2991812 114 - 22224390
------GCAGCGACGCCGGCAGCGACGCAACGGCGUGCAUUUUGUUAAUCCAAAAACAAAUCCAAGUGUUUGGUGCGCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCGAUUGCAUUGUAAUCCAGU
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>DroSec_CAF1 369030 114 - 1
------GCAGCGACGCCGGCAGCGAUGCAACGGCGUGCAUUUUGUUAAUCCAAAAACAAAUCCAAGUGUUUGGUGCGCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCGAUUGCAUUGUAAUCCAGU
------(((((((((.(((((....)))..(((((((((.((((((........)))))).((((....)))))))))).))))).)))).)))))((((.((((((...)))))))))) ( -43.00)
>DroSim_CAF1 334278 114 - 1
------GCAGCGACGCCGGCAGCGAUGCAACGGCGUGCAUUUUGUUAAUCCAAAAACAAAUCCAAGUGCUUGGUGCGCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCGAUUGCAUUGUAAUCCAGU
------(((((((((.(((((....)))..(((((((((.((((((........)))))).((((....)))))))))).))))).)))).)))))((((.((((((...)))))))))) ( -44.40)
>DroEre_CAF1 400374 114 - 1
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>DroYak_CAF1 381296 114 - 1
------GCAGCGACGCCGGCAGCGACGCAACGGCGUGCAUUUUGUUAAUCCAAAAACAAAUCCAAGUGUUUGGUGCGCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCGAUUGCAUUGUAAUCCAGU
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>DroAna_CAF1 570752 108 - 1
AUGGCAGCAGCGACGCCGACCGUGGC---AGAGCUAACAUUUUGCUAA---------GAAUCCAGGUGCUUACUGCUCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCAACUGCAUUGUAAUCCAGU
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>consensus
______GCAGCGACGCCGGCAGCGACGCAACGGCGUGCAUUUUGUUAAUCCAAAAACAAAUCCAAGUGUUUGGUGCGCGACUGCGACGUCGGCUGCGCUGCGAUUGCAUUGUAAUCCAGU
......((((((..((((((..((......(((((((((.((((((........)))))).((((....)))))))))).)))))..))))))..))))))((((((...)))))).... (-35.85 = -36.72 +   0.87)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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