Locus 86

Sequence ID	4_DroMel_CAF1
Location	633,803 – 634,021
Length	218
Max. P	0.594021

overview

Window 6

Location	633,803 – 633,901
Length	98
Sequences	3
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.39
Mean single sequence MFE	-25.47
Consensus MFE	-18.52
Energy contribution	-19.47
Covariance contribution	0.95
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 633803 98 + 1281640
UCCUAUAAAGUUU----------------------CUUUAUGUACCGAUACAAAAUAUCUCCUUCAUUUAAACUUAUUUUUAGUGGGUGGAGGAGUCAUUUACCGACUUCGUUAAGGGCA
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>DroSec_CAF1 9773 117 + 1
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>DroSim_CAF1 15844 117 + 1
UCCUAUAAAGUUAGAUUUGGCUUAGAGAAGUUACAUUUUAUUAACCGGU--AAGAUAUCUCCUUCAUAUUAACUUAUU-UUAGUGGGUGGAGGAAUCAUUUACCGACUUCGUUAAGGGCA
(((((..(((((((((.((((((....)))))).))))........(((--(((.....((((((((....(((....-..)))..))))))))....)))))))))))..)..)))).. ( -26.30)
>consensus
UCCUAUAAAGUUAGAUUUGGCUUAGAGAAGUUACAUUUUAUUAACCGGU__AAGAUAUCUCCUUCAUAUUAACUUAUU_UUAGUGGGUGGAGGAGUCAUUUACCGACUUCGUUAAGGGCA
(((((..((((......((((((....))))))............((((...((((..(((((((((....(((.......)))..)))))))))..))))))))))))..)..)))).. (-18.52 = -19.47 +   0.95)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	633,901 – 634,021
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.50
Mean single sequence MFE	-33.20
Consensus MFE	-25.94
Energy contribution	-26.66
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.12
SVM RNA-class probability	0.594021
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 633901 120 + 1281640
UUAACUGGAGGAGCUAUGUGGUUUGCGAUGUGGCAUAUCACAACGUCAAUAACUGGUUGUGGUCGCCGUUUAUCGAUCGUGGAUCAGCAAACCGACUUUACAUUGAAAUUCAGUUCACAA
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>DroGri_CAF1 4703 120 + 1
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>DroSec_CAF1 9890 120 + 1
UAAACUGGAGAAGCUAUGUGGUUUGCGAUGUGGCAUAUCACAACGUCAAUAACUGGUUGUGGUCGCCCUUUAUCGAUCGUGGAUCAGCAAACCGACUUUACAUUGAGAUUCAGUUCACAA
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>DroSim_CAF1 15961 120 + 1
UAAACUGGAGAAGCUAUGUGGUUUGCGAUGUGGCAUAUCACAACGUCAAUAACUGGUUGUGGUCGCCGUUUAUCGAUCGUGGAUCAGCAAACCGACUUUACAUUGAGAUUCAGUUCACAA
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>DroYak_CAF1 1634 120 + 1
UAAACUGGAGAAGCUAUGUGGUGUGCGAUGUGGCAUAUCACAACGUCAAUAACUGGUUGUGGUCGCCGUUUAUUGAUCGUGGAUCAGCAAACCGACUUUAUAUUGAAAUUCAGUUCACAA
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>consensus
UAAACUGGAGAAGCUAUGUGGUUUGCGAUGUGGCAUAUCACAACGUCAAUAACUGGUUGUGGUCGCCGUUUAUCGAUCGUGGAUCAGCAAACCGACUUUACAUUGAAAUUCAGUUCACAA
..(((((((....(.(((((((((((((((.(((..((((((((...........)))))))).)))...))))((((...)))).)))))))......)))).)...)))))))..... (-25.94 = -26.66 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

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