Locus 7

Sequence ID 4_DroMel_CAF1
Location 127,846 – 127,960
Length 114
Max. P 0.500000
window12

overview

Window 2

Location 127,846 – 127,960
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.37
Mean single sequence MFE -36.77
Consensus MFE -21.02
Energy contribution -20.38
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.57
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 127846 114 - 1281640
UGGUUGCUGAAUUG------GCAUUCAUGUUAAGUGGGCUUGCCAAGCUCAUUGUUGUCGAUGGGCUCUGUAAACUGGACAAUCCACUAAGACAGCCUGGGCUUGGCAUAGAUUGAUUAA
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>DroPse_CAF1 98182 114 - 1
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>DroSec_CAF1 29529 114 - 1
UGGUUGCUGAAUUU------GCAUUUAUGUUAAGUGGGCUUGCCAAGCUCAUUGUUGUCGAUGGGCUUUGUAAACUGGACAAUCCACUAAGACAGCCUGGGCUUGGCAUAGAUUGAUUAA
(((((((.......------))(((((((((((((((((((((.((((((((((....)))))))))).))))..(((.....)))........))))..))))))))))))).))))). ( -37.70)
>DroEre_CAF1 31121 114 - 1
UGGUUGUUGAAUUG------GCAUUCAUGUUAAGUGGGCUUGCCAAGCUCAUUGUUGUCGAUGGGCUCUGUAAACUGGACAAUCCGCUAAGACAGCCUGGGCUGGGCAUGGAUUGAUUUA
.......(((((..------(..((((((((.((((((.(((((((((((((((....)))))))))........))).)))))))))....((((....)))))))))))))..))))) ( -39.00)
>DroMoj_CAF1 46195 120 - 1
GCGUCAUUGGACUAGUUAACAUAUUCAUAUUAAGUGGACUGGCCAAGCUCGUCGUCGUUGACGGACUCUGUAGGCUGGAGAGCCCGCUCAGACAUCCGGGACUUGACAGCGAUUGACUCA
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>DroPer_CAF1 69646 114 - 1
GUGUUGCUGGAUUA------AUAUUCAUAUUAAGUGGGCUCGCCAAGCUUGUUGUUGUAGACGGGCUUUGUAAGCUAGACAACCCGCUUAGGCAGCCAGGGCUGGAUAUUGACUGAUUCA
........((.(((------((((((...(((((((((((..(.(((((((((......))))))))).)..)))........))))))))..(((....))))))))))))))...... ( -34.00)
>consensus
GGGUUGCUGAAUUA______ACAUUCAUAUUAAGUGGGCUUGCCAAGCUCAUUGUUGUCGACGGGCUCUGUAAACUGGACAACCCGCUAAGACAGCCUGGGCUGGACAUAGAUUGAUUCA
.....................((.(((((((.((((((....((((((((((((....)))))))))........)))....)))))).....(((....))).))))).)).))..... (-21.02 = -20.38 +  -0.64)

alignment

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secondary structure

Postscript

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