Sequence ID | 4_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,003,272 – 1,003,386 |
Length | 114 |
Max. P | 0.855335 |
Location | 1,003,272 – 1,003,386 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.95 |
Mean single sequence MFE | -49.38 |
Consensus MFE | -39.94 |
Energy contribution | -40.75 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.02 |
Mean z-score | -2.09 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.81 |
SVM RNA-class probability | 0.855335 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>4_DroMel_CAF1 1003272 114 - 1281640 GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAG--ACACUC (((((((((((((.((((((((((.((..(((......)))..))))).((((.(((.((((((((....)))))----)))..))).)))).))))).)).)))).)))))--)))).. ( -53.10) >DroSec_CAF1 42652 116 - 1 GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAGAGACACUC ((.((((((((((.((((((((((.((..(((......)))..))))).((((.(((.((((((((....)))))----)))..))).)))).))))).)).)))).)))))).)).... ( -49.70) >DroEre_CAF1 44008 120 - 1 GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCGGAAGGCUGUUUCGGUCGGGCUUUCUAGUUUGCUGGCAACAGCAGGCAGGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGGUUUAGGGACACUC ((((((((.(((((..(((.((((.......(((((.(((.......))).)))))..((((((((....)))))))).)))).)))..)((((....)))))))).))...)))))).. ( -48.90) >DroYak_CAF1 42508 116 - 1 GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCGGAAGGCUGUUUCAGGCGGGCUUUCUAGUUUGCUGGCAGCAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGGUUUAGCGACACUU .......(((..((..(((.((((......(....)((((((.(.((((((((....)))))))).).)))))).----)))).)))..))..))).(((((.........))))).... ( -45.80) >consensus GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA____GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAG_GACACUC (((((((((((((.((((((((((((.((.(.....((((((.(.((((((((....)))))))).).)))))).....).))))))).....))))).)).)))).))))..))))).. (-39.94 = -40.75 + 0.81)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:37:24 2006