Sequence ID | 4_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 950,153 – 950,286 |
Length | 133 |
Max. P | 0.960264 |
Location | 950,153 – 950,254 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.16 |
Mean single sequence MFE | -26.34 |
Consensus MFE | -13.50 |
Energy contribution | -15.00 |
Covariance contribution | 1.50 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.54 |
SVM RNA-class probability | 0.774157 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>4_DroMel_CAF1 950153 101 + 1281640 UAUGUGUAUUCCUAGAGU--UAGCUCUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGAUUUACCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCCAC--AAAUACGAC ..((((...((((((((.--...)))))...((((((((((-((((((.......))))))).(((((.....)))))))))))))))))..)))--)........ ( -30.90) >DroPse_CAF1 24671 101 + 1 AAU----AAUCCUAAAAGUGUGAUUGUAUCUGAAAUCGCCA-AACGGUUAAUCUAGCCGCUAUGCUGACGAUUUCUGUGGCGAUCUCUGUCCCACUGCAAUGUGUC .((----(((((.......).))))))....((.((((((.-.((((..((((((((......))))..)))).)))))))))).)).....(((......))).. ( -22.60) >DroSim_CAF1 14789 101 + 1 UAUGUGUAUUCCUAGAGU--UAGCUCUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCCAC--AAAUACGAC ..((((...((((((((.--...)))))...((((((((((-((((((((...))))))))).(((((.....)))))))))))))))))..)))--)........ ( -32.00) >DroEre_CAF1 19426 103 + 1 UAUGUCUAUUCCUAGAGU--UAGUUAUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUAGACCCACUAAAAUAAGAC ...((((..((((((((.--..(((((((.((......)).-((((((((...)))))))))))).)))...))))))))..(((((((.....))))))).)))) ( -29.00) >DroYak_CAF1 19166 103 + 1 UAUGUCUAUUCCUAGAGU--UAGUUGUGUAAGAAAUCGCCA-AACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCCACUAAAAUAAGAC ....((((....)))).(--((((.(.((..(((((((((.-((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))..))).)))))........ ( -28.90) >DroAna_CAF1 71099 95 + 1 UAUAA-----CCCAGA-U--UACUUUUAUAAUAAAUCUACAAAACGUGUAGUCUAGCCGUAAAAUAGAC---UUCUUGGGCAAUUUUAGACCCACUGGUAUAAAUU .....-----.((((.-.--...((((((.......(((((.....))))).......)))))).....---....(((((.......).))))))))........ ( -14.64) >consensus UAUGU_UAUUCCUAGAGU__UAGUUCUGUAGGAAAUCGCCA_AACGGUUAGAUUAGCCGUUACAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCCACU_AAAUAAGAC ...............................(((((((((..((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))................... (-13.50 = -15.00 + 1.50)
Location | 950,153 – 950,254 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 106 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.16 |
Mean single sequence MFE | -25.88 |
Consensus MFE | -12.95 |
Energy contribution | -13.78 |
Covariance contribution | 0.83 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.50 |
SVM decision value | 1.51 |
SVM RNA-class probability | 0.960264 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>4_DroMel_CAF1 950153 101 - 1281640 GUCGUAUUU--GUGGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGUAAAUCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAGAGCUA--ACUCUAGGAAUACACAUA ((.((((((--((((...........)))).(((((((((....(((((((.......))))))-))))))))))....((((...--.))))..))))))))... ( -29.80) >DroPse_CAF1 24671 101 - 1 GACACAUUGCAGUGGGACAGAGAUCGCCACAGAAAUCGUCAGCAUAGCGGCUAGAUUAACCGUU-UGGCGAUUUCAGAUACAAUCACACUUUUAGGAUU----AUU .....((((..((((((......)).)))).(((((((((((....((((.........)))))-)))))))))).....))))...............----... ( -23.40) >DroSim_CAF1 14789 101 - 1 GUCGUAUUU--GUGGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAUCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAGAGCUA--ACUCUAGGAAUACACAUA ((.((((((--((((...........)))).(((((((((....((((((.........)))))-))))))))))....((((...--.))))..))))))))... ( -27.70) >DroEre_CAF1 19426 103 - 1 GUCUUAUUUUAGUGGGUCUAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAUAACUA--ACUCUAGGAAUAGACAUA ((((..((((((.((((........))))..(((((((((.....(((((.........)))))-.)))))))))...........--...))))))..))))... ( -26.40) >DroYak_CAF1 19166 103 - 1 GUCUUAUUUUAGUGGGUCCAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUU-UGGCGAUUUCUUACACAACUA--ACUCUAGGAAUAGACAUA ((((..((((((.((((........)))).((((((((((.....(((((.........)))))-.))))))))))..........--...))))))..))))... ( -27.40) >DroAna_CAF1 71099 95 - 1 AAUUUAUACCAGUGGGUCUAAAAUUGCCCAAGAA---GUCUAUUUUACGGCUAGACUACACGUUUUGUAGAUUUAUUAUAAAAGUA--A-UCUGGG-----UUAUA ........(((((((((........)))))..((---((((((...(((...........)))...))))))))............--.-.)))).-----..... ( -20.60) >consensus GUCUUAUUU_AGUGGGUCCAAAAUCGCCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAACUAACCGUU_UGGCGAUUUCCUACACAACUA__ACUCUAGGAAUA_ACAUA ...........((((........))))....(((((((((.....(((((.........)))))..)))))))))............................... (-12.95 = -13.78 + 0.83)
Location | 950,181 – 950,286 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.05 |
Mean single sequence MFE | -24.13 |
Consensus MFE | -19.11 |
Energy contribution | -18.53 |
Covariance contribution | -0.58 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -0.96 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.781709 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>4_DroMel_CAF1 950181 105 + 1281640 GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUUACCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCC--AC--AAAUACGACGUCAUUCAAUCAUUUGAUUCUU---UAAUGAAUAU .((((((((((((((((.......))))))).(((((.....))))))))))))))......--..--..........(((((.((((....))))...---.))))).... ( -23.10) >DroPse_CAF1 24697 106 + 1 UGAAAUCGCCAAACGGUUAAUCUAGCCGCUAUGCUGACGAUUUCUGUGGCGAUCUCUGUCCC--ACUGCAAUGUGUCGUCACACAACCAUCUGACUCUG---GGA-GAGUAU ....((((((..((((..((((((((......))))..)))).))))))))))..((.((((--(..((((((.((.(.....).))))).)).)..))---)))-.))... ( -28.20) >DroSim_CAF1 14817 105 + 1 GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCC--AC--AAAUACGACGUCAUUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUAAAUAU .((((((((((((((((((...))))))))).(((((.....))))))))))))))......--..--......((.((((..........))))))..---.......... ( -22.50) >DroEre_CAF1 19454 107 + 1 GGAAAUCGCCAAACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUAGACCC--ACUAAAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUUAAUAU .(((((((((.((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))......--..(((...((((.((((..........))))))))---...))).... ( -23.30) >DroYak_CAF1 19194 107 + 1 AGAAAUCGCCAAACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCC--ACUAAAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUAAAUAU .(((((((((.((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))......--........((((.((((..........))))))))---.......... ( -23.10) >DroMoj_CAF1 15831 110 + 1 GGAAGUCGUCAAUCGGUUUAUUAUACCGUUUUCUUGGCGAUCUCCGGGAUGACUUUAGACCCCGUU--UAGCAAUCUGUCACACAACCAUUUGAUUAUUCUUCUGUGAAUAC (((..(((((((.((((.......)))).....)))))))..)))((..((((.((((((...)))--)))......)))).....)).......(((((......))))). ( -24.60) >consensus GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCC__AC__AAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU___UAAUGAAUAU .(((((((((.((((((((...))))))))..(((((.....)))))))))))))).....................((((..........))))................. (-19.11 = -18.53 + -0.58)
Location | 950,181 – 950,286 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.05 |
Mean single sequence MFE | -26.86 |
Consensus MFE | -15.41 |
Energy contribution | -15.16 |
Covariance contribution | -0.25 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.54 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.619631 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>4_DroMel_CAF1 950181 105 - 1281640 AUAUUCAUUA---AAGAAUCAAAUGAUUGAAUGACGUCGUAUUU--GU--GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGUAAAUCUAACCGUUUGGCGAUUUCC ....(((((.---...((((....)))).))))).........(--((--((...........)))))(((((((((....(((((((.......)))))))))))))))). ( -27.20) >DroPse_CAF1 24697 106 - 1 AUACUC-UCC---CAGAGUCAGAUGGUUGUGUGACGACACAUUGCAGU--GGGACAGAGAUCGCCACAGAAAUCGUCAGCAUAGCGGCUAGAUUAACCGUUUGGCGAUUUCA ......-(((---((..((..((((((((.....)))).))))))..)--))))..((((((((((........((((((......))).)))........)))))))))). ( -33.89) >DroSim_CAF1 14817 105 - 1 AUAUUUAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAAUGACGUCGUAUUU--GU--GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAUCUAACCGUUUGGCGAUUUCC ..........---.....(((((((((((.((...(((((.(((--((--((...........)))))))..(((....))).)))))..)).)))))))))))........ ( -25.00) >DroEre_CAF1 19454 107 - 1 AUAUUAAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUUUAGU--GGGUCUAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUUUGGCGAUUUCC ..........---..(((((.....((((...((((....(((((.(.--((((........))))).)))))))))....)))).(((((((.....)))))))))))).. ( -26.10) >DroYak_CAF1 19194 107 - 1 AUAUUUAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUUUAGU--GGGUCCAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUUUGGCGAUUUCU ..........---..(((((.....((((...((((....(((((.(.--((((........))))).)))))))))....)))).(((((((.....)))))))))))).. ( -26.10) >DroMoj_CAF1 15831 110 - 1 GUAUUCACAGAAGAAUAAUCAAAUGGUUGUGUGACAGAUUGCUA--AACGGGGUCUAAAGUCAUCCCGGAGAUCGCCAAGAAAACGGUAUAAUAAACCGAUUGACGACUUCC .(((((......))))).((((.(((((.(((....((((....--..((((((........))))))..))))(((........))))))...))))).))))........ ( -22.90) >consensus AUAUUCAUUA___AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUU__GU__GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAACUAACCGUUUGGCGAUUUCC .......................(((((....(((.................)))...))))).....(((((((((.....(((((.........))))).))))))))). (-15.41 = -15.16 + -0.25)
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