Locus 141

Sequence ID 4_DroMel_CAF1
Location 950,153 – 950,286
Length 133
Max. P 0.960264
window222 window223 window224 window225

overview

Window 2

Location 950,153 – 950,254
Length 101
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 74.16
Mean single sequence MFE -26.34
Consensus MFE -13.50
Energy contribution -15.00
Covariance contribution 1.50
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.774157
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 950153 101 + 1281640
UAUGUGUAUUCCUAGAGU--UAGCUCUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGAUUUACCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCCAC--AAAUACGAC
..((((...((((((((.--...)))))...((((((((((-((((((.......))))))).(((((.....)))))))))))))))))..)))--)........ ( -30.90)
>DroPse_CAF1 24671 101 + 1
AAU----AAUCCUAAAAGUGUGAUUGUAUCUGAAAUCGCCA-AACGGUUAAUCUAGCCGCUAUGCUGACGAUUUCUGUGGCGAUCUCUGUCCCACUGCAAUGUGUC
.((----(((((.......).))))))....((.((((((.-.((((..((((((((......))))..)))).)))))))))).)).....(((......))).. ( -22.60)
>DroSim_CAF1 14789 101 + 1
UAUGUGUAUUCCUAGAGU--UAGCUCUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCCAC--AAAUACGAC
..((((...((((((((.--...)))))...((((((((((-((((((((...))))))))).(((((.....)))))))))))))))))..)))--)........ ( -32.00)
>DroEre_CAF1 19426 103 + 1
UAUGUCUAUUCCUAGAGU--UAGUUAUGUAGGAAAUCGCCA-AACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUAGACCCACUAAAAUAAGAC
...((((..((((((((.--..(((((((.((......)).-((((((((...)))))))))))).)))...))))))))..(((((((.....))))))).)))) ( -29.00)
>DroYak_CAF1 19166 103 + 1
UAUGUCUAUUCCUAGAGU--UAGUUGUGUAAGAAAUCGCCA-AACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCCACUAAAAUAAGAC
....((((....)))).(--((((.(.((..(((((((((.-((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))..))).)))))........ ( -28.90)
>DroAna_CAF1 71099 95 + 1
UAUAA-----CCCAGA-U--UACUUUUAUAAUAAAUCUACAAAACGUGUAGUCUAGCCGUAAAAUAGAC---UUCUUGGGCAAUUUUAGACCCACUGGUAUAAAUU
.....-----.((((.-.--...((((((.......(((((.....))))).......)))))).....---....(((((.......).))))))))........ ( -14.64)
>consensus
UAUGU_UAUUCCUAGAGU__UAGUUCUGUAGGAAAUCGCCA_AACGGUUAGAUUAGCCGUUACAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCCACU_AAAUAAGAC
...............................(((((((((..((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))................... (-13.50 = -15.00 +   1.50) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 950,153 – 950,254
Length 101
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.16
Mean single sequence MFE -25.88
Consensus MFE -12.95
Energy contribution -13.78
Covariance contribution 0.83
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.960264
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 950153 101 - 1281640
GUCGUAUUU--GUGGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGUAAAUCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAGAGCUA--ACUCUAGGAAUACACAUA
((.((((((--((((...........)))).(((((((((....(((((((.......))))))-))))))))))....((((...--.))))..))))))))... ( -29.80)
>DroPse_CAF1 24671 101 - 1
GACACAUUGCAGUGGGACAGAGAUCGCCACAGAAAUCGUCAGCAUAGCGGCUAGAUUAACCGUU-UGGCGAUUUCAGAUACAAUCACACUUUUAGGAUU----AUU
.....((((..((((((......)).)))).(((((((((((....((((.........)))))-)))))))))).....))))...............----... ( -23.40)
>DroSim_CAF1 14789 101 - 1
GUCGUAUUU--GUGGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAUCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAGAGCUA--ACUCUAGGAAUACACAUA
((.((((((--((((...........)))).(((((((((....((((((.........)))))-))))))))))....((((...--.))))..))))))))... ( -27.70)
>DroEre_CAF1 19426 103 - 1
GUCUUAUUUUAGUGGGUCUAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUU-UGGCGAUUUCCUACAUAACUA--ACUCUAGGAAUAGACAUA
((((..((((((.((((........))))..(((((((((.....(((((.........)))))-.)))))))))...........--...))))))..))))... ( -26.40)
>DroYak_CAF1 19166 103 - 1
GUCUUAUUUUAGUGGGUCCAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUU-UGGCGAUUUCUUACACAACUA--ACUCUAGGAAUAGACAUA
((((..((((((.((((........)))).((((((((((.....(((((.........)))))-.))))))))))..........--...))))))..))))... ( -27.40)
>DroAna_CAF1 71099 95 - 1
AAUUUAUACCAGUGGGUCUAAAAUUGCCCAAGAA---GUCUAUUUUACGGCUAGACUACACGUUUUGUAGAUUUAUUAUAAAAGUA--A-UCUGGG-----UUAUA
........(((((((((........)))))..((---((((((...(((...........)))...))))))))............--.-.)))).-----..... ( -20.60)
>consensus
GUCUUAUUU_AGUGGGUCCAAAAUCGCCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAACUAACCGUU_UGGCGAUUUCCUACACAACUA__ACUCUAGGAAUA_ACAUA
...........((((........))))....(((((((((.....(((((.........)))))..)))))))))............................... (-12.95 = -13.78 +   0.83) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 950,181 – 950,286
Length 105
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.05
Mean single sequence MFE -24.13
Consensus MFE -19.11
Energy contribution -18.53
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -0.96
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.56
SVM RNA-class probability 0.781709
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 950181 105 + 1281640
GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUUACCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCC--AC--AAAUACGACGUCAUUCAAUCAUUUGAUUCUU---UAAUGAAUAU
.((((((((((((((((.......))))))).(((((.....))))))))))))))......--..--..........(((((.((((....))))...---.))))).... ( -23.10)
>DroPse_CAF1 24697 106 + 1
UGAAAUCGCCAAACGGUUAAUCUAGCCGCUAUGCUGACGAUUUCUGUGGCGAUCUCUGUCCC--ACUGCAAUGUGUCGUCACACAACCAUCUGACUCUG---GGA-GAGUAU
....((((((..((((..((((((((......))))..)))).))))))))))..((.((((--(..((((((.((.(.....).))))).)).)..))---)))-.))... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 14817 105 + 1
GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGUGGUGAUUUUGGACCC--AC--AAAUACGACGUCAUUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUAAAUAU
.((((((((((((((((((...))))))))).(((((.....))))))))))))))......--..--......((.((((..........))))))..---.......... ( -22.50)
>DroEre_CAF1 19454 107 + 1
GGAAAUCGCCAAACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUAGACCC--ACUAAAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUUAAUAU
.(((((((((.((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))......--..(((...((((.((((..........))))))))---...))).... ( -23.30)
>DroYak_CAF1 19194 107 + 1
AGAAAUCGCCAAACGGUUAGCUUAGCCGUUGCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCC--ACUAAAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU---UAAUAAAUAU
.(((((((((.((((((((...))))))))...((((.....)))).)))))))))......--........((((.((((..........))))))))---.......... ( -23.10)
>DroMoj_CAF1 15831 110 + 1
GGAAGUCGUCAAUCGGUUUAUUAUACCGUUUUCUUGGCGAUCUCCGGGAUGACUUUAGACCCCGUU--UAGCAAUCUGUCACACAACCAUUUGAUUAUUCUUCUGUGAAUAC
(((..(((((((.((((.......)))).....)))))))..)))((..((((.((((((...)))--)))......)))).....)).......(((((......))))). ( -24.60)
>consensus
GGAAAUCGCCAAACGGUUAGAUUAGCCGUUUCAUAGACGAUUUCUGGGGCGAUUUUGGACCC__AC__AAAUAAGACGUCACUCAACCAUUUGAUUCUU___UAAUGAAUAU
.(((((((((.((((((((...))))))))..(((((.....)))))))))))))).....................((((..........))))................. (-19.11 = -18.53 +  -0.58) 

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 950,181 – 950,286
Length 105
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.05
Mean single sequence MFE -26.86
Consensus MFE -15.41
Energy contribution -15.16
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.619631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 950181 105 - 1281640
AUAUUCAUUA---AAGAAUCAAAUGAUUGAAUGACGUCGUAUUU--GU--GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGUAAAUCUAACCGUUUGGCGAUUUCC
....(((((.---...((((....)))).))))).........(--((--((...........)))))(((((((((....(((((((.......)))))))))))))))). ( -27.20)
>DroPse_CAF1 24697 106 - 1
AUACUC-UCC---CAGAGUCAGAUGGUUGUGUGACGACACAUUGCAGU--GGGACAGAGAUCGCCACAGAAAUCGUCAGCAUAGCGGCUAGAUUAACCGUUUGGCGAUUUCA
......-(((---((..((..((((((((.....)))).))))))..)--))))..((((((((((........((((((......))).)))........)))))))))). ( -33.89)
>DroSim_CAF1 14817 105 - 1
AUAUUUAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAAUGACGUCGUAUUU--GU--GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAUCUAACCGUUUGGCGAUUUCC
..........---.....(((((((((((.((...(((((.(((--((--((...........)))))))..(((....))).)))))..)).)))))))))))........ ( -25.00)
>DroEre_CAF1 19454 107 - 1
AUAUUAAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUUUAGU--GGGUCUAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUUUGGCGAUUUCC
..........---..(((((.....((((...((((....(((((.(.--((((........))))).)))))))))....)))).(((((((.....)))))))))))).. ( -26.10)
>DroYak_CAF1 19194 107 - 1
AUAUUUAUUA---AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUUUAGU--GGGUCCAAAAUCGCCCCAGAAAUCGUCUAUGCAACGGCUAAGCUAACCGUUUGGCGAUUUCU
..........---..(((((.....((((...((((....(((((.(.--((((........))))).)))))))))....)))).(((((((.....)))))))))))).. ( -26.10)
>DroMoj_CAF1 15831 110 - 1
GUAUUCACAGAAGAAUAAUCAAAUGGUUGUGUGACAGAUUGCUA--AACGGGGUCUAAAGUCAUCCCGGAGAUCGCCAAGAAAACGGUAUAAUAAACCGAUUGACGACUUCC
.(((((......))))).((((.(((((.(((....((((....--..((((((........))))))..))))(((........))))))...))))).))))........ ( -22.90)
>consensus
AUAUUCAUUA___AAGAAUCAAAUGGUUGAGUGACGUCUUAUUU__GU__GGGUCCAAAAUCACCACAGAAAUCGUCUAUGAAACGGCUAAACUAACCGUUUGGCGAUUUCC
.......................(((((....(((.................)))...))))).....(((((((((.....(((((.........))))).))))))))). (-15.41 = -15.16 +  -0.25) 

alignment

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secondary structure

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