Locus 114

Sequence ID	4_DroMel_CAF1
Location	823,100 – 823,248
Length	148
Max. P	0.995790

overview

Window 4

Location	823,100 – 823,215
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.23
Mean single sequence MFE	-40.52
Consensus MFE	-27.74
Energy contribution	-27.52
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.642310
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 823100 115 + 1281640
UAUAUUAGUGUUGUUCGAAAAAUGGCUGCUAUUUUUGUUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCCGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCAC
.......(((..(((((.....((((((................(((((((((((((..(.((((((....).)))))..)...))).))))))))))))))))...)))))))) ( -40.79)
>DroPse_CAF1 2554 106 + 1
AAGAUUAUUGUUGCUAGAA---------CUGUGGUUAUUAUUAUUGGAAGCGGCCACUGCUGCUGCCGCCAAAGCGGCCUGAAUGUGUGCCGCCGCGACCGCAGCUGUCGGCCAC
.........((((.(((..---------((((((((.......((((.((((((....))))))....)))).((((((.......).)))))...))))))))))).))))... ( -37.00)
>DroSec_CAF1 1911 115 + 1
UAUAUUAGUGUUGUUCGAAUAAUGGCUGCUGUUUUUGUUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCUGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGGAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCAC
......................((((..((((..((((.......(((((((((((((.(.((((((....).)))))..).).))).)))))))))))))..))))..).))). ( -42.31)
>DroSim_CAF1 1571 115 + 1
UAUAUUAGUGUUGUUCGAAUAAUGGCUGCUGUUUUUGUUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCUGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCAC
......................((((..((((..((((.......((((((((((((..(.((((((....).)))))..)...))).)))))))))))))..))))..).))). ( -42.51)
>DroYak_CAF1 1555 115 + 1
UAUAUUAGUGUUGUUCGAAAAACGGUUUCUGUUUUUGCUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCUGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCAC
.......(((..(((((((((((((...))))))))((..((((.((((((((((((..(.((((((....).)))))..)...))).)))))))))))))..))..)))))))) ( -43.50)
>DroPer_CAF1 2185 106 + 1
AAGAUUAUUGUUGCUAGAA---------CUGUGGUUAUUAUUAUUGGAAGCGGCCACUGCUGCUGCCGCCAAAGCGGCCUGAAUGUGUGCCGCCGCGACCGCAGCUGUCGGCCAC
.........((((.(((..---------((((((((.......((((.((((((....))))))....)))).((((((.......).)))))...))))))))))).))))... ( -37.00)
>consensus
UAUAUUAGUGUUGUUCGAA_AAUGGCUGCUGUUUUUGUUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCUGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCAC
.........((.((((............................(((((((((((((..(.(((((.......)))))..)...))).))))))))))..((....)))))).)) (-27.74 = -27.52 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	823,100 – 823,215
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.23
Mean single sequence MFE	-41.75
Consensus MFE	-31.06
Energy contribution	-30.95
Covariance contribution	-0.11
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.31
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939354
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 823100 115 - 1281640
GUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCGGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAACAAAAAUAGCAGCCAUUUUUCGAACAACACUAAUAUA
(..(....)..)((((((((.((((((..........))))))))(((((((((.......)))))))))................))))))....................... ( -42.80)
>DroPse_CAF1 2554 106 - 1
GUGGCCGACAGCUGCGGUCGCGGCGGCACACAUUCAGGCCGCUUUGGCGGCAGCAGCAGUGGCCGCUUCCAAUAAUAAUAACCACAG---------UUCUAGCAACAAUAAUCUU
(((((((...(((((.(((((((((((.(.......)))))))...))))).)))))..))))))).....................---------................... ( -41.00)
>DroSec_CAF1 1911 115 - 1
GUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUCCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCAGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAACAAAAACAGCAGCCAUUAUUCGAACAACACUAAUAUA
(..(....)..)((((((((.((((((..........))))))))(((((((((.......)))))))))................))))))....................... ( -42.10)
>DroSim_CAF1 1571 115 - 1
GUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCAGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAACAAAAACAGCAGCCAUUAUUCGAACAACACUAAUAUA
(..(....)..)((((((((.((((((..........))))))))(((((((((.......)))))))))................))))))....................... ( -42.10)
>DroYak_CAF1 1555 115 - 1
GUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCAGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAGCAAAAACAGAAACCGUUUUUCGAACAACACUAAUAUA
(((.((....((((((((.((((((((..........)))))).((((((((((.......))))))))))......))....))))...)))).....))....)))....... ( -41.50)
>DroPer_CAF1 2185 106 - 1
GUGGCCGACAGCUGCGGUCGCGGCGGCACACAUUCAGGCCGCUUUGGCGGCAGCAGCAGUGGCCGCUUCCAAUAAUAAUAACCACAG---------UUCUAGCAACAAUAAUCUU
(((((((...(((((.(((((((((((.(.......)))))))...))))).)))))..))))))).....................---------................... ( -41.00)
>consensus
GUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCAGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAACAAAAACAGCAGCCAUU_UUCGAACAACACUAAUAUA
((((.((((.......)))))((((((..........)))))).((((((((((.......))))))))))..................................)))....... (-31.06 = -30.95 +  -0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	823,135 – 823,248
Length	113
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.65
Mean single sequence MFE	-47.19
Consensus MFE	-30.37
Energy contribution	-28.82
Covariance contribution	-1.55
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.55
SVM RNA-class probability	0.962946
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 823135 113 + 1281640
UGUUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCCGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCACAUAGGAGCUAGUGCCAUUUUGUGUGUGCUGA-AU
.........(((((((((((((..(.((((((....).)))))..)...))).))))))))))((((((((((((..(((.(((...))))))))))....)))).)))).-.. ( -44.50)
>DroVir_CAF1 7494 114 + 1
UAUUAUUGCUGGUGGCAGCCACCGCGGCUGCAGCCAGAGCCGCUUGAAUGUGGACUGCUGCAACGGCCGCUGUUGGCCACAUCGGUUGCAUUGCCAGCUUGUGGGCGUGUGGGU
........(((((.((((((.....)))))).)))))((((((......)))).)).(..((.((.((((.((((((..((.....))....))))))..)))).))))..).. ( -49.90)
>DroPse_CAF1 2580 113 + 1
UAUUAUUAUUGGAAGCGGCCACUGCUGCUGCCGCCAAAGCGGCCUGAAUGUGUGCCGCCGCGACCGCAGCUGUCGGCCACAUUGGUUGCAUAGCCAUUUUGUGUGCGCUCG-UU
..............((((((((.......(((((....)))))......))).))))).((((.((((((((((((((.....))))).)))))(((...))))))).)))-). ( -42.12)
>DroYak_CAF1 1590 113 + 1
UGCUAUUGUUGGCAGCUGCUACUGCUGCAGCCGCCAGAGCUGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCCACAGCCGCAGUGGACCACACAGGAGCUAGUGCCAUUUUGUGGGUACUGG-AU
(((..((((.((((((((((((..(.((((((....).)))))..)...))).)))))))))))))..)))(((.....))).....((((((((........))))))))-.. ( -50.30)
>DroMoj_CAF1 2562 114 + 1
UGUUGUUGUUAGUGGCAGCCACAGCGGCGGCAGCCAAUGCCGCUUGUAUGUGAGCGGCUGCGACUGCUGCCGUUGGCCACAUCGGUUGCAUUGUCAGCUUGUGGGCGCUUGCAU
..............(((((..((((((((((((.(...(((((((......)))))))...).))))))))))))(((.(((.(((((......))))).)))))))).))).. ( -54.20)
>DroPer_CAF1 2211 113 + 1
UAUUAUUAUUGGAAGCGGCCACUGCUGCUGCCGCCAAAGCGGCCUGAAUGUGUGCCGCCGCGACCGCAGCUGUCGGCCACAUUGGUUGCAUAGCCAUUUUGUGUGCGCUCG-UU
..............((((((((.......(((((....)))))......))).))))).((((.((((((((((((((.....))))).)))))(((...))))))).)))-). ( -42.12)
>consensus
UAUUAUUGUUGGAAGCAGCCACUGCUGCUGCCGCCAAAGCCGCUUGAAUGUGCGCAGCUGCGACAGCCGCUGUCGGCCACAUAGGUUGCAUUGCCAUUUUGUGGGCGCUCG_AU
........(((((.(((((.......))))).))))).(((((..........)))))..((((.......))))((((((..((........))....)))).))........ (-30.37 = -28.82 +  -1.55)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	823,135 – 823,248
Length	113
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.65
Mean single sequence MFE	-45.38
Consensus MFE	-28.32
Energy contribution	-29.47
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	2.62
SVM RNA-class probability	0.995790
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 823135 113 - 1281640
AU-UCAGCACACACAAAAUGGCACUAGCUCCUAUGUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCGGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAACA
..-...(.((.((((....(((....)))....)))))).)...((((((((.(.((((((..........)))))).).))))))))((((((....)))))).......... ( -42.40)
>DroVir_CAF1 7494 114 - 1
ACCCACACGCCCACAAGCUGGCAAUGCAACCGAUGUGGCCAACAGCGGCCGUUGCAGCAGUCCACAUUCAAGCGGCUCUGGCUGCAGCCGCGGUGGCUGCCACCAGCAAUAAUA
................(((((...((((((......((((......))))))))))((((.((((......(((((((.....).)))))).))))))))..)))))....... ( -45.00)
>DroPse_CAF1 2580 113 - 1
AA-CGAGCGCACACAAAAUGGCUAUGCAACCAAUGUGGCCGACAGCUGCGGUCGCGGCGGCACACAUUCAGGCCGCUUUGGCGGCAGCAGCAGUGGCCGCUUCCAAUAAUAAUA
..-.(((((..(((....(((((((.........)))))))...(((((.(((((((((((.(.......)))))))...))))).))))).)))..)))))............ ( -46.30)
>DroYak_CAF1 1590 113 - 1
AU-CCAGUACCCACAAAAUGGCACUAGCUCCUGUGUGGUCCACUGCGGCUGUGGCAGCUGCGCACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCUGCAGCAGUAGCAGCUGCCAACAAUAGCA
..-(((((..(((((....(((....)))....)))))...)))).)(((((((.((((((..........))))))))(((((((((.......)))))))))....))))). ( -46.70)
>DroMoj_CAF1 2562 114 - 1
AUGCAAGCGCCCACAAGCUGACAAUGCAACCGAUGUGGCCAACGGCAGCAGUCGCAGCCGCUCACAUACAAGCGGCAUUGGCUGCCGCCGCUGUGGCUGCCACUAACAACAACA
.(((((((........))).....))))......(..((((.((((.(((((((..((((((........))))))..))))))).))))...))))..).............. ( -45.60)
>DroPer_CAF1 2211 113 - 1
AA-CGAGCGCACACAAAAUGGCUAUGCAACCAAUGUGGCCGACAGCUGCGGUCGCGGCGGCACACAUUCAGGCCGCUUUGGCGGCAGCAGCAGUGGCCGCUUCCAAUAAUAAUA
..-.(((((..(((....(((((((.........)))))))...(((((.(((((((((((.(.......)))))))...))))).))))).)))..)))))............ ( -46.30)
>consensus
AU_CAAGCGCACACAAAAUGGCAAUGCAACCAAUGUGGCCAACAGCGGCGGUCGCAGCGGCACACAUUCAAGCAGCUCUGGCGGCAGCAGCAGUGGCAGCUACCAACAAUAACA
....((((...((((...(((........))).))))((((...(((((.((((.((((((..........)))))).)))).))))).....)))).))))............ (-28.32 = -29.47 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:34:58 2006