Locus 110

Sequence ID	4_DroMel_CAF1
Location	787,433 – 787,593
Length	160
Max. P	0.946946

overview

Window 9

Location	787,433 – 787,553
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.06
Mean single sequence MFE	-38.50
Consensus MFE	-23.99
Energy contribution	-25.25
Covariance contribution	1.26
Combinations/Pair	1.57
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	1.21
SVM RNA-class probability	0.930458
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 787433 120 + 1281640
CGGAUGGCGGUGCUCACAUUCAAGGCUAUUGGAUCGAUAAGCGUGAAGUAGGCAGCAACACAUGGCAGCGUGUAAACGCUACCAUCUGUGCUGCCAAUCAAAUAAACUGUAUCAAUCUCA
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>DroVir_CAF1 17132 120 + 1
CGGAUGGUGGUGCACAUAUUCAAGGCUAUUGGGUUGACAAGCGUGAAGUUGGCAGCGAUACCUGGCAACGGGUUAACCCCAUCAUUAACGCUGCCAACCAAAUUAACUGCCAUAAUCUGA
(((((.(((((.......((((..(((..((......))))).))))((((((((((..(((((....)))))(((........))).))))))))))..........))))).))))). ( -41.90)
>DroGri_CAF1 18081 120 + 1
CUGAUGGCGGUGCUCAUGUCCAGGGCUACUGGGUGGACAAACGGGAACUUGGCAGCGAUACGUGGCAGCGAAUCAAUAAUAUUAUUCAGGCAACCAAUCAAAUCAAUUGCCACAAUCUCA
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>DroWil_CAF1 16034 120 + 1
CGGAUGGCGGUGCUCACAUUCAAGGCUACUGGAUCGACAAACGAGAAGUUGGCAGCGAGACAUGGCAGCGUGUCAACGCUAUCAUCUCCGCUGCUAAUCAGAUCAACUGCCCCAAUCUGA
((((((((((((((.........)))..(((..(((.....)))...((((((((((.((.(((..(((((....)))))..))).)))))))))))))))....))))))...))))). ( -45.30)
>DroAna_CAF1 20059 120 + 1
CUGAUGGCGGCUCUCACAUUCAAGGCUAUUGGAUUGAUAAACGCGAAGCGGGUAGUGACACAUGGCAGCGUGUGAAUGUUACCAUUUGCUCAGCCACUCAAAUAAACUGCCCACAUUUAA
..(((((((..(.(((.((((((.....))))))))).)..))).....(((((((......((((((((.(((........))).))))..)))).........))))))).))))... ( -33.06)
>DroPer_CAF1 15610 120 + 1
CGGAUGGCGGUGCUCACAUUCAAGGCUACUUGGUCGAUAAACGAGAGGUUGGUAGCGACACAUGGCAGCGUGUGAACGCAAUCAUCUCUGCUGCCAACCAAAUAAACUGUUCCAAUCUGA
(((((.(((((.(((.....((((....))))((......))))).(((((((((((....((((..((((....))))..))))...)))))))))))......)))))....))))). ( -40.50)
>consensus
CGGAUGGCGGUGCUCACAUUCAAGGCUACUGGAUCGACAAACGAGAAGUUGGCAGCGACACAUGGCAGCGUGUCAACGCUAUCAUCUACGCUGCCAAUCAAAUAAACUGCCCCAAUCUGA
.((((((((((......((((((.....)))))).............((((((((((.((.((((.(((((....))))).)))).)))))))))))).......))))))...)))).. (-23.99 = -25.25 +   1.26)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	787,473 – 787,593
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.00
Mean single sequence MFE	-38.48
Consensus MFE	-26.60
Energy contribution	-25.05
Covariance contribution	-1.55
Combinations/Pair	1.48
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.946946
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 787473 120 + 1281640
GCGUGAAGUAGGCAGCAACACAUGGCAGCGUGUAAACGCUACCAUCUGUGCUGCCAAUCAAAUAAACUGUAUCAAUCUCAUUGAAGGUCGACAGUACGAGUUUCGAAUUUUUGCUCAGAA
..........(((((((.((.((((.(((((....))))).)))).)))))))))...........(((...(((.....((((((.(((......))).))))))....)))..))).. ( -39.50)
>DroVir_CAF1 17172 120 + 1
GCGUGAAGUUGGCAGCGAUACCUGGCAACGGGUUAACCCCAUCAUUAACGCUGCCAACCAAAUUAACUGCCAUAAUCUGAUUGAAGGGCGUCAGUACGAAUUCCGCAUUUUCGCCCAGAA
.......((((((((((..(((((....)))))(((........))).))))))))))...........................(((((..(((.((.....)).)))..))))).... ( -37.60)
>DroPse_CAF1 15662 120 + 1
ACGAGAGGUUGGUAGCGACACAUGGCAGCGUGUGAACGCAAUCAUCUCUGCUGCCAACCAAUUAAACUGUUCCAAUCUGAUUGAAGGUCGUCAGUAUGAAUUCCGAGUUUUCGCUCAGAA
......(((((((((((....((((..((((....))))..))))...)))))))))))................(((((.(((((((((((.....))....))).)))))).))))). ( -37.30)
>DroWil_CAF1 16074 120 + 1
ACGAGAAGUUGGCAGCGAGACAUGGCAGCGUGUCAACGCUAUCAUCUCCGCUGCUAAUCAGAUCAACUGCCCCAAUCUGAUCGAAGGCCGGCAAUAUGAGUUCCGGGUCUUUGCUCAGAA
..((...((((((((((.((.(((..(((((....)))))..))).))))))))))))....))...........(((((.((((((((((.(((....))))).)))))))).))))). ( -49.30)
>DroMoj_CAF1 16819 120 + 1
ACGAGAAAUUGGCAGCGAUACUUGGCAACGAGUUAAUCAAAUUAUUUGUGCUGCAAAUCAAAUCAACUGUCAUCAUUUGAUUGAAGGUCGUCAGUACGAAUUCCGCGUAUUCGCACAAAA
.(((....)))...((((.(((((....)))))..........((((((((((...(((.((((((.((....)).))))))...)))...)))))))))).........))))...... ( -29.90)
>DroPer_CAF1 15650 120 + 1
ACGAGAGGUUGGUAGCGACACAUGGCAGCGUGUGAACGCAAUCAUCUCUGCUGCCAACCAAAUAAACUGUUCCAAUCUGAUUGAAGGUCGUCAGUAUGAAUUCCGAGUUUUCGCUCAGAA
......(((((((((((....((((..((((....))))..))))...)))))))))))................(((((.(((((((((((.....))....))).)))))).))))). ( -37.30)
>consensus
ACGAGAAGUUGGCAGCGACACAUGGCAGCGUGUGAACGCAAUCAUCUCUGCUGCCAACCAAAUAAACUGUCCCAAUCUGAUUGAAGGUCGUCAGUACGAAUUCCGAGUUUUCGCUCAGAA
.......((((((((((..(((((....)))))...............)))))))))).................(((((.(((((((((.............))).)))))).))))). (-26.60 = -25.05 +  -1.55)

alignment

secondary structure

dotplot

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