Locus 9996

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	26,770,073 – 26,770,199
Length	126
Max. P	0.995202

overview

Window 3

Location	26,770,073 – 26,770,172
Length	99
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.70
Mean single sequence MFE	-36.42
Consensus MFE	-25.91
Energy contribution	-26.29
Covariance contribution	0.38
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.92
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.631448
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26770073 99 + 27905053
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAG-AACAUAAA
((((((.......))))..))....(((((.(((((((((..(..(((((((((...)))))))))..)..-----)-))))))))...)))))...-........ ( -39.80)
>DroSec_CAF1 73768 99 + 1
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAG-AACAUAAA
((((((.......))))..))....(((((.(((((((((..(..(((((((((...)))))))))..)..-----)-))))))))...)))))...-........ ( -39.80)
>DroSim_CAF1 77469 99 + 1
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAG-AACAUAAA
((((((.......))))..))....(((((.(((((((((..(..(((((((((...)))))))))..)..-----)-))))))))...)))))...-........ ( -39.80)
>DroEre_CAF1 75187 105 + 1
GCGAGCUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCACGUUCGCCAUGUGGCAGUGGCAGCUAG-AACAUAAA
((..((((((....))).)))((((((..((((.((.((((.(..(((((((((...)))))))))..))))).)).))))..)).))))..))...-........ ( -39.50)
>DroYak_CAF1 76706 100 + 1
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGUCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGCUUGCUGCACGCUGCGUGCUGCACUCAC-----CAGUGCAACAGUGGCAGCUAG-AACAUAAA
(.((.(((((....))))).)))..(((((.((((((((......(((.(((((...))))).))).....-----..))))))))...)))))...-........ ( -33.72)
>DroAna_CAF1 84539 79 + 1
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGCCGCUUGCAGC---------------------------AUGCGGCAGUUGCAACUAAAAACAUAAA
((((.(((((....)))))......(((((((((((((.......))))))---------------------------)))))))..))))............... ( -25.90)
>consensus
GCGAGUUAAGCCUACUUAAGCCCACGUUGCAUGUUGCAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC_____C_AUGCAGCAGUGGCAGCUAG_AACAUAAA
((....((((....)))).))....(((((.((((((((......(((((((((...)))))))))............))))))))...)))))............ (-25.91 = -26.29 +   0.38)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	26,770,109 – 26,770,199
Length	90
Sequences	5
Columns	98
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.83
Mean single sequence MFE	-31.22
Consensus MFE	-27.02
Energy contribution	-27.06
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.14
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	2.55
SVM RNA-class probability	0.995202
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26770109 90 + 27905053
CAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCA--GGCACGGGACACAAAACU
..(((((..(((((((((...)))))))))..).(-----(-.(((.....(((.((((............)))))))--.))).))))))....... ( -31.20)
>DroSec_CAF1 73804 90 + 1
CAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCA--GGCACGGGACACAAAACU
..(((((..(((((((((...)))))))))..).(-----(-.(((.....(((.((((............)))))))--.))).))))))....... ( -31.20)
>DroSim_CAF1 77505 90 + 1
CAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC-----C-AUGCAGCAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCA--GGCACGGGACACAAAACU
..(((((..(((((((((...)))))))))..).(-----(-.(((.....(((.((((............)))))))--.))).))))))....... ( -31.20)
>DroEre_CAF1 75223 96 + 1
CAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCACGUUCGCCAUGUGGCAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCA--GGCACGGGACACCAAACU
..(((((..(((((((((...)))))))))..).((((((((....)))..(((.((((............)))))))--)).))).))))....... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 76742 93 + 1
CAUGUCGCUUGCUGCACGCUGCGUGCUGCACUCAC-----CAGUGCAACAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCAGAGGCACGGGACACAAAACU
..((((.(..(((((.(((((.....((((((...-----.)))))).))))))))))..............(((.....)))..).))))....... ( -29.10)
>consensus
CAUGUCGGUUGCUGCACGCUGCGUGCAGCAUUCAC_____C_AUGCAGCAGUGGCAGCUAGAACAUAAAACAGCUCCA__GGCACGGGACACAAAACU
..(((((..(((((((((...)))))))))..)..........(((.....(((.((((............)))))))...)))...))))....... (-27.02 = -27.06 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	26,770,109 – 26,770,199
Length	90
Sequences	5
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.83
Mean single sequence MFE	-35.82
Consensus MFE	-28.74
Energy contribution	-28.46
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.35
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.82
SVM RNA-class probability	0.978642
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26770109 90 - 27905053
AGUUUUGUGUCCCGUGCC--UGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGCUGCAU-G-----GUGAAUGCUGCACGCAGCGUGCAGCAACCGACAUG
......((((((((((((--((((((........)))))))..((....)).))))-)-----)....(((((((((...)))))))))...))))). ( -36.00)
>DroSec_CAF1 73804 90 - 1
AGUUUUGUGUCCCGUGCC--UGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGCUGCAU-G-----GUGAAUGCUGCACGCAGCGUGCAGCAACCGACAUG
......((((((((((((--((((((........)))))))..((....)).))))-)-----)....(((((((((...)))))))))...))))). ( -36.00)
>DroSim_CAF1 77505 90 - 1
AGUUUUGUGUCCCGUGCC--UGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGCUGCAU-G-----GUGAAUGCUGCACGCAGCGUGCAGCAACCGACAUG
......((((((((((((--((((((........)))))))..((....)).))))-)-----)....(((((((((...)))))))))...))))). ( -36.00)
>DroEre_CAF1 75223 96 - 1
AGUUUGGUGUCCCGUGCC--UGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGCCACAUGGCGAACGUGAAUGCUGCACGCAGCGUGCAGCAACCGACAUG
.(((.(((.((.((((((--((((((........)))))))..))...((((....)))).))).)).(((((((((...)))))))))))))))... ( -35.20)
>DroYak_CAF1 76742 93 - 1
AGUUUUGUGUCCCGUGCCUCUGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGUUGCACUG-----GUGAGUGCAGCACGCAGCGUGCAGCAAGCGACAUG
......(((((.(.(((...((((((........))))))(((((...(((((((((.-----...))))))))).))))).....))).).))))). ( -35.90)
>consensus
AGUUUUGUGUCCCGUGCC__UGGAGCUGUUUUAUGUUCUAGCUGCCACUGCUGCAU_G_____GUGAAUGCUGCACGCAGCGUGCAGCAACCGACAUG
......(((((...(((...((((((........))))))(((((...(((.((((...........)))).))).))))).....)))...))))). (-28.74 = -28.46 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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