| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 26,758,769 – 26,758,862 |
| Length | 93 |
| Max. P | 0.921335 |
| Location | 26,758,769 – 26,758,862 |
|---|---|
| Length | 93 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 102 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.32 |
| Mean single sequence MFE | -30.30 |
| Consensus MFE | -25.47 |
| Energy contribution | -25.30 |
| Covariance contribution | -0.17 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -2.49 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 1.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.921335 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26758769 93 + 27905053 AAGA---GAGG--CC--GGGGCUCAACGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAAGCGGGCCAA-- ....---..((--((--.((((.....))))...((((((.(((((((((((.(((((......)))))......))))))).)))))))))).))))..-- ( -34.30) >DroGri_CAF1 95230 92 + 1 --AA---GAAG--CU-UGAGGCUCAAAGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACACUAAAAGCAUGUUAC-- --((---((((--((-..((((.....))))..))))))))....((((.(((((((.(((((((.....))))))).).)))))).....)))).....-- ( -26.60) >DroEre_CAF1 63921 92 + 1 AAGA---GAGG-----CGGGUCUCCGGGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAAGCGGGCCAA-- ....---..((-----((((((....)))))...((((((.(((((((((((.(((((......)))))......))))))).))))))))))..)))..-- ( -31.90) >DroWil_CAF1 74332 90 + 1 -------CAAG--CU-UCAGGCUCAACGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAACCAUGUUAC-- -------.(((--((-..((((.....))))..)))))((((((((((((((.(((((......)))))......))))))).)))))))..........-- ( -27.50) >DroYak_CAF1 64147 100 + 1 AAGGAAAGAGGGGGUGGGGGGCUCAAGGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAAGCGGGCCAA-- ...........((((.....))))..(((((...((((((.(((((((((((.(((((......)))))......))))))).)))))))))))))))..-- ( -31.20) >DroAna_CAF1 72567 96 + 1 AGAA---GAAG--CU-GAAGGCUCAACGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUUGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAAGCAGGCCAGCA ....---...(--((-(.((((.....))))...((((((.(((((((((((.((((.(((....))).))))..))))))).))))))))))....)))). ( -30.30) >consensus AAGA___GAAG__CU_GGAGGCUCAACGCUUAUGGCUUUUUAAUGGUGCCGUGUGUCGGUUUUGUGGCAAAUAAAAUGGCGCACAUUAAAAGCAGGCCAA__ ..................((((.....)))).((((((((((((((((((((.(((((......)))))......))))))).))))))))...)))))... (-25.47 = -25.30 + -0.17)
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