Locus 9987

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>3R_DroMel_CAF1 26743815 100 - 27905053
UAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCCAGCCAUUUUUGUGCUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAA----AUGGCAGGACAUCUGUGGCCA--------UGGGUUCACCC-A----
...(..(((..((((((.......))))..(((((((.(((((((((....))))))))).....))----)))))...))..)))..)...--------((((....)))-)---- ( -32.90)
>DroVir_CAF1 60697 103 - 1
UAACUGCACUCGUGCAUAUUUUAAGUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGCCACGCAAAUAA----AUGGCCAGACACCUGCGGCAA--------CCAUACCAAACCACC--
...(((((...((((((.......))))))..................(((((.((((.........----.)))).)))))..)))))...--------...............-- ( -20.50)
>DroGri_CAF1 70426 109 - 1
UAGCUGCACUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGUACGCAAAUAAAAUAAUGGCCAGACAGCUGCGGCUA--------AAAUGGCAACACACCUU
((((((((((.((((((.......))))))(((((((.......)))))))((((((.................)))))).)).))))))))--------...((....))...... ( -26.73)
>DroWil_CAF1 55462 100 - 1
UAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGUGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAA----AUAUCAGAACAGCUGCGUCCC--------AAUGUACACAC-A----
.....(((((.((((((((.....)))))))).((((.(((((((((....))))))))).))))..----...........))))).....--------...........-.---- ( -25.80)
>DroMoj_CAF1 51694 101 - 1
UAACUGCACUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAA----AUGGCCAGGCAGCUGCGACCA--------CAAUGCCAACC-GC---
....(((....((((((.......)))))).........((((((((....))))))))))).....----..((...((((..((......--------)).))))..))-..--- ( -24.90)
>DroAna_CAF1 56783 108 - 1
UAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCACACCAUUUUUGUGCUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAA----AUGGCAGGACAUCUGUGGCCAGGACACACUGGGUUCACCG-C----
.....((.(((((((((.......)))))).((((((.(((((((((....))))))))).....))----))))...)))....((((((((......))))..)))).)-)---- ( -33.70)
>consensus
UAACUGCACUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAA____AUGGCAAGACAGCUGCGGCCA________AAAGUCCAACC_A____
...(((((...((((((.......))))))...((((.(((((((((....))))))))).))))...................)))))............................ (-17.48 = -17.40 +  -0.08) 

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Window 9

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>3R_DroMel_CAF1 26743839 99 - 27905053
--GUGUUUG------UA------CG---GGUGUCAAAGGAUAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCCAGCCAUUUUUGUGCUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUGGCAGGA
--.....((------((------((---(.(((...((.....))))).)))))))...........((.(((((((.(((((((((....))))))))).....))))))).)). ( -31.70)
>DroVir_CAF1 60724 107 - 1
GAGUGUGUG------UCCUGGUGUU---CAUGUCAAAGGAUAACUGCACUCGUGCAUAUUUUAAGUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGCCACGCAAAUAAAUGGCCAGA
((((((.((------((((..((..---.....)).))))))...))))))((((((.......))))))(((((((.......)))))))...((((..........)))).... ( -29.50)
>DroWil_CAF1 55486 97 - 1
--GUGUUUG------UC------C-----GUGUCAAAGGAUAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGUGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUAUCAGAA
--(((((((------(.------(-----(((((((((.(((((.((((..((((((((.....)))))))).....))))))))...).))))))))))...))))))))..... ( -27.10)
>DroMoj_CAF1 51719 107 - 1
GUGUGUGUG------UCCUGGUGUG---CAUGUCAAAGGAUAACUGCACUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUGGCCAGG
.........------.(((((((((---((((((....))))..)))))..((((((.......))))))...((((.(((((((((....))))))))).)))).....)))))) ( -32.60)
>DroAna_CAF1 56815 108 - 1
--CUUUUUCGGGGCGUG------UGAGUUGUGUCAAAGGAUAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCACACCAUUUUUGUGCUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUGGCAGGA
--((((..((.(((...------...))).))..)))).....((((....((((((.......))))))..(((((.(((((((((....))))))))).....))))))))).. ( -31.10)
>DroPer_CAF1 55467 99 - 1
--GUGUUUG------UC------CG---UGUGUCAAAGGAUAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUGGCAGGA
--....(((------((------(.---.........))))))((((.((.((((((.......)))))))).((((.(((((((((....))))))))).)))).....)))).. ( -27.60)
>consensus
__GUGUUUG______UC______CG___CGUGUCAAAGGAUAACUGCAGUCGUGCAUAUUUUAAAUGCGCACAAUUUUUGUGUUAAAUUGUUUUGGCACGCAAAUAAAUGGCAGGA
..............................((((....)))).((((....((((((.......))))))...((((.(((((((((....))))))))).)))).....)))).. (-18.47 = -19.25 +   0.78) 

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