Locus 9967

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	26,686,639 – 26,686,799
Length	160
Max. P	0.872228

overview

Window 5

Location	26,686,639 – 26,686,759
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.45
Mean single sequence MFE	-33.23
Consensus MFE	-26.12
Energy contribution	-27.36
Covariance contribution	1.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.872228
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26686639 120 + 27905053
GGGGUGGUUCUGCCAACCCCUACCCCAACGCAUCCGAACGCAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAA
(((((((.....)).)))))...((((..(((..(((((((..................))).))))..))).((((..(..((((((.(((....))).))))))..))))).)))).. ( -35.67)
>DroSec_CAF1 277398 120 + 1
GGGGUGGUUCUGCCAACCCCUACCCCAACCCAUCCGAACGCAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAA
(((((((.....)).)))))........((((.......(((((......((((.....))))....))))).((((..(..((((((.(((....))).))))))..))))).)))).. ( -34.00)
>DroSim_CAF1 274140 120 + 1
GGGGUGGUUCUGCCAACCCCUACCCCAACCCAACCGAACGCACAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAA
(((((((.....)).)))))........((((.......(((.(((....((((.....))))...)))))).((((..(..((((((.(((....))).))))))..))))).)))).. ( -33.70)
>DroEre_CAF1 293364 114 + 1
GGGGUGGUUCGGCCAACCCCUCU------CCAUCCGAGCCCAAAACUCAUUUGCGCCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGUCCUGGGAA
(((((((.....)).)))))...------...(((.((((..((((....(((((...)))))...))))...)))).((..((((((.(((....))).))))))..))......))). ( -32.60)
>DroYak_CAF1 282373 109 + 1
GGGGUGGUUAUG-----CCCUCC------CCGUUCGAACGCAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUGGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAA
((((.((.....-----.)).))------))........(((((.....)))))..(((((.(.....).)).((((..(..((((((.(((....))).))))))..)))))..))).. ( -30.20)
>consensus
GGGGUGGUUCUGCCAACCCCUACCCCAACCCAUCCGAACGCAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAA
(((((((.....)).)))))...................(((((.....)))))..(((((((.....)))).((((..(..((((((.(((....))).))))))..)))))..))).. (-26.12 = -27.36 +   1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	26,686,679 – 26,686,799
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-28.24
Consensus MFE	-26.74
Energy contribution	-26.78
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.21
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.583923
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26686679 120 + 27905053
CAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCAGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
........(((((((.((.((((.....)))).))...)))))))......(((((.((((((.((((((....))))))((((.....))))..(((.....))).))))))))))).. ( -27.50)
>DroSec_CAF1 277438 120 + 1
CAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCAGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
........(((((((.((.((((.....)))).))...)))))))......(((((.((((((.((((((....))))))((((.....))))..(((.....))).))))))))))).. ( -27.50)
>DroSim_CAF1 274180 120 + 1
CACAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCAGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
........(((((((.((.((((.....)))).))...)))))))......(((((.((((((.((((((....))))))((((.....))))..(((.....))).))))))))))).. ( -27.50)
>DroEre_CAF1 293398 120 + 1
CAAAACUCAUUUGCGCCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGUCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCAGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
......((((..(((..(((((((..((((.((((...((..((((((.(((....))).))))))..))...)))).))))((.....))))).))))....)))..))))........ ( -29.10)
>DroYak_CAF1 282402 120 + 1
CAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUGGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCGGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
........(((((((.((.((.(.....).)).))...)))))))......(((((.((((((.((((((....))))))((((.....)))).((((.....))))))))))))))).. ( -29.60)
>consensus
CAAAACUCAUUUGCACCCCGCGAUUUGUUUGCCGGCUAUGUAAAUUGUCACAUUAUUGUCAUAAUUCUCAGCCCUGGGAAAUGGAAAAGCCAUCAGCGGAAAACGCCUAUGACAUAAUUU
........(((((((.((.((((.....)))).))...)))))))......(((((.((((((.((((((....))))))((((.....))))..(((.....))).))))))))))).. (-26.74 = -26.78 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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