Locus 9949

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	26,661,388 – 26,661,482
Length	94
Max. P	0.655178

overview

Window 5

Location	26,661,388 – 26,661,482
Length	94
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.00
Mean single sequence MFE	-32.40
Consensus MFE	-21.28
Energy contribution	-22.82
Covariance contribution	1.53
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.86
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.655178
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26661388 94 + 27905053
ACCUCCGCUGGCAUUAGCUUGUAAUAUAUUGUGCACACAAUGUGUUCCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAAGACCGGCGAAUGUCUGAU--
.....((((((..((((((...((((((((((....))))))))))((((.((((....)))).)).)).))))))..))))))..........-- ( -35.30)
>DroSec_CAF1 252030 92 + 1
ACCUCCGCUGGCAUUAGCUUGUAAU--AUUGUGCACACAAUGUGUUCCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAAGACCGGCGAAUGUCUGAU--
.....((((((..((((((....((--(((((....)))))))..(((((.((((....))))))).)).))))))..))))))..........-- ( -32.80)
>DroSim_CAF1 248710 92 + 1
ACCUCCGCUGGCAUUAGCAUGUAAU--AUUGUGCACACAAUGUGUUCCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAAGACCGGCGAAUGUCUGAU--
.....((((((..(((((.....((--(((((....)))))))..(((((.((((....))))))).))..)))))..))))))..........-- ( -32.60)
>DroEre_CAF1 262400 92 + 1
ACCUCCGCUGGCAUUAGCUUGUAAU--AUUGUGCCCACAAUGUGCUUCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAAGACCGGCGAAUGUAUGAU--
.....((((((..((((((....((--(((((....)))))))(((.(((.((((....))))))).)))))))))..))))))..........-- ( -35.40)
>DroYak_CAF1 255715 94 + 1
AGCGCCGCGGGCAUUUGCUUGUAAU--ACUCUGCACACAAUGUGUCGCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCCAAGAGCGGCGAAUGUCUGAUGU
..((((((.(((..(((..((((..--....))))..)))..(..(((((.((((....)))))))))..))))....))))))............ ( -36.20)
>DroAna_CAF1 258684 81 + 1
ACGUAAGCU---UUUAGUCAGAAAU--AUUGUGUUCAAAAUCCAAGCCACAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAUU-GUGGCGAUU---------
......(((---..(((((.(((..--......))).........(((((.((((....))))..))))))))))..-..)))....--------- ( -22.10)
>consensus
ACCUCCGCUGGCAUUAGCUUGUAAU__AUUGUGCACACAAUGUGUUCCCCAGCUGACGACAGCGGGUGGUGGCUAAGACCGGCGAAUGUCUGAU__
.....((((((..((((((.............((((.....))))..(((.((((....)))))))....))))))..))))))............ (-21.28 = -22.82 +   1.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	26,661,388 – 26,661,482
Length	94
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.00
Mean single sequence MFE	-27.60
Consensus MFE	-19.73
Energy contribution	-21.00
Covariance contribution	1.27
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.530491
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26661388 94 - 27905053
--AUCAGACAUUCGCCGGUCUUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGGAACACAUUGUGUGCACAAUAUAUUACAAGCUAAUGCCAGCGGAGGU
--.....((.(((((.(((.(((((..((.((.((((....)))).)))).....(((((....))))).........))))).))).))))).)) ( -30.60)
>DroSec_CAF1 252030 92 - 1
--AUCAGACAUUCGCCGGUCUUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGGAACACAUUGUGUGCACAAU--AUUACAAGCUAAUGCCAGCGGAGGU
--.....((.(((((.(((.(((((..((.((.((((....)))).)))).....(((((....)))))--.......))))).))).))))).)) ( -30.60)
>DroSim_CAF1 248710 92 - 1
--AUCAGACAUUCGCCGGUCUUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGGAACACAUUGUGUGCACAAU--AUUACAUGCUAAUGCCAGCGGAGGU
--.....((.(((((.(((.(((((..((.((.((((....)))).)))).....(((((....)))))--.......))))).))).))))).)) ( -30.40)
>DroEre_CAF1 262400 92 - 1
--AUCAUACAUUCGCCGGUCUUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGAAGCACAUUGUGGGCACAAU--AUUACAAGCUAAUGCCAGCGGAGGU
--.....((.(((((.(((.(((((.....(((((((....)))).))).......((((((.......--.))))))))))).))).))))).)) ( -30.10)
>DroYak_CAF1 255715 94 - 1
ACAUCAGACAUUCGCCGCUCUUGGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGCGACACAUUGUGUGCAGAGU--AUUACAAGCAAAUGCCCGCGGCGCU
............((((((...............((((....)))).(((((.....((((((((...))--).))))).....))))))))))).. ( -29.20)
>DroAna_CAF1 258684 81 - 1
---------AAUCGCCAC-AAUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGUGGCUUGGAUUUUGAACACAAU--AUUUCUGACUAAA---AGCUUACGU
---------.....(((.-...((((((.....((((....)))).)))))))))..............--.............---......... ( -14.70)
>consensus
__AUCAGACAUUCGCCGGUCUUAGCCACCACCCGCUGUCGUCAGCUGGGGAACACAUUGUGUGCACAAU__AUUACAAGCUAAUGCCAGCGGAGGU
..........(((((.(((.(((((.....(((((((....)))).)))..((((...))))................))))).))).)))))... (-19.73 = -21.00 +   1.27)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:45:29 2006