Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 26,632,303 – 26,632,396 |
Length | 93 |
Max. P | 0.893180 |
Location | 26,632,303 – 26,632,396 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 5 |
Columns | 93 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 87.73 |
Mean single sequence MFE | -25.62 |
Consensus MFE | -18.28 |
Energy contribution | -18.76 |
Covariance contribution | 0.48 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.48 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.98 |
SVM RNA-class probability | 0.893180 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26632303 93 - 27905053 AUCGAUACCUGAUGUGGUUGCCAGACCAAGUACAGCUGCUCCUCCCUAGAUCUCUGUCUAUCGAUAUCGGUCUAUCGAUAUGUGAACAUAUCU ...((((.(((((((((((....)))).((.((((..(.((.......)).).))))))....)))))))..))))((((((....)))))). ( -23.00) >DroSec_CAF1 223943 93 - 1 AUCGAUAUCUGAUGUGGUUGCCAGACCAAGUACAGCUGCUCCUCCCUAGAACCUCGUCUAUCGAUAUCGGUCAAUCGAUAUGUGAACAUAUCU (((((((((.((((.((((.(.((....((((....)))).....)).))))).))))....))))))))).....((((((....)))))). ( -26.00) >DroSim_CAF1 219756 93 - 1 ACCGAUAUCUGAUGUGGUUGCCAGACCAAGUACAGCUGCUCCUCCCUAGAACCUCGUCUAUCGAUAUCGGUCAAUCGAUAUGUGAACAUAUCU (((((((((.((((.((((.(.((....((((....)))).....)).))))).))))....))))))))).....((((((....)))))). ( -28.60) >DroEre_CAF1 232898 92 - 1 AUCGAUAUAUGCUAUGGUUGCCAGAU-AAGCCCAGCGACUCCUCCCUAGACCCCUGUCAAUCGAUAUCGGUCUAUCGAUAUGUGAACAUAUCU ...((((..((((..((((.......-.)))).))))...........((((..((((....))))..))))))))((((((....)))))). ( -24.50) >DroYak_CAF1 227054 92 - 1 AUCGAUAUGCGAAGUGGCUGCCAGAU-UAGCUCAGCUACUCCUCCCUAGACCCCUGCCAAUCGAUAUCGGUCUAUCGAUAUGUGAACAUAUCU ((((((((.(((((((((((..((..-...))))))))))......(((....)))....))))))))))).....((((((....)))))). ( -26.00) >consensus AUCGAUAUCUGAUGUGGUUGCCAGACCAAGUACAGCUGCUCCUCCCUAGAACCCUGUCUAUCGAUAUCGGUCUAUCGAUAUGUGAACAUAUCU ((((((((.(((((((((((............))))))).........((......)).)))))))))))).....((((((....)))))). (-18.28 = -18.76 + 0.48)
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