Locus 9901

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 26,454,683 – 26,454,778
Length 95
Max. P 0.913712
window15791

overview

Window 1

Location 26,454,683 – 26,454,778
Length 95
Sequences 6
Columns 100
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.03
Mean single sequence MFE -24.22
Consensus MFE -16.17
Energy contribution -17.32
Covariance contribution 1.14
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.09
SVM RNA-class probability 0.913712
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26454683 95 - 27905053
UAUUUUCCCCAGUGUA--GUC---UACCGACAGUGGUGUGUACGCUAGUACUCCUAGCAAACACACUCAUUCUACAAAUGUCAACCGUUGUUGGUUUAAC
................--...---.((((((((((((((((..(((((.....)))))..))))...((((.....))))...))))))))))))..... ( -23.90)
>DroSec_CAF1 46976 95 - 1
UAUUUUUCCCAGUGUA--GUC---UACCGACAGUGGUGUGUAGGCUAGUUCUCCUAGCAAACACACUCAUUCUACAAAUGUCAGCCGUUGUUGGUUCAAC
................--(..---.((((((((((((((((..(((((.....)))))..))))...((((.....))))...)))))))))))).)... ( -25.70)
>DroSim_CAF1 46965 95 - 1
UAUUUUUCCCAGUGUA--GUC---UACCGACAGUGGUGUGUACGCUAGUACUCCUAGCAAACACACUCAUUCUACAAAUGUCAGCCGUUGUUGGUUCAAC
................--(..---.((((((((((((((((..(((((.....)))))..))))...((((.....))))...)))))))))))).)... ( -24.30)
>DroEre_CAF1 52640 95 - 1
UAUUUUCCACAGUGUA--GGC---UACCGACAAUGGUGUGGACACUAGUACUCCUAGCAAACAUACUCAUUCCACAAAUGACAGUCGUUGUUGGUUCAAC
................--...---.(((((((((((((((....((((.....))))....)))))(((((.....)))))....))))))))))..... ( -21.60)
>DroYak_CAF1 48612 95 - 1
UAUUUUCAACAGUGUA--GUU---UACCGACAAUGGUGUGUACGCUAGUACUCCUAGCAAACACACUCAUUCCACAAAUGUCAGUCGUUGUUGGUUCAAC
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>DroAna_CAF1 47775 94 - 1
UUUUUGUAG--GUGUACAGCUCCGAGCUGAUAAUGGAGA----AAUAGUAUUCCAUGAAAACAAACUCAUACAUCUAGGGCCACACUCGGUUCGUUCAGU
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>consensus
UAUUUUCCCCAGUGUA__GUC___UACCGACAAUGGUGUGUACGCUAGUACUCCUAGCAAACACACUCAUUCUACAAAUGUCAGCCGUUGUUGGUUCAAC
.........................((((((((((((((((..(((((.....)))))..)))))).)))).....((((.....))))))))))..... (-16.17 = -17.32 +   1.14)

alignment

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