Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 26,314,991 – 26,315,111 |
Length | 120 |
Max. P | 0.825785 |
Location | 26,314,991 – 26,315,111 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.28 |
Mean single sequence MFE | -48.63 |
Consensus MFE | -44.66 |
Energy contribution | -45.22 |
Covariance contribution | 0.56 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.24 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.825785 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 26314991 120 - 27905053 GACGUGCGGGGUACGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU ...(((((((((..(((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....))))))))))..))))))..... ( -47.80) >DroSec_CAF1 36847 120 - 1 GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU ...((((((...(((((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....)))))))))...))))))..... ( -49.50) >DroSim_CAF1 41725 120 - 1 GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU ...((((((...(((((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....)))))))))...))))))..... ( -49.50) >DroEre_CAF1 44867 120 - 1 GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU ...((((((...((((..(((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).))).)).(((((((....)))))))))...))))))..... ( -50.80) >DroYak_CAF1 40581 120 - 1 GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACUGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU ...((((((...((((..(((((.(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))))))).)).))).)).(((((((....)))))))))...))))))..... ( -50.00) >DroAna_CAF1 46923 120 - 1 GACGUGGGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGGAGGUUGCCGCUGUUAUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACGGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAUGCU .......((.((.((.(((..((.(((((((((.(((..(..(((((((...)))))))..).)))))))))))).)).((((((...(((((....)))))))))))))).)).)).)) ( -44.20) >consensus GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUGCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU .......((..(((((((((((((((..(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..)))))..)))))........(((((((....))))))).)))))).))))..)) (-44.66 = -45.22 + 0.56)
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